但PegIFN的推薦療程從先前的6個月（HBeAg陽性）（Ⅱ）和12個月（HBeAg陰性）（Ⅰ）改為至少為6個月（Ⅱ）和至少12個月（Ⅰ）。對於HBeAg陽性（Ⅰ）和陰性患者（Ⅰ），胸腺素-a1的推薦療程均仍為6個月。
關於核苷（酸）類似物的療程，2008版指南未對每種藥物進行具體說明，但指出了基本原則。
1.對於HBeAg陽性患者，當至少間隔6個月檢測2次結果顯示HBeAg發生血清學轉換且HBV-DNA檢測不到時，可以停藥（Ⅱ）。
2.對於HBeAg陰性患者，當間隔6個月檢測3次結果均顯示HBV-DNA檢測不到時可停藥（Ⅱ）。
四、關於特殊人群的建議
2008版指南新增加了對育齡女性患者的治療推薦意見：對尚未妊娠者優先選用IFN類治療，但不鼓勵IFN治療期間妊娠。接受口服抗病毒藥物治療的婦女如已妊娠，則可以繼續應用妊娠B類藥物治療（Ⅳ）。目前FDA唯一批準的妊娠B類慢性乙型肝炎治療藥物為替比夫定。
對HIV感染但不需抗HIV治療的患者，2008版指南增加了對替比夫定的使用推薦意見，同時IFN的使用條件從CD4＞400改為CD4＞500，即優先用阿德福韋酯、替比夫定或IFN（CD4＞500）。如HIV感染患者正在治療，抗反轉錄病毒治療方案中應包括替諾福韋或拉米夫定聯合替諾福韋（Ⅱ）。
此外，新指南對於合並HCV或HDV感染的患者增加了如下治療建議，即在判定何種病毒占優勢後進行相應治療（Ⅲ）。
具有明顯或肝功能即將失代償的核苷（酸）類似物初治患者應以拉米夫定為首選治療藥物（Ⅱ），同時新版指南中增加了恩替卡韋和替比夫定兩種藥物（Ⅲ）。
2005年共識對擬接受免疫抑製治療或化療的HBsAg陽性患者，建議開始治療前預防性給予拉米夫定，直至免疫抑製治療或化療停止後6周。隨著新治療藥物的不斷出現，新指南將2005年共識中推薦的拉米夫定改為直接抗病毒藥物，同時將應用時間從6周延長至至少12周（Ⅰ）。
五、關於對核苷（酸）類似物耐藥者的處理
2005年共識中僅推薦了當時應用時間較長的拉米夫定的耐藥處理建議，而2008版指南還包含了阿德福韋酯和替比夫定耐藥的處理意見。
1.拉米夫定治療過程如出現耐藥，可加用阿德福韋酯（Ⅰ），也可以換用恩替卡韋（1mg/d）治療（Ⅰ）。而2005年共識中的建議是換用阿德福韋酯（Ⅰ），如無法獲得替代藥物，則隻能選擇停用拉米夫定，並給予患者密切觀察（Ⅱ）。
2.從未應用過拉米夫定治療的患者如對阿德福韋酯耐藥，則加用或換用拉米夫定、替比夫定、恩替卡韋治療（Ⅲ）。
3.對替比夫定耐藥的患者可加用阿德福韋酯（Ⅳ）。
4.對核苷（酸）類似物耐藥者，IFN是一種治療選擇（Ⅲ）。
六、關於肝移植患者的推薦意見
肝移植前對所有列入肝移植名單且PCR檢測HBV-DNA為陽性的患者應給予核苷（酸）類似物治療。
肝移植後，拉米夫定和小劑量乙肝免疫球蛋白（400～800U，每日肌內注射1次，共1周，之後每月肌內注射400～800U，長期應用）可安全有效地預防移植物HBV再感染（Ⅱ）。此外，還可考慮聯合使用拉米夫定和阿德福韋酯（Ⅱ）。肝移植後12個月或以上應用阿德福韋酯代替乙肝免疫球蛋白是一種經濟有效的預防措施（Ⅱ）。對“低危”患者可考慮用拉米夫定單藥治療（Ⅰ）。
對於原來無HBV感染的患者接受抗HBc陽性供體的推薦意見，2008版指南和2005年共識相同，即應接受拉米夫定或乙肝免疫球蛋白長期預防性治療（Ⅲ）。但與2005年共識相比，新版指南刪除了對肝移植條件和出現HBV相關的移植肝損傷，以及對擇期肝移植患者進行移植時機的建議。