載澤、善耆等人也向載灃提出建議，除掉袁世凱。光緒三十四年（1908年）十二月十一日，清政府發布上諭，以袁世凱“現患足疾，步履維艱”為由，“著即開缺回籍養屙”。載灃一夥本來打算嚴懲袁世凱，後經張之洞等人勸以“主幼時危，未可遽戮重臣動搖社稷”，以致激生他變，才改為開缺回籍。
罷黜袁世凱後，袁的黨羽也被相繼貶職。宣統元年（1909年）正月，郵傳部尚書陳璧以部員冒濫、開支糜費、有負委任被交部嚴議，很快就被撤職；同月，徐世昌由東三省總督改任郵傳部尚書，其原職由錫良接任。到任後，錫良馬上嚴參北洋骨幹、黑龍江布政使倪嗣衝，得旨革職；二月，民政部侍郎趙秉鈞被迫休致，交出京師警務大權；十二月，唐紹儀被迫“乞休”，宣統二年（1910年）正月，撤掉鐵路總局長、號稱“北洋財神”的梁士詒的職務。
由於袁世凱經營多年，“尚侍督撫，均屬其私”，並不能很快一掃而淨，在大力掃蕩袁黨的同時，載灃又竭力將軍權收攏在皇室親貴手中。載灃監國後不久，即下令設立禁衛軍，以毓朗、載濤、鐵良為訓練大臣，並強調“此次禁衛軍專歸監國攝政王自為統轄調遣”。宣統元年（1909年）正月，諭令籌備海軍，派載澤、善耆、鐵良等專門管理此事。五月，又發布上諭，明定皇帝為“大清帝國統帥海陸軍大元帥”，在皇帝親政前，由攝政王代理一切，海軍大臣由載洵擔任。此後又諭設軍諮處，由載濤、毓朗負責。按其暫行章程規定，凡“關涉國防用兵一切命令計劃”都是由軍諮處擬定，再由皇帝（實際是載灃）裁定後交由陸、海軍部“欽遵辦理”，軍諮處成為淩駕於陸、海軍部之上，直接由載灃控製的機構。
通過這一係列安排，皇室親貴掌握了清政府的最高軍事權力。
鹹、同以降，清政府中地方督撫的權力越來越大。特別是直督、鄂督、江督等督撫，不僅對一方軍政與大權加以控製，而且因辦理部分外交，又與西方列強關係密切。載灃對於這種情況也很擔心，把他們看成是對清政府統治的一種威脅。他除了在漢族督撫出缺時多以滿族人代替外，還從製度上削弱地方督撫的軍權與財權。清政府在光緒三十四年（1908年）十二月公布了《清理財政章程》，於度支部設立清理財政處，各省設清理財政局，必須將財政收支準確數目按季呈報度支部，並由度支部派出監理官二人“督同清理”，從而把各省財政置於中央朝廷的監督和控製之下。宣統元年（1909年）十一月，督辦鹽政處設立，以載澤兼任督辦大臣，將督撫鹽務稅款的稽收權完全收歸中央。由載濤、毓朗把持的軍諮處幾次擬派員到各省“督理軍務”，這主要是考慮收回督撫的軍權。宣統二年（1910年）冬，清政府又諭令撤銷各省督撫所兼的陸軍部尚書或侍郎銜。各省督撫對載灃的這些政策表示強烈的不滿，在財政、地方軍政、鹽務等問題上，地方督撫或聯銜電駁，或上書婉勸，函電頻頻，使載灃幾次受挫。
載灃罷黜袁世凱和集權皇族親貴、排斥漢族地主官僚的行為表明，滿漢地主階級內部已有了很深的矛盾，統治集團內部的矛盾迅速表麵化、激烈化。北洋集團雖然一時受挫，但因其“內有慶親王為之應，外有楊士驤濟其財，仍然固結如舊”，袁世凱以養病為名，實際上卻暗中遙控指揮黨羽，繼續影響朝局。一些漢族地主官僚害怕失去自己的勢力，受清政府的排斥，開始積極附和立憲運動。即是滿族貴族中也有人因載灃等人的行為表示極度地不滿。朝政在載灃兄弟及奕、毓朗等人的把持下，更為腐敗。這種局勢相應又刺激著立憲運動更為積極，使得革命潮流一天比一天高漲。載灃為首的皇室親貴企圖以集權來支撐即將坍塌的封建大廈，結果相反使自己陷入困境，加速了滅亡。
皇族內閣與預備立憲
皇族內閣
宣統二年（1910年）底，立憲派發動的國會請願活動達到了高潮。參加這次請願活動的不僅有各省諮議局和資政院，還有地方督撫等封疆大吏。是年九月二十三日，由東三省總督錫良領銜，十八名總督、巡撫、將軍、都統聯名奏請朝廷，要求“立即組織內閣，特頒明詔以明年設國會”。對立憲派的請求清政府可以不予理睬，但對督撫們的籲請卻不能不重視。於是，在諭令請願代表“即日散歸”的同時，清政府又發布上諭：“著縮改於宣統五年實行開設議院，先確定官製，提前頒布試辦，預即組織內閣。”並說：“此次縮定期限，係采取各督撫等奏章，又由王大臣等悉心謀議，請旨定奪，洵應即作為確定年限，一經宣布，萬不能再議更張。”
清廷在立憲派的堅請之下答應設立責任內閣，保守派官員對此甚為恐慌，他們擔心內閣會造成對皇權的侵奪。學部丞參上行走柯紹上奏稱：“君主立憲雖有命令之權，政柄既已下移，將並其命令之權亦移之。今使內閣大臣代負責任，萬一主權稍替，有鷹揚跋扈之臣專吾政柄，密布腹心於各部大臣，在上下議院結黨營私，此私憂過計者一。”大學堂總監
劉廷琛在奏折中說：“凡各部院大臣、各省督撫皆由總理大臣保證，一切奏章先達內閣，由總理入奏請旨，內閣掌理天下大事。總理得人，尤不改其公忠之誌，萬一總理巧取時譽，久執威權，而若說其中不會出現王莽、曹操之流，臣實不敢信也。”他向清廷政府建議“嚴厲懲處幾個外省封疆大吏中的貪汙者，以震動天下耳目。而於應辦新政，擇要實行，擾民苛斂，酌量停罷。辦一事必擇一任事之人，不稍摻私意於其間”。清政府迫於立憲派與外省督撫的壓力，還不敢接受被劉廷琛自稱為“上策”的這個建議，但皇室親貴們對於權臣竊柄極為忌諱，他們擔心設內閣、議院會不可避免地出現這一情況。如何避免“鼎祚潛移”“王綱解紐”，以保君上大權，就成為設立責任內閣時王公親貴們最關心的問題。