周恩來之所以決定這樣做，是為了通過第一顆原子彈的成功，帶動尖端事業的全麵發展，同時充分發揮政府機構和企、事業單位的作用，以保證專委會的工作重點順利地轉移到戰略導彈和人造衛星上來。他要楊成武代總參謀長安排，由吳克華抓緊組建他親自命名的“第二炮兵”（即戰略導彈部隊），同時指出，下半年重點抓戰略導彈，為了“兩彈結合”試驗，要從東風二號抓起。他在出國訪問回京途中，還親自在基地看了導彈試驗。回京後，又檢查了核彈頭準備工作，然後指出：“兩彈結合進展順利，接著要抓戰術導彈（地空、海防）。”這體現了周恩來以接連不斷地突破戰略武器來推動發展戰術武器的戰略思想。
在討論導彈問題時，周恩來提出要在五院的基礎上成立一個部。後來的第七機械工業部就是由一個研究院再劃過來一些工廠發展為部的。這就是我們後來常說的“部院合並”的又一個雛形。“文化大革命”中，有人反對這樣做法。1966年6月的一次專委小會上，針對兩派大鬧部院合並問題、某造反派組織要求批鬥羅瑞卿，周恩來說：“這個主意是我首先提出來的。”“這個問題在懷仁堂開了幾天會，劉少奇主席主持的，賀、聶、劉亞樓、羅瑞卿參加了，王秉璋也參加了，這過程要從1961年說起，這個問題我提得最早，1962年我就說合起來，部院合並的目的是為了解決三結合，理論聯係實際。”就這樣，周恩來簡單明了地駁斥了造反派，堅持了原則，保護了幹部。
一次專委會上，七機部一位領導彙報規劃，其中估計了過多的失敗反複的因素，把導彈試飛的時間拖得很晚。聽到這裏，周恩來當即指出，為什麼那樣慢呢？你們回去發動群眾討論，該要條件的給保證，不要亂要，我看群眾會比你們看得準些。他另指派專辦常務副主任趙爾陸帶了幾個人下去，多次征求錢學森、任新民、黃緯祿、謝光選、梁守槃、肖淦、崔國良等專家學者的意見，並和部領導組織了廣泛的討論會，先在一院摸了一個月的底，修改了試驗計劃，提出了中遠程的全麵規劃。之後，由七機部向中央專委會重新做了彙報，確定把新導彈試飛的時間從1968年提前到了1966年，投資比原來也大大減少了。接著，周恩來和趙爾陸又指定劉傑等人到其他各院做工作，也都取得滿意的結果。當時聶榮臻語重心長地對專委的同誌說：“技術民主問題，在民主的基礎上集中，現在大家嚐到味道了。”
專委第13次會議確定的戰略、戰術導彈共有十幾個型號。周恩來進一步明確新的工作重點，指出戰術武器的研製工作，“要為地空導彈讓路”，並解釋說，“沒有舍就沒有得”，論證了重點與全麵的關係。隨後，第14次專委會議連續開了3天，討論近期規劃。周恩來在會上提出了係統任務，他說，明年是導彈年，要有收獲。他要求實行軍民結合，專業協作，各部門不要單搞一套。他還說：“七機部接過上海機電二局和工廠以後，要軍民結合，我們是一家子，原協作關係要保持，要為地方服務。”“人人為我，我為人人”這個提法很好，“上海的協作是值得我們學習的。”
1966年9月，周恩來滿懷信心地對時任中央專委會及國防工業辦公室副秘書長的劉柏羅說：“明年就用這種（專委）辦法抓飛機。”若不是十年浩劫，我國的航空工業早就會有新的發展了。周恩來有一個一貫的思想，就是抓重點帶動一般，抓尖端帶動常規。在第14次專委會上，就曾在原則批準了攻擊型核潛艇的同時，討論了整個國防工業“以兩年時間完成3年任務”的要求，並批準了“1966、1967兩年規劃”，主要項目是各種戰術導彈和核潛艇、人造衛星等重大課題。