家康又站了一陣子，最後看了看安寧的富士山，精神十足地說：“聽說江戶比以前繁華多了，我也很久沒有去看那邊的工程了，我們明天出發到江戶去。”正純又說到菩提所（佛寺）的增上寺也差不多完工了，家康回江戶的心就更加急切了。
元和二年（1616年）一月二十一日，就是打算去江戶的前一天晚上，家康突然病倒了。醫生們的診斷是食物中毒，20多天過去了，病情依然沒有起色。家康躺在病塌上，還時不時地安慰其他人，說他很快就會好的，他還把崇傳叫來，詢問《群書治要》的創作進程，並催崇傳盡快完成。
家康的病情越發沉重了。他經常做夢，屢次夢到自己乘船行駛在一望無際的大海上，去到了從未去過的外國。在夢中，他朝思暮想的亞當斯和他並肩而立。家康不由得輕喚著：“亞當斯！”卻被“父親！父親！”的叫聲驚醒了。一睜眼，看到了許多神色焦急的麵孔。秀忠、義直、賴宣、賴房和孫子竹千代都守在床邊；正信、正純和侍女阿茶局都滿臉不安地站在一旁，天海、崇傳、林羅山也都在屋內。秀忠問起父親的夢，家康說自己夢到了亞當斯，並向左右的人問道：“真想見見他，他還沒有回來嗎？”
一聽說亞當斯還在暹邏，家康一臉的孤寂。秀忠無奈，隻得讓家康服藥。一提起吃藥，家康就說道：“我不用吃藥一定會好，我不要那些東西！”也許是預感到了自己死期將近，家康這次生病一直拒絕吃藥，使大家都感到無可奈何。
歲月不饒人，一向身強體健的家康這次竟然一病不起。兩個月以後，病情更加惡化。朝廷聽到消息，派廣幡大納言和西三條大納言為代表來探望。家康掙紮著起來，鄭重地換上朝服冠帶和他們相見，滿懷感激地說：“這是我一生中最大的榮耀。”3月27日，朝廷任命家康為太政大臣。家康也同樣穿戴整齊，下床接旨。
4月17日，家康已進入彌留狀態，但是心智還很清醒。他把重要的諸侯都喚到枕邊，鄭重拜托他們照顧秀忠，秀忠從小沒有經曆過太多的磨難，這讓家康感到很不放心。家康還對諸侯們交代說：“如果秀忠犯了過錯，各位之中的任何人都可以取代他的位置，隻要能使國家安定，我都不會有怨言的。”
諸侯們走了以後，家康問秀忠：“你認為今後國家局勢會是怎樣一種狀況？”
秀忠回答說：“也許會再度混亂起來，不過一旦有人起來造反，不管是誰，絕不寬赦。”
家康聽了略感欣慰：“嗯，即使是同門也不能姑息。不過，必須是以國家社會的安定為大前提才行。”
秀忠表示一定謹記家康的教誨。家康又虛弱地閉上了眼睛，過了一會兒，他睜開眼睛，用很清晰的聲音說道：“可惜不能再見到亞當斯，不能親眼看到江戶的繁榮景象了！”元和二年（1616年）四月十七日上午十點，一代名臣名將德川家康，就這樣帶著遺憾離開了這個世界，享年75歲。
遵照家康的遺言，他的遺體被葬在久能山上，家康想要眺望那片駿府海岸，因為那裏留下了他少年時代的許多回憶。元和三年（1617年）二月，朝廷追贈家康“東照大權現”的封號。4月，天海把家康的墳墓遷往下野的日光山麓，這也是家康本人的意思。寬永十二年（1635年），那時已經是第三代將軍家光的時代，家康墓地附近被建起了一座富麗堂皇的日光廟。
正保二年（1645年），朝廷對久能山和日光山頒贈了“東照宮”的封號。在日本，那是無上的殊榮，身為人臣而能受封為“宮”的，在家康之前隻有一個，那就是被封為天滿宮的菅原道真。
至於家康臨終之際還念念不忘的亞當斯，那時正在由暹邏坐船駛往日本的途中，所以未能及時得知家康的死訊。亞當斯最終還是放棄了回國的念頭，決定永遠留在日本。後來秀忠采取禁止對外貿易的政策，在被秀忠拒絕貿易後不久，亞當斯於元和六年（1620年）四月十四日，寂寞地死在平戶。家康和亞當斯最終也沒能見上一麵，這對於家康來說是一大憾事，但更遺憾的，則是家康沒有親眼看到江戶市區的繁華。
那個僅有300餘人的小村莊，在天正時期還隻是武藏野的一小部分，是家康讓它重新崛起。在短短30年間，江戶人口增至60萬，由荒涼的村落發展成為繁華的城鎮，家康的聲望也因此而提高。家康去世之後，幕府的地位日益穩固，太平盛世持續了300年，並奠定了東京都日後的基礎。
第二代將軍秀忠繼承事業後，全心致力於幕府政治。而第三代將軍家光更是確立幕府地位的靈魂人物，不愧是家康之孫，家康如果能夠看到的話，也應該為自己後繼有人而感到欣慰了。