但張居正並不是一個完人，首先他並不是個廉官，曾利用權力為自己的家人謀私利；其次就是張居正父親的死後，張居正居然不回家丁憂，而是繼續在朝中當值，這現在可以說成是一心撲在事業上，但在當時，卻是非常大逆不道的事情；而後來張居正回家葬父，大肆鋪張，沿途官吏紛紛前來郊迎，甚至連藩王都得出府迎接這個當朝最為權重的內閣首輔。
公元1582年，這個深受朱翊鈞和皇太後重視的內閣首輔張居正終於去世。朱翊鈞最初十分悲痛，他特意下詔罷朝數日以致哀，追贈張居兩柱國的榮銜，賜諡丈忠公，並傘四品京卿、錦衣衛堂宮、司禮太監等人護送歸葬江陵。身後的恩禮如此隆重，在大明曆代的臣僚中，都是極罕見的。但是不久，朱翊鈞的態度卻來了個一百八十度的大轉彎。促使朱翊鈞對張居正態度改變的，便是曾被張居正設計陷害而被罷官回家的高拱。高拱臨死前，曾寫了一本《病榻遺言》，裏麵揭露了早年張居正和馮保等人的一些醜惡事情。這本書被輾轉呈到朱翊鈞的手裏，朱翊鈞看後大怒，首先就將馮保逐出宮去，查沒其財物。這次對馮保的查抄，朱翊鈞得金銀100餘萬、珠寶無數，結結實實地嚐了次查抄的甜頭。
馮保被抄後，朱翊鈞下一步就會將矛頭對準張居正了。這也是出於樹立自己的權威，達到總攬朝綱的原因，但還沒有找到借口。這時，恰有大臣彈劾張居正14條罪狀，朱翊鈞立即抓住了這個機會。於是在張居正死後一年，朱翊鈞下令追奪張居正的上柱國、大師榮銜，文忠公諡，並罷其兩子的官職，隨後對對張家進行查抄。查抄的結果，卻隻得黃金一萬餘兩、白銀十幾萬兩，算不上什麼巨富。欽差覺得不好向朱翊鈞交待，於是把張居正的長予張敬修抓來拷問，張敬修受不住皮肉之若，信口說還有30多萬兩銀子，分藏在別人家裏，結果那些人家也受牽連，被查抄。不久張敬修投河自盡，張家的慘狀也今朝野驚悸，於是大臣們上疏請求從寬處理，朱翊鈞才下詔留空宅一所、田10頃，贍養張居正的母親。
在對張居正和馮保清算報複之後，朱翊鈞終於洋洋自得地親政了。但這個從小就受到張居正嚴格教育的皇帝，卻因為那段中規中矩的學習生活，產生了嚴重的逆風心理。張居正曾勸他做的都不做，張居正執行的政策他統統廢除，全然不管這些措施是否是真對國家有利。於是被張居正蘋除的冗官冗費恢複了，皇室的生活用度也大大地增加。而張居正千辛萬苦地教育朱翊鈞，希望他成為一代明君，朱翊鈞也反著來，日夜縱酒作樂，動輒大醉，醉後必怒，怒了則要胡亂打人，宮女、中官稍不留意，就要遭杖責，重的常被打死。他還逐漸學會了抽大煙，玩花鳥。最後就連日講、經筵和早朝等也是三天打魚，兩天曬網，到後來索性以“聖體違和”為由，停止了日講和早朝，於是大臣們就很難再見到這個當朝皇帝，於是便紛紛上疏勸諫。朱翊鈞見了大多大臣們的上疏，煩也煩死了，幹脆把不理朝政公開化，從公元1590年起，到死都不再臨朝，大臣的章奏，他的批示、諭旨，全靠內監傳達。甚至連郊祀等禮儀，也不親自參加，而讓別人代替。直到公元1615年因要解決自己寵愛的鄭貴妃的“梃擊案”，這才召見過一次群臣。朱翊鈞的反叛心理是越來越突出，張居正專權期間，提拔了大批的官員，朱翊鈞便將這些官員大多免職，之後也不再進補。到公元1602年，官員短缺的現象已令人震驚。中央九卿要員中空缺一半，有的衙署竟無一人。到公元1612年時，內閣僅剩下葉向高一人，六卿僅有趙煥一人，都察院連續八年沒有領導，全國半數以上的府沒有知府，而新科文武進士及教職數千人，卻待命在京無人管。更讓人哭笑不得的是公元1617年的一天早晨，官員們上朝的時候，發現有100多個人在長安門外聚集，圍成圈跪著號哭，上前詢問，回答說是鎮撫司所管犯人的家屬，因“衙門裏沒有主事的官，好長時間犯人不得判決，隻在那裏耗著，人都快死光了！”
朱翊鈞是幸運的，因為在他即位後的那段時間，中國已出現資本主義的萌芽。商品經濟迅猛發展，城市更加繁華，物產日益豐富，貿易往夾也急劇增加。大量的錢財搜集上來，使得這個本來就貪財好貨、縱情酒色的朱翊鈞更是放開手腳，極盡鋪張浪費之能事。為給他的皇子辦冠婚禮，朱翊鈞竟然花費了相當於今天4億人民幣的銀兩。為買稱心的珠寶，一次就花掉相當於20多億人民幣的白銀。在朱翊鈞的帶動下，朝廷興起一股奢糜之風，不久就將國庫掏空了。為了繼續維持龐大的花銷，朱翊鈞竟然搬出了當年張居正開源節流的做法，“節流”當然沒有必要，而“開源”則是個好辦法。於是他以空前的熱情，開始了斂聚錢財的活動。