索馬裏風雲變幻，然後一直到2004年時，各方代表才簽署了過渡聯邦憲章。8月，索馬裏過渡全國議會在內羅畢成立。12月，索馬裏過渡政府在肯尼亞成立。
2005年6月，過渡政府終於了遷回國內，但是由於政府缺乏實力，隻能在南部城市拜多阿辦公，這樣“落魄”的政府也是沒誰了。
2006年6月，索馬裏教派武裝擊敗軍閥聯盟，並控製了摩加迪沙。12月，埃塞俄比亞首次公開承認介入了索馬裏內部的武裝衝突。幾天後，趁機起事的索馬裏過渡政府部隊擊退教派武裝，進駐摩加迪沙。
2007年1月，埃塞俄比亞開始從索馬裏撤出軍隊。2月，聯合國安理會通過第1744號決議，授權非洲聯盟在索馬裏部署維和部隊，以穩定當地局勢。3月，索馬裏過渡議會批準過渡政府從拜多阿遷回首都摩加迪沙。
2008年12月，本來就一直搖搖欲墜的索馬裏過渡政府倒台了，其實他們的倒台也是遲早的事情。
2009年01月31日，索馬裏反對派組織“索馬裏再次解放聯盟”領導人謝赫·謝裏夫·謝赫·艾哈邁德在吉布提首都吉布提市舉行的索馬裏總統選舉中獲勝。
2月，據聯合國的索馬裏政治辦公室透露，索馬裏國會以414票對9票，支持總統艾哈邁德任命阿裏·薩馬克之子、現階段擁有加拿大和索馬裏雙重國籍的奧馬爾·薩馬克為新一任政府總理，並將於2月20日就職，索馬裏的新政府初具雛形。
索馬裏新政府積極尋求與各方談判，實施伊 斯蘭法，謀求與伊 斯蘭極端勢力和解，這得到索馬裏國內和國際社會的普遍支持。
但反政府武裝“沙巴布”和伊 斯蘭黨拒不與新政府對話，並聯合武裝占領首都摩加迪沙大部分街區和索馬裏中南部大部分地區，暗殺多名政府要員，造成大量人員傷亡。政府在非盟駐索馬裏特派團的支持下守住了摩加迪沙部分街區和索馬裏中部部分地區，雙方形成僵持狀態。
2010年3月，又過了一段時間，也不知道政府拿出了什麼籌碼？政府與索馬裏重要武裝派別遜尼派聯盟達成協議，後者宣布加入政府。
2011年8月20日，索聯邦議會正式成立並隨即選舉產生議長和副議長。經兩輪角逐， 哈桑·謝赫·馬哈茂德當選了索馬裏總統，馬哈茂德提名阿卜迪·法拉赫·希爾敦為索聯邦政府總理。
11月13日，希爾敦總理提名的內閣部長名單獲議會批準，15日新政府宣誓就職。至此，索正式結束長達8年的政治過渡期，成立內戰爆發21年來首個正式政府。