19世紀早期，中國還是十分強盛的。日本，雖然在1885年時，同意從朝鮮半島撤軍，但是它從未停止過對朝鮮的覬覦。李鴻章有遠見地預見了日本的今天。他說，在若幹年之後，日本一定會卷土重來，與中國爭奪朝鮮，為了防止悲劇的發生，李鴻章在直隸省建立起了強大的海軍力量以應對此事發生。在戰爭爆發以前，他的女婿張佩綸呈交了一份關於向日本開戰的奏折。但對於處事謹慎的李鴻章而言，即使他知道中日之戰一定會爆發，在戰爭真正爆發之前他也不敢輕舉妄動，轉而埋頭為戰爭做積極準備。
雖然在朝廷中另一派正在興起的勢力強烈反對李鴻章一家？，但慈禧太後非常器重李鴻章，使得他對中日問題能夠堅持自己的處理方法。
甲午中日戰爭爆發的直接原因是朝鮮東學黨起義。東學黨是一個半宗教、半政治性質的會黨組織，類似於中國的太平軍，朝鮮政府請求清政府派兵鎮壓。朝鮮作為大清的附屬國，在國家內部遇到嚴重的黨派之爭時向清政府請求幫助，清政府沒有不同意之理。接著，清政府便派出一支軍隊協助其進行鎮壓。根據1885年《中日天津條約》規定，朝鮮國若有動亂等重大事件發生，中日兩國或一國要派兵，應先互行文知照，因此，在清政府派兵進入朝鮮之後，便將情況告知日本外務省。接著，日本緊隨其後，？1894年秋，反李派在光緒帝麵前已有強大的影響力，此時，慈禧太後覺得有必要給她的老朋友寫一封信，並在信中給予其信心。
派遣了一支規模更大的軍隊進入朝鮮。如此看來，日本表麵上是根據《中日天津條約》派遣軍隊進入朝鮮，實際上是為自己出兵朝鮮製造借口，以更好地挑起中日兩國的戰爭，而清政府的出兵正中了日本的下懷，兩國之間的衝突不可避免。
1894年7月25日，在朝鮮豐島海麵，日本軍艦突然向中國軍艦發起了攻擊。日本發動這場戰爭的原因已經顯而易見，不必贅述。正如大家所知，大清陸軍與海軍的作戰能力是非常差勁的，因此，對於日本而言，唯一的問題就是如何用最小的代價把清軍徹底擊敗。在如此緊要的關頭，大家把希望寄托在李鴻章斥巨資建立的海軍身上。然而，出人意料的是，李鴻章之前斥巨資建立的軍隊以及各種儲備物資，在此次戰役中毀於一旦，這對他而言是一生的恥辱。接下來締結條約。在締約方麵，沒有人比李鴻章更有經驗。慈禧太後也稱，大清需要李鴻章這樣的全權代表與他國商議相關事宜。
接著李鴻章在他兒子李經方--清朝駐英國公使的陪同之下前往日本。1895年4月17日，與日本簽訂了《馬關條約》，條約內容主要包括：承認朝鮮獨立，大清不再為朝鮮的宗主；割讓台灣及其附屬島嶼、澎湖列島以及遼東半島給日本；賠償日本軍費兩億兩白銀；開放沙市、重慶、蘇州、杭州為商埠等。
《馬關條約》的簽訂使得李鴻章招致了大清民眾無盡的罵聲，李鴻章將這些罵聲稱為“狼嗥狗叫”。接著，許多奏折湧向光緒帝，眾臣紛紛怒言李鴻章就是賣國賊。這種情況與十年前《李巴條約》簽訂時極其類似，人們希望對李鴻章處以極刑。但是，在慈禧太後的保護下，李鴻章必然相安無事。在慈禧太後看來，李鴻章是一個救大清於水火之中的大英雄。雖然在金錢上損失巨大，但至少能夠讓大清免於戰爭。慈禧太後對李鴻章如此鼎力相助，自然也招來一片罵聲。
由於李鴻章的堅持和慈禧太後對他的支持，大清在與日本交手時損失相對減少，但日本野心勃勃，《馬關條約》的簽訂並不代表此事已經完結，更可怕的還在後麵。
《馬關條約》的簽訂嚴重損害了俄、德、法三國在華的侵略利益，他們逼迫日本將遼東半島歸還清政府，這就是著名的“三國幹涉還遼”事件。美國作家、傳教士明恩博對此讚美道：“也許是因為所謂‘外交政策’的原因，英國才選擇完全保持中立，但這一選擇是非常明智的。”
麵對歐洲三大強國的威脅，日本隻能選擇屈服，將遼東半島歸還清政府，但是同時，清政府也付出了巨大的代價，首先付給日本三千萬兩白銀，其次是增設了新的通商港口。這也是歐洲第一次以“調解人”的身份介入到中國外交事務中。