年底的時候，海頓來向莫紮特道別，說他要動身前往倫敦尋求名聲和財富，並且勸莫紮特與他同行。莫紮特拒絕了，原因是他的身體狀況實在太差，常會感到疲乏，而且康絲坦茲又在懷孕，不適於旅行。
當海頓離去後，莫紮特痛哭失聲，他相信自己永遠不會再見到這位不斷讚美、欣賞他的好友了！
轉眼到了1791年，這是莫紮特在人世間的最後一年。一位聽眾說，這一年莫紮特寫的每一部作品都別有特色，因為這是最後一年。
莫紮特已經很多年沒有舉行專場音樂會了。3月間，他在一次慈善音樂會中演奏。之後，打算舉辦一場公開音樂會。為了這次的演出，莫紮特寫了他最後一首鋼琴協奏曲——第二十七號（K.595）。這首曲子與他稍早一點的作品比起來，聲音更為緊湊、簡單，更具有他個人的風格。
這首曲子之後被形容成具有“接近衰老”的特質，但是莫紮特當年依然年輕，依然像所有那個時代的年輕人一樣喜歡一些笑話和胡扯的故事，不論他的音樂如何充滿了聽天由命的意味，它卻從沒有失去曆久彌新的新鮮感，生命的確以另外一種形式在繼續。
莫紮特的憂鬱在這個時候減輕了很多，因為他的一位朋友拿來一份新歌劇的委托書。這位朋友是個演員，他叫斯勘奈德，他當時已經接收了市郊的一家比較大的劇院，經常舉行一些啞劇、鬧劇和各種雜耍的演出。
斯勘奈德也是一名共濟會會員，曾經寫過一個故事，很有些混亂不清的感覺。其中一部分是神話，一部分是低級的滑稽劇，還有一部分是嚴肅的哲學理論和政治隱喻。他希望莫紮特為它配上音樂。莫紮特則決定將它改寫成真正的歌劇，用適當的音樂體裁將各部分合並在一起。它將使用德文演唱，並有很多對白，這會吸引一些與貴族那些勢利眼觀眾完全不同的平民欣賞者。
隻要一有工作，莫紮特的心情便又愉快起來，雖然疾病、金錢這些令人煩惱的問題一刻也沒有離開過他。
他的工作曾不止一次被打斷。6月間，康絲坦茲再次前往郊區的礦泉療養，莫紮特曾去探望她，並且作了一首小的教堂音樂（K.618），這首作品有著清晰的超脫塵俗的聲音，很像他之前寫的共濟會音樂。後來一位評論家曾寫道：“這首音樂具有超脫塵世的特質，人們無法想象它是來自人類的，除非這個人已麵臨毀滅。”
7月間，莫紮特寫信給妻子說：“我無法形容我的感覺——一種使我受到極度傷害的空虛感，一種永遠無法滿足的渴望感。”
康絲坦茲在月底回到家中，莫紮特的第六個孩子——法蘭茲平安誕生，而且順利地活了下來。他後來繼承父親的衣缽，成為鋼琴家和作曲家，自稱是小莫紮特，他的音樂當然不可能表現出他父親的天才。就像他的哥哥卡爾一樣，他靠父親的遺產過著相對富足的生活，到1844年去世時也沒有結婚。
《安魂彌撒曲》
在莫紮特的這部歌劇快要完成時，又來了一項新的委托。一位穿灰色衣服的高大陌生人來到莫紮特家，委托他寫一首《安魂彌撒曲》，酬勞相當高，而且可以先付一半，但是有一個條件：這首《安魂彌撒曲》必須一直保密，也不能向任何人說起委托人。莫紮特同意了。
他立即開始工作，這種委托是他之前從來沒有碰到過的，神秘的委托人、慷慨的交付方式，都使他吃驚。他在發燒和疲乏的狀態下，曾經想過那個陌生人就是來宣布他即將死亡的傳信人，他正在為自己寫《安魂彌撒曲》。
事實上，這個神秘人物是瓦賽格伯爵的管家。瓦賽格是一名業餘的音樂家，他也像當時的很多貴族那樣，出錢請有名的作曲家作曲，然後署上自己的名字對外發表。當時，伯爵夫人剛剛去世，他希望用一首《安魂彌撒曲》來表示對她的悼念。本來，這是一件十分莊嚴且充滿真摯情感的事情，瓦賽格卻絲毫不介意用這樣一種冒充欺騙的行為來完成它。
這期間，第三項委托也來了。利奧波德二世獲得了波希米亞國王的頭銜，將在9月前往布拉格加冕。他給了莫紮特一個劇本，要他配樂寫成一部嚴肅的歌劇，這種形式自從《依多曼尼奧》之後莫紮特就再也沒有用過。