在這次打撈作業中，沒有發現黃金的存放處，也沒有找到一兩黃金。這在目前還是個迷，引起了外界的不少猜測。雖然各方麵的情報表明，阿波丸確實是裝載了黃金等貴重物品，但就是不知是如何消失的。存在幾種說法：一是日本人在駕駛室內安裝了自爆裝置，在阿波丸遭到魚雷襲擊時，眼看大勢已去，為了不使黃金落入敵手，日本船長按下了自爆按鈕，裝有黃金的箱子即被炸得粉碎。打撈發現，阿波丸號船從駕駛台以下斷成兩截，船首位於東南方向，船尾位於西北方向。還有一種說法是阿波丸根本就沒有裝載黃金。這個說法還有待於我們進一步考證。
通過打撈阿波丸，中國培養了一支海上救撈隊伍。在布場、撤場、潛水作業、爆破與切割、重力起吊、醫療保障等方麵都經受了實際鍛煉，潛水技術水平有了較大的提高，海軍潛水員學會了在40米水深以下的電氧切割技術，切割鋼板能力一人一次30分鍾切割0.25米提高到1—1.5米；作業船就位，由8小時縮短到1小時，撤場由2小時縮短到30分鍾，創造了以爆破、切割和拉絞相結合的揭蓋方法，使揭蓋越揭越大，最大的一塊達170平方米，重30噸。四年來共揭蓋4974平方米，沉船船體70%被揭除。1980年7月份，海軍J503船截斷沉船船體，將“阿波丸”船的船頭吊出海麵，至此，打撈阿波丸工程圓滿結束。
阿波丸號於１９４５年被日軍征用，運送撤退侵略軍和大量珍寶，在中國福建省海域沉沒。多年來，學術界有不少人懷疑神秘失蹤的“北京人”頭蓋骨化石也在沉船上麵。１９８２年，在絕大多數中國人對這些還一無所知的時候，這些謎團突然就展現在了李樹喜麵前。當時，全世界對“阿波丸”沉船的尋找，一刻也沒有停止過。
１９８２年，李樹喜調入機動部任記者不久，一位特殊的讀者找到了他，這個人就是當年“阿波丸”打撈工程的現場指揮張智魁。
１９７７年１月１３日，guowuyuan和zhongyuangjunwu決定，由福州軍區統一指揮，交通部和海軍組織力量，打撈“阿波丸”。１９８２年，打撈工作遇到技術難題，當時“阿波丸”處於水下７０米，按當時中國國內的打撈技術，隻能在水下５０米處作業。由於深潛難題以及其他一些原因，國家有關部門宣布打撈工作結束。這種情況卻讓張智魁非常焦慮，他認為，“阿波丸”的打撈工作遠未停止，圍繞這艘神秘沉船還有很多謎團。他找到《光明日報》的李樹喜反映這一情況。
作為記者，李樹喜敏銳地捕捉到了這一事件的新聞價值，他更意識到了這一事件的曆史意義。此後他對這些謎團窮追到底。
關於“阿波丸”中有無“北京人”頭蓋骨的爭議，一直存留至今。”
阿波丸號是艘什麼樣的船？有人說它是座“金山”。
1945年3月，被日本軍隊征用的阿波丸號裝載了從東南亞一帶撤退的日本人返回日本。4月1日午夜，航行至中國福建省牛山島以東海域沉沒。究竟是因為遭受美國軍艦襲擊，還是其“自爆”所致，依舊是個謎。全船2009名乘客及船員隻有一人幸免於難。
美國《共和黨報》稱，船上裝載黃金40噸，白金12噸，工業金剛石１５萬克拉，大捆紙幣價值不明。那托思美國原海洋實驗室觀察員、國家潛水領導成員在打撈計劃中列明，所有財富價值高達５０億美元。台灣地區的《中國時報》稱：載有金錠４０噸，白金１２噸，未加工的寶石１５萬克拉，美、英、香港貨幣數捆，工藝品４０箱，錫３０００噸，鎢２０００噸，鋁２０００噸，鈦８００噸，橡膠２０００噸。日本海灣代表團向中國提供的數字：錫３０００噸，生橡膠３０００噸，加上銻、鎢、水銀，總計９８１２噸。
到底這些寶貝去了哪裏？成為了千古之謎！！！