1956年底，盛彤笙在蘭州籌建中科院西北分院，考慮到大西北畜牧業的發展有許多課題需要研究，決定成立一個獸醫研究室，以後再向綜合性獸醫研究所過渡。經多方協調，將蔣次昇調入中國科學院西北分院，負責籌備成立獸醫研究室。蔣次昇從選址、物色專業技術人員，開辦附設家畜病院、組織民間采風、確定研究課題等方麵精心籌劃，逐一落實。1957年2月，中科院西北分院獸醫研究室正式成立，蔣次昇被委任為研究室主任，並定為二級研究員。
全國召開民間獸醫座談會後，為了學習中獸醫學知識，挖掘整理中獸醫學遺產，開展中獸醫學的研究，蔣次昇親自到陝西戶縣的鄉間，拜陝西有“活馬王”之稱的著名老中獸醫專家崔滌僧先生為師，學習總結他的臨床診療經驗。1958年7月，成立了中國農科院中獸醫研究所，蔣次昇被任命為第一任副所長。
這年的7月13日，是蔣次昇終生難忘的一天。敬愛的朱德總司令來到中科院西北分院視察，在視察了物理研究室後，來到中獸醫研究所，觀看了病理標本和展品，並和蔣次昇親切交談，詳細了解了中獸醫對動物疾病治療的研究及專業技術人員隊伍情況，對中獸醫治療家畜疾病饒有興趣，臨別時和大家在大門口合影留念。
圓園世紀60年代，蔣次昇組織了一次全國性的中獸醫情況調查，赴內蒙古、山西、遼寧、河北、河南、山東、北京、陝西等省市，遍訪120多名中獸醫，寫出了《北方地區中獸醫科技情況調查總結報告》。1959年到1961年底，由他牽頭組織了全國25個單位的60多名專家參加，在係統查閱古籍和廣泛調查民間獸醫經驗的基礎上，編寫了《獸醫中藥學》《中獸醫診斷學》《中獸醫針灸學》和《中獸醫治療學》4本專著，這是我國曆史上第一次由國家組織力量編寫的成套中獸醫專著，它係統地總結了中獸醫的理論和經驗，為研究和學習中獸醫學提供了重要的資料，成為高等農業院校的教材，該項成果獲1978年甘肅省科學大會獎。蔣次昇本人也由此而精於此道，成為全國中西獸醫學結合的倡導者和著名中獸醫專家，並在全國培養了頭幾批中西獸醫結合碩士研究生。
從1959年起，由蔣次昇牽頭主持，組織有關專家對經典獸醫古籍《元亨療馬集》重新進行了分類、改錯、補漏、斷句、標點等工作，在綜合明清兩代各種版本優點的基礎上，用現代白話文對主要部分進行了注釋和語釋，出版了《重編校正元亨療馬牛駝經全集》。該項成果獲1986年農牧漁業部科技進步二等獎。
“文革”中蔣次昇被作為反動學術權威打倒，靠邊站，後來又下放到甘肅平涼地區農村，接受貧下中農再教育。恢複工作後的1972年，他為在甘肅省農業局舉辦的“甘肅省各獸醫站主治獸醫中獸醫學習班”講授中獸醫臨床診療馬騾常見、多發病為主的中獸醫基礎知識。1973年，為解放軍獸醫大學、沈陽軍區軍馬研究所和蘭州軍區舉辦的“中獸醫學習班”，講授中獸醫基礎、中獸醫針灸、中草藥、方劑學、中獸醫治療等內容，培養了一大批軍內中獸醫專家。
1978年10月，中國農科院蘭州畜牧研究所成立，蔣次昇繼續擔任副所長。這一時期，也是他成果豐碩的時期，他主持和參與了“馬騾結症和胃擴張的研究”“懷孕母驢妊娠毒血症的防治技術及其發病機理研究”“羔羊痢疾的中藥治療”“中西藥物治療馬騾破傷風的試驗”“馬騾空喘症辯證論治的研究”“馬驢騾氣喘病病因及其防治試驗”等，研究解決了奶牛棒曲黴菌病麥芽根中毒、奶牛乳腺炎等疑難大病，尤其是在懷騾母驢妊娠毒血症和中草藥治療臨床型奶牛乳房炎的研究方麵取得了重大研究成果，多次獲省部級科技成果獎。
蘭州小西湖既是蔣次昇的事業成功之地，也是他的傷心之地。“文革”中，他的夫人被迫害致死，這使他無比傷感。在人才流動解凍後的1980年，蔣次昇調任浙江農業大學教授。他在浙農創建了中獸醫研究所，並任該校學術委員會副主任，農業部科學技術委員會委員。他連任第二、三、四、五屆全國人大代表，第五、六屆浙江省政協副主席，第六、七、八屆中國畜牧獸醫學會副理事長等職。
1994年冬被邀請前往台灣出席第三屆優質肉雞的改良、生產及發展研討會。他主編、編寫、編審中西獸醫專著17種，主持編寫了《英漢中獸醫學詞典》，獲甘肅省科學大會獎、全國優秀圖書獎、農業部科技進步獎、國家新聞出版總署首屆辭書獎等。近年又被授予中國畜牧獸醫學會60周年和中華農學會50周年榮譽獎。1999年11月還獲得“世界華人重大學術成果獎”，2001年獲得美國依阿華州立大學傑出校友“斯坦獎”。
蔣次昇2004年在浙江杭州謝世，享年90歲。