公元3017年，時隔1000年，第三次世界大戰爆發，聯合國四分五裂，亞洲聯盟，歐洲聯盟，美洲聯盟，非洲聯盟等軍事集團興起……
公元3025年，一顆拖著藍色輝光的不明物體墜入地球，一種特殊的基因病毒迅速擴散，馬上就覆蓋了整個地球，從此之後，越來越多的不明天體墜入地球，城市，村莊，工廠，農田，都被摧毀……
人類受到了基因病毒的影響，產生了進化和異變。大多數地球人具有這種病毒的抵抗能力，麵對這種病毒，沒有絲毫影響。一部分地球人體內沒有這種抵抗能力，所以受到病毒的影響，進化為蓋爾人。蓋爾人擁有平均500年的壽命，強健靈活的身體，和更加靈敏的頭腦。少部分地球人，由於自身基因的特殊性，達到了與基因病毒共生的程度，整個人體發生變異，他們被稱為雅爾人。雅爾人沒有蓋爾人那樣的壽命，卻獲得了不可思議的各種各樣的超能力，而且雅爾人顯著的特殊發色和瞳色使他們被地球人視為異類而受到排擠。
公元3026年，第三次世界大戰由於外星勢力的介入而結束，地球人四分五裂……原本為敵的各聯盟軍組成地球近衛軍，抵擋著一切會對地球人造成威脅的勢力。近衛軍迅速發展壯大，並占領了全球。就在近衛軍占領全球後不久，來自銀核的天外來客降臨地球，傳播了銀核人的思想。蓋爾人從此信奉銀核人，成為銀核人統治地球的傀儡。受到銀核人幫助的蓋爾人迅速崛起，與地球人展開了激烈的鬥爭，而銀核人的銀核機械兵團也參與了這場土地爭奪戰。蓋爾人迅速占領了整個歐亞大陸，改名為銀核大陸，並造起了各種工程，采集著地球的能源。銀核大陸的雅爾人造到殘酷鎮壓，被迫隱居到南部山區。大陸上的蓋爾人則集中集結到了天塹蜀地，建立軍事基地，等待著複仇的機會到來。受到最大影響的地球人，家園彌漫著效果，人們到處奔走，尋求生存。突然，一艘巨大的宇宙飛船駛入地球。飛船上不斷播放著聲稱會帶領地球人走出困境的聲音，然後將所見到的那些地球人帶離開地球。這艘宇宙飛船被人們視為是神派來拯救人類的象征，故把這艘飛船稱為“方舟號”。方舟號每個月都會來銀核大陸帶走人類，人類的數目逐漸減少……蓋爾人又與其他大陸的近衛軍發生了戰爭，硝煙彌漫著整個地球……