1月28日和陳毅、徐向前、聶榮臻、葉劍英等研究起草中央軍委《八條命令》，經毛澤東批準下發。
2月3日周恩來身邊工作人員貼出大字報，請求周恩來改變“文化大革命”以來的工作方式和生活習慣，以利身體健康。
2月中旬連續主持召開懷仁堂碰頭會，譚震林、陳毅、葉劍英等在會上痛斥中央文革一夥人亂黨亂軍行徑，對“文化大革命”中的極端做法表示強烈不滿。周恩來在一些群眾場合發表講話，強調恢複黨的領導，反對亂揪老幹部，要求軍隊保持穩定。
3月14日起草中共中央、國務院、中央軍委文件，要求動員一切力量，狠抓農業、工業、交通等方麵的工作，把生產搞上去。
3月出席軍以上幹部會議。
4月14日致信毛澤東、林彪，提出確保廣州春季出口商品交易會正常舉行的意見。隨即，親赴廣州指導廣交會工作。
5月3日接見十四省、市夏季糧油征購會議代表，發表《藏富於民》的講話。
5月19日致信毛澤東，就曆史上國民黨偽造的所謂“伍豪啟事”問題作出說明和澄清。
5月31日致信中央文革小組，提出：“鐵路輪船關係到全國交通命脈，決不能中斷。”同時擬定了軍管方案。
6月17日第一顆氫彈爆炸成功。
7月中、下旬和毛澤東赴武漢，解決處理武漢“七·二○”事件。
8月中旬在王力“八·七”講話煽動下，外交部造反派不顧周恩來多次關於“外交大權在中央，誰也不能奪”的申明、警告，在外交部進行非法“奪權”，擅自查封部領導辦公室、拘留副部長姬鵬飛、喬冠華等，並對外喊出“打倒劉（少奇）、鄧（小平）、陳（毅）”的口號。在此前後，周恩來連續出席“批判”陳毅大會，以“陪鬥”方式保護陳毅，並製止“打倒陳毅”的口號。
8月22日北京發生“火燒英國代辦處”事件。周恩來緊急接見外交部造反派，嚴厲批評“火燒”行為，並代表黨中央、國務院宣布外交部“奪權”是非法的、不算數的。
8月底毛澤東批準周恩來的報告，對王力、關鋒實行隔離審查。
10月2日致電廈門市軍管會，令其采取必要措施，保護海港運輸。
1968年
1月13日接見全國鐵路係統“抓革命、促生產”會議代表，並發表講話。
1月中旬根據毛澤東意見，宣布對戚本禹實行隔離審查。
3月22日出席中共中央、國務院、中央軍委、中央文革小組通報“楊成武、餘立金、傅崇碧事件”大會。
夏起草《製止武鬥措施》。7月3日、24日，中共中央、國務院、中央軍委、中央文革小組先後就廣西、陝西兩地持續發生重大武鬥事件發出《布告》，要求采取果斷措施，製止派性武鬥，保護國家財產和人民群眾生命安全。
7月28日陪同毛澤東等接見聶元梓、蒯大富等人，要求他們立即停止武鬥，支持工宣隊進駐所在院校，恢複學校的正常秩序。
8月23日就蘇聯出兵侵占捷克斯洛伐克一事發表講話，強烈譴責蘇軍的入侵行動。
10月中、下旬出席中共八屆擴大的十二中全會。全會通過了由江青等人一手操縱憑偽證寫成的所謂“劉少奇罪行的審查報告”，決定把劉開除出黨，撤銷其黨內外一切職務。
12月根據周恩來的指示，有關部門成立國民經濟計劃起草班子，開始編製1969年國民經濟計劃。
1969年
1月底至2月初在兩次談話中提出：應改變氣象技術落後麵貌，做好氣象服務工作。
3月全國計劃座談會在北京召開。座談會期間，周恩來就企業管理體製下放問題作出指示。
4月出席中國共產黨第九次全國代表大會。會前，周恩來曾提議讓王恩茂、徐海東等老同誌參加九大。大會通過了政治報告和新的黨章，選舉產生了新一屆中央委員會。周恩來當選為九屆中央委員。
4月5日在《關於陶鑄的病情報告》上批示，要求將病重的陶鑄送入醫院治療。
4月12日召集有關部門負責人彙報飛機生產質量事故問題時，嚴厲批評砸爛一切規章製度的做法，指出這是否定一切的極左思潮。