在教育改革進行的同時，軍事改革也如火如荼地展開。軍事訓練方式改為西洋軍事訓練，這也是中國軍隊至今還保持著的訓練方式，這種訓練方式在滿族軍隊中廣為推行，軍事考試、海軍學院、訓練艦也已經準備投入到新的訓練當中。
戊戌變法中頒布的其他法令還包括設立鐵路、礦務總局，設立農工商總局，開墾荒地、發展農業，提倡私人創辦實業，準許民間創立報館、學會等。在協助光緒帝開展變法的工作完成之後，康有為回到上海，組織發行了《強學報》，以康有為為代表的改良派企圖通過這一大膽舉措，動員全國人民加入到改革中。
變法初期，光緒帝稱他希望聽到各派反對的聲音，因為反對聲能夠不斷激發他變法的動力。他也責難那些阻擋進行他教育改革的人。一方麵，他還號召各界權威人士與他通力合作，共同致力於改革，並用懲罰威脅那些執著於舊觀念的人；另一方麵，他真誠地邀請各界積極為他提供關於變法的可行建議。
隨著新法令的不斷發布，光緒帝變法的熱情也越來越高。1898年8月底的時候，光緒帝下定決心給予舊體製沉重一擊。裁撤舊衙門是其中的一項重要舉措。光緒帝宣布立即裁撤清廷中的詹事府、通政司、光祿寺、太仆寺、大理寺等衙門，一些事務並入禮、兵、刑各部。與此同時，裁減冗員也是必要的。
但光緒帝推行變法的過程太過急躁。9月1日，由於禮部尚書懷塔布、許應騤等六位堂官阻撓部員王照上書，光緒帝下令將六位堂官一並革職。王照上書建議穿西方洋裝、把基督教作為國教進行推廣。他還建議光緒帝和慈禧太後出洋考察，開闊眼界。禮部官員對此持反對態度，不同意向上轉達，他們還呈交了一份奏折給光緒帝，嚴厲斥責王照居心叵測、狂妄自大。然而，光緒帝對禮部官員擅自做主、阻礙上書甚為氣憤，他認為這是阻撓新政推行的表現，最後將他們全部革職，這就是著名的“禮部六堂官”事件。後來，由王照上書被阻一事光緒帝聯想到老百姓上書也可能同樣被阻，於是特意下詔：以後督察院所接事件，原封盡遞，隨到隨遞，不準積壓阻隔。
“禮部六堂官”事件是變法走向尾聲的開始。被革職的六位禮部堂官動身前往頤和園，把光緒帝變法之事呈報給慈禧太後。首先，他們對慈禧太後掌權多年來體現出的無與倫比的才能讚美了一番，然後告訴慈禧太後，如今光緒帝為推翻舊製，厲行改革，使得朝中局麵非常窘迫。他們懇求慈禧太後回到朝中，恢複舊製度。慈禧太後靜靜聽著他們的請願，直到他們離開，她也沒有做出任何表態，但實際上，她心裏已經有了答案。
光緒帝如此匆忙的變法其實正中慈禧太後的下懷。光緒帝下一步行動是發布詔告，宣布裁撤廣東、湖北、雲南三省巡撫？，9月7日，李鴻章被驅逐出總理衙門。李鴻章被從總理衙門驅逐出來讓在中國的英國人興奮不已。因為李鴻章與俄國的親密關係以及竇納樂在北京與其會麵時他的粗暴態度都讓英國人極為不滿。但李鴻章不可能就此罷休，這些被光緒帝罷黜的官員的力量也不可小覷。
接下來，光緒帝又頒布了一些法令，其中最引人注目的是光緒帝同意引進西方預算製度。
根據一些友善的西方評論家所言，變法中，光緒帝最大的失誤在於他過於急切地期盼在很短的時間內對中國的社會、經濟、生活等各個方麵進行一次徹底的改革。在西方人眼中，積極參與變法的官員大多才華橫溢，但是光緒帝變法的步伐太急、太快，再有才華的人都難以趕上他的步伐。毫無疑問，西方評論家的評論是合理的，此時的中國也還沒有具備迅速進行全麵改革的條件。
在以康有為為代表的改良派的誤導下，光緒帝積極抵製頑固的保守派，對開展改革創新充滿期望。但是保守派遍布中國，想要短時間內清除或改變他們並非易事。麵對危機，保守派們團結起來，越遭受打擊，他們越是頑強抵抗。在光緒帝積極鼓動大家學習西方的文化和體製推行變法的同時，西方國家卻在瓜分中國領土，搶占中國最好的港口。就在光緒帝頒布各種變法法令時，英國從總理衙門手中拿到了威海衛的“租約”並促成了《展拓香港界址專條》，將“新界”納入占領區。
很多開明人士也開始討論是否要學習西方，他們認為為了抵製西方侵略，保持領土完整，學習西方是很有必要的。
？這是中國的三個行省，屬兩廣、兩湖、雲貴總督管轄。