即使如此，尼雅河最終還是斷流了，原先"精絕國"的地方失去了水源，居民無法耕種與生活，最後隻好離開這裏，遷移到其他地方。於是尼雅的曆史發展完全中斷，成為沒有人煙的廢墟。水是生活之源，斷絕了水源以後，胡楊林成片地死亡，飛禽、走獸也逃離了這裏，於是尼雅逐漸成為沒有生命的荒漠。
認為精絕國滅於戰爭的專家也做出了解釋。從發掘到的佉盧文解讀內容來看，精絕國王朝長期受到西南方向的強大部落"SUPIS"人的威脅和入侵，可以說，精絕國是在預感大難臨頭中，憂心忡忡地度過了最後的日子。木牘的文字表明SUPlS人對精絕國的威脅到入侵是一步步地加深，如"SUPIS人之威脅令人十分擔憂，餘等將對城內居民進行清查"，"現有人帶來關於SUPIS人進攻之重要消息"，"現來自且末之消息說，有來自SUPIS人之危險……兵士必須開赴，不管有多少軍隊……"顯然精絕國人無法抵禦強大的SUPIS人的進攻，"SUPIS人從該處將馬搶走"，"SUPIS人搶走彼之名菩達色羅之奴隸"。考古學家們在這個沉睡了1600年的廢墟上，看到了宅院四周屍骨累累，內部各種遺物四處散落，房門敞開或半閉。用來存放佉盧文的陶甕密封完好沒有拆閱，儲藏室裏仍有大量的食物，甚至紡車上還有一縷絲線。這一切似乎告訴人們尼雅王國在麵臨長期的入侵威脅後，遭到了慘重的致命一擊，甚至沒有留下最後的文字記載。
東漢末年，漢朝國力衰弱，中原處於分裂與戰亂，西域出現政治真空，此時西域發生各小國和部族相互侵吞的戰亂也隨之而來，所以精絕被他國或更強悍的部落毀滅也是可能的。但導致精絕國滅絕的"SUPIS"人在曆史上從無記載，讓人們對既凶猛又好侵占擄掠他國的"SUPIS"人留下種種猜測和不解。
更有人認為精絕國既不是毀於環境惡化也不是毀於戰爭，精絕國消失的原因有待進一步考證。他們認為考古學家並沒有在尼雅遺址周圍找到關於尼雅河大規模改道的證據，同時也並未在尼雅河上遊發現任何人類聚居點的遺跡。另外，在尼雅遺址裏，不少住宅周圍都有巨樹環繞，果園中林木整齊。住處附近從堆積的淤泥看，還有水塘的痕跡。在這樣好的生存環境中，很難說尼雅河會突然斷流，導致精絕王國覆滅。即便是由於環境惡化，精絕舉國遷移。可是，為什麼沒有開封的各類文書還整齊地放置在屋內牆壁旁？如果是因為環境的改變而搬遷，精絕人就更沒有理由丟棄下官方的文件落荒而逃了。
而且，在尼雅遺跡中，沒有斷戟殘劍沉埋沙中，所有出土的古屍，都是平靜而又安詳的。所有的房屋遺址，都是完整的。如果說精絕是毀於戰爭，又該如何解釋這一切呢？
斯坦因曾記載他發掘一批文件的經曆："從這批契約埋藏時得到的照顧以及對埋藏地點的標示來看，文書的主人明顯是在緊迫中不得不離去，但卻抱有重返的念頭。魯斯塔姆（發掘隊員）一下就猜到那塊標誌的用意，因為現在農民被迫棄家而去時，他們仍然這樣做。在掩埋時既沒有遮蓋，也沒有用容器來保存這批極有價值的文件，這本身也清楚地表明離去之匆忙。"而且，考古學家在尼雅遺址的一所房子廢墟中發現一隻狗的遺骸。它的脖子上拴著繩子，繩子的另一端拴在柱子上。顯然，主人離去時忘了解開繩子，這隻狗活活餓死了。究竟發生了什麼事，讓精絕國的官員匆匆離去而又覺得自己能馬上回來，讓狗的主人在離去時連愛犬的繩子都忘了解？但他為何又一去不返？如果說精絕的居民真的集體遷徙了，他們究竟遷到了哪裏？考古學家沒有發現任何線索。
精絕國消失的真相到底在哪裏，人們究竟能不能找到答案？也許，我們再也無法知道答案了。矗立在尼雅遺址上的古樹親眼目睹了當年商賈穿行的繁榮景象，也見證了精絕國的消失，它在沙漠的盡頭，默默地注視著這一切??????