同船裝載有佛舍利三千粒、阿彌陀佛像、千手觀音像、救苦觀音像、藥師佛像、彌勒菩薩像，《華嚴經》八十卷、《大佛名經》十六卷、金字《大品經》一部、金字《大集經》一部、南本《涅架經》四十卷、《四分律》六十卷、法勵的《四分律疏》五本各十卷、光統的《四分律疏》、《鏡中記》、智周的《菩薩戒疏》五卷、靈溪的《菩薩戒疏》二卷、《天台止觀》四十卷、《法門玄義文句》各十卷、《四教義》十二卷、《次第禪門》十一卷、《行法華懺法》一卷、《小止觀》一卷、《六妙門》一卷、《明了論》一卷、定賓律師的《飾宗義記》九卷、《補飾宗義記》一卷、《戒疏》二本各一卷、大亮的《義記》二本十卷、道宣的《含注戒本》一卷及疏、《行事鈔》五本、《羯摩疏》二本、懷素律師的《戒本疏》四卷、大覺律師的《批記》十四卷、《音訓》二本、《比丘尼傳》二本四卷、玄奘的《大唐西域記》十二卷、道宣的《關中創開戒壇圖經》一卷、法銑的《尼戒本》一卷及疏二卷……又有玉環水精手幡四口、菩提子三鬥、青蓮花二十莖、王右軍真跡行書一帖、阿育王塔樣金銅塔一座以及香精、藥材、佛具等等。這是唐代中國佛教文化大規模傳人日本的一次實例。
鑒真一行到達黃泗浦後，藤原清河把他們分別安排在第二、第三、第四條船上。第一條船是藤原大使和在唐玄宗身邊任職多年並作為唐朝回訪使的朝衡等人所乘坐的船。從後來的情況看，沒有安排在第一條船反而是鑒真一行的幸運。因為第一條船後來漂到了越南，全船一百八十人，遇難者一百六十人！
誰知到了十月二十三日，藤原清河聽說廣陵郡要派人搜查四條日本輪船，所以，心裏總是忐忑不安。他認為違反唐朝法律，私自帶鑒真東渡，萬一被官方查出來，是會引起外交麻煩的。即使目前順利開出長江，可萬一船漂到唐國的海岸，鑒真東渡的事就會泄露，這將會造成極大的被動。於是，他又讓鑒真一行全部下船，先到岸上等待，再作計議。
藤原的擔心是有道理的，可他的這一決定卻遭到大家的一致反對。副使大伴古麻呂認為，無論如何也要把鑒真一行請到日本，何況目前廣陵郡的官方不見得就知曉此事，所以也不見得會來搜查。藤原清河作為大使，隻好默許。於是，十一月十日夜，由副使大伴古麻呂出麵，偷偷召集鑒真等人上船。
眼看就要開船，可最早邀請並五次跟隨鑒真東渡的日僧普照卻仍不見蹤影，鑒真心裏十分著急。十一月十三日，普照總算從阿育王寺趕來。師徒相見，感慨萬千，特別是普照發現鑒真已雙目失明，更是悲傷落淚。好在他們都沒有忘記當初的誓願，如今又要再一次揚帆東渡了。
十一月十五日半夜，日本第十次遣唐使的四條輪船同時從黃泗浦解纜啟航。可航行不遠，忽見一野雞從第一隻船頭飛過。大使以為這是不祥之兆，於是又等了一天。十六日，四船再次啟航，浩浩蕩蕩，駛出長江，進入茫茫東海之中。
十一月二十一日，四條船相繼到達阿兒奈波島(今日本衝繩島)。十二月六日遇到順風，四船啟碇前進，可惜第一船觸到暗礁不能前行。次日第二、第三船到達益救島(今日本屋久島)。十二月十八日開離益救島，忽然，風雨大作，不知四方，兩船被風吹散，經過一天一夜的漂流，鑒真乘坐的第二船於二十日下午首先抵達九州南部的秋妻屋浦(今鹿兒島秋目浦)。二十六日，抵達太宰府(今九州北部福岡東南)。