殘存不足百分之一的人口已經沒有了現代化社會的工業生產基礎，甚至沒有了人類賴以製霸地球的人口，這是人類文明最難熬的嚴冬。甚至因為無法恢複生產，而人群又密集地擠在避難所裏出現了，糧食危機，最睿智的哲學家也無法抱有任何希望。
就在這個時候，人類曆史上的一位偉大先知出現了，他叫楊修遠，因為對於暗基生物的超自然能力的深刻研究，他發現了人類利用暗能量的途徑：與暗生物或其殘骸有過長時間接觸的人將會產生變異，或者是長時間處於暗能量富集的環境如裂縫附近，變異的結果就是身體機能發生改變並獲得利用深淵暗能量的能力，隻是一般人發生的變異而產生的超能力隻是作用於感知，即後世所俗稱的超感變異；而注射過楊修遠研製的基因穩定劑的人在暗環境中發生的變異則更為強大，這類變異者獲取的能力則多種多樣，但毫無疑問都強於隻能勉強幹擾感知的超感變異能力，於是這類變異者被稱為超能變異。
盡管楊修遠製造了不少基因穩定劑，但是對於超過一千萬的幸存者人口來說遠遠不夠，所以，中國、北美、歐洲、西亞等地的幸存者中隻產生了不到三十萬的超能變異者且大半在中國的幸存者中，而超能變異者所具備的超級能力是對抗深淵生物的關鍵。
剩下的沒有基因穩定劑的人們也隻能進行超感變異，畢竟超感能力有迷惑感知功能，在對抗怪物時至少有了一定的對抗資本，而不是一味被屠宰。
擁有了超級能力對抗怪物的人類將領地擴張了出去，而這一時期也湧現了許多超級英雄，人們以其能力給他們命名，有知名的火神、寒冰女王、月之黯麵等超級英雄；而超級英雄都來自超能者，超感者在這一時期隻是處於一般的勞動生產者的階級，但因為其能力在對抗超感者時表現強於對抗深淵怪物，而且其體量龐大，所以處於新時代文明中的主體地位。
隨著科學家們對超級能力的開發和研究，人類大致將擁有的超級能力分為了三類：強化、超自然、超感知。這是很籠統的分類，強化即以能力強化自身，而超自然則為能夠以人力發動超自然力量的超級能力，這類超級能力五花八門，許多科學家又做了更為精確的分類，以進行更專業的研究。
前兩類能力是超能者獨有的，而超感者隻有超感知類能力，超感知類能力的特點就是感應及迷惑。
在這一時期已經不再有普通人，所有人有都變成了超級能力者，這些超級能力在之前的和平社會中是不可想象的。但是在文明之火將熄的時代簡直就是上天恩賜。
而超級能力者的壽命也發生了翻天覆地的變化，超能者能有平均超過三百年的壽命，而超感者的平均壽命也比正常人長出將近四分之一，這導致了人類迭代的速度大大延緩，而相對應的，超能人類生育的困難程度也增加的不少，一位超能者漫長的一生中平均也隻有五名後代；超感者的生育能力也有了顯著的下降但是相對於超能者來說，無疑還是好上太多。所以在體量上，兩類能力者仍舊保持著從前的態勢。
而在第一代能力者出現後，他們的後代也遺傳了他們的超級能力並且無法再用外力改變，即使超感者後代注射基因穩定劑也仍是超感者，超感者的後代必定是超感者，而隻有超能者和超能者的後代才會是超能者。
依靠著超級能力者，在災難爆發的頭五百年內，人類在艱難地同怪物對抗的過程中逐漸重建自己的家園，慢慢恢複生產，若是人類的人口及生產力水平能回到哪怕災難前的三分之一，人類也有能力將怪物趕回深淵之內，隻是隨著時間的推移，盡管人類的超能力應用在不斷提升，但是深淵中出現了越來越恐怖的怪物，人類始終隻能苦苦掙紮。
深淵中的強大的個體隻能由超能力者中最強大的那批戰士聯手對抗，在苦苦的支撐之中，人類文明的重新崛起之路漫長而遙遙無期，而在第三次的深淵生物全麵入侵中，曆史的走向改變了。
隨著能力差異的日漸加大，兩類能力者間的積怨也越來越深，超能者認為自己付出了許多生命的代價維持了現狀而超感者坐享其成；而超感者認為超能者空耗人類辛苦儲備卻無力改變現狀。
終於在對抗深淵生物損失慘重之後，超能者與超感者在爆發了一次激烈的衝突之後，二者分道揚鑣並結下世仇。