荷蘭人見鄭軍如此順利地進入港口並登陸，感到束手無策，麵對如此強大的鄭軍一籌莫展。
這時所有的船隻已被分派到各地去，隻剩下兩艘戰船“赫克托”號和“斯？格拉弗蘭”號，小帆船白鷺號和快艇“馬利亞”號。這時在北線尾駐有荷兵1個班長和6名戰士，在赤嵌城內有1100人和40名全副武裝的軍人。而鄭軍已切斷了赤嵌城與普羅文舍堡的聯係。
這天晚上，守衛赤嵌城的荷蘭軍官貓難實叮向鄭軍營地發炮，並焚毀鄭軍的馬廄糧食。鄭成功擔心糧食被焚，特遣戶都事楊英委同官兵看守堵禦，第二天，由戶都事楊英將糧食向各鎮官兵發放，足夠每人吃半月。
初三日，荷蘭長官揆一見鄭軍北線尾官兵防備鬆，就派人向鄭軍衝來，同時在海麵上也發動對鄭軍的攻擊。
在陸地上，湯馬斯？貝德爾上尉率240人持火槍向鄭軍衝來，企圖驅逐在航道入口處的鄭軍。之所以荷蘭侵略者敢於用240人的隊伍攻擊強大的鄭軍，除他們的武器先進之外，還有另外一個原因。
原來，順治九年（公元1652年）郭懷一起義的時候，二三百名荷蘭士兵把七八千起義者鎮壓下去了。從此，荷蘭侵略者就誤認為，25個中國人的力量才抵得上一個荷蘭士兵。湯馬斯？貝德爾上尉是一個狂妄的殖民主義者，迷信“惟武器論”。他相信：“中國人是經受不了火藥的氣味和毛瑟槍的響聲的，第一次攻擊後，隻須其中少數人被射倒，其餘的便將立即逃跑，造成全麵的潰敗”。
然而這一次這個狂妄的殖民主義者卻因其狂妄而喪了命。他命令荷蘭兵以12人為一排，排成整齊的方隊，神氣十足地走向鄭軍，當他們到達足夠的距離時，便同時發射三排子彈。
鄭軍4000多人，在宣毅前鎮陳澤率領下奮勇迎戰。他看到侵略軍這種呆板的戰術，立即從主隊中分出一小部分人，繞到小山背後，從後麵攻擊這支正前進的荷蘭軍。鄭軍士兵一個個奮勇作戰，他們發出下雨一般的飛箭，對荷蘭兵進行前後夾擊。
荷蘭兵剛才的那一點點“威風”都嚇跑了，許多人立即放下來福槍，慌忙逃走，整個隊伍崩潰了。自高自大的上尉想收攏他的士兵，重整隊伍，但是他的士兵再也不聽他的命令了。鄭軍趁機猛烈進攻，共殺了包括上尉在內的119名敵人。僥幸逃脫的荷蘭兵，慌忙跑進海中，好容易才爬上了靠近海岸的領港船，揀得了自己的性命。
同時，揆一又派上尉阿爾多普帶領200名士兵去增援，企圖阻擊中國軍隊。當他們趕到時，見有大批鄭軍上岸，打了一下就跑了，總算避免了被殲滅的命運。
在陸地上的戰鬥荷蘭人遭到慘敗，在海上戰鬥的荷蘭人也付出了很大的代價，遭到了慘敗。
荷蘭人出動了兩艘戰船——“赫克托克”號和“斯格拉弗蘭”號，以此作為水上戰鬥的主力，又派出小帆船“白鷺”號和快艇“瑪利亞”號，輔助兩艘大船進行戰鬥。
荷蘭軍艦邊開炮邊向鄭軍船隊猛撲過來。鄭軍方麵迎戰的是宣毅前鎮衛陳廣和左虎衛左協陳衝，他們率領帆船60艘迎戰荷軍。荷艦長約30丈，寬6丈，船板厚2尺多，中國人稱之為“夾板”船，其實是用圓木製成的，甲板上有5個桅，帆檣可以八麵受風，行駛迅速，不懼逆風，每艘裝有大炮20至30門。鄭軍的船隻的大小僅為荷艦的1/3，隻裝大炮兩門，在大洋中遇到荷艦，往往被他們利用風力和船重壓沉。荷艦雖大，火炮雖猛，但它卻有在港內轉動不靈和易於擱淺的特點。鄭軍船小，但它卻有靈活、機動方便的優點。
鄭軍全體將士，發揮不怕死的勇敢作風，當最大、最重的“赫克托克”號一開過來，便有幾十艘帆船蜂擁而上，從幾個方麵包圍“赫克托克”號，向其猛烈開火。雖然不斷有鄭軍的船被擊沉，但鄭軍毫不畏懼，勇往直前，使“赫克托克”號難以應付。鄭軍船隊中有五六艘最勇敢的火攻船，滿載燃燒物品，冒著猛烈的炮火，衝到荷艦近旁，把船緊貼在敵船板上，點起火種，士兵紛紛跳水泅回。忽然“轟”的一聲，“赫克托克”號戰艦的火藥艙爆炸了，這艘荷蘭軍王牌戰艦連同艦上100名水兵，一起葬身海底。這就是古代中國人民長期同西方殖民侵略者在作戰實踐中創造出來的著名的“火船戰術”。