許多專家學者們曾對鄭成功的家世進行過研究，但受資料的限製，有些問題至今未能澄清，有的研究結果還存在著明顯的謬誤。
1983年，廈門鄭成功紀念館在中國曆史博物館資料室的協助下，獲得《鄭氏宗譜》和《鄭氏家譜》兩部抄本，使許多懸題得到了解決。
通過對兩部抄本和明清檔案的研究，得到了關於鄭氏先世世係最完整的資料。
南安石井鄭氏的一世祖是隱石公鄭綿，自隱石公至鄭成功的世次是：一世隱石公（諱綿）——二世隱泉公（諱岱）——三世砥石公（諱軾）——四世純玉公（諱钅厲）——五世井居公（諱亮）——六世確齋公——七世樂齋公（諱盟）——八世於野公（諱榮）——九世西庭公（諱瑢）——十世象庭公（諱士表）——十一世飛黃公（諱芝龍）——十二世大木公（諱成功）。這樣，鄭氏的先世世係問題獲得了完滿的解決，過去的種種錯誤論斷可以得到糾正。
關於鄭成功之父鄭芝龍以前的祖輩，我們不再做多的論述，隻知道其祖輩做過官就可以了。鄭芝龍諸兄弟，處於明清之交混亂之際，數人馳騁疆場，各有建樹，史書記載不絕。鄭芝龍有同父同母兄弟四人，同父異母兄弟一人。但其中第三弟芝麟早死，不為人所知，所以通常被認為四兄弟。分別是芝龍、芝虎、鴻逵、芝豹，其中芝豹為同父異母兄弟。若論堂兄弟，則隻有春庭公所生芝鼇、芝蘭兩人。
鄭成功諸子的情況，從兩部抄本中也可得到澄清。鄭成功第八子鄭溫生於康熙壬寅年（公元1662年）六月初一日，其時鄭成功已逝世（鄭成功逝於本年五月初八日），可知八子溫、九子柔、十子發三人均係鄭成功去世後所生的遺腹子。鄭成功十個兒子中，於康熙二十二年隨鄭克爽同歸順清朝的計有次子聰、三子明、五子智、七子裕、八子溫、九子柔等六人。有人推斷鄭明在鄭克爽歸清時曾率部遷往印度尼西亞，是不正確的。鄭克爽是鄭成功長子鄭經的兒子。有的小說中說鄭克爽是鄭成功的兒子，是不符合史實的。