揚州已經被攻下，南都哪裏還能保得住？清兵屠城後，下令渡江。總兵鄭鴻逵、鄭彩鎮守瓜州，副使楊文驄駐紮在金山，聽說清兵到來，隻管亂放炮彈。清兵故意不進，等到夜深人靜的時候，從上遊偷偷渡江。幾位軍官直到天亮才知道清兵已經渡江，不敢再戰，隻好一哄而散。警報飛達南京的時候，弘光帝還在擁著美人飲酒取樂。聽到這個消息，急忙收拾好行李，帶著愛妃，從通濟門出去，直奔蕪湖。馬士英、阮大铖等人也一並逃走。忻城伯趙之龍、大學士王鐸等人大開城門，恭迎清軍。清豫王多鐸因為他們開城投降，特別加恩，禁止殺掠。休息了一天，就進兵去追弘光帝，明總兵劉良佐望風迎降。
那時江南四鎮隻剩下一個黃得功。他之前曾奉命攻打左良玉，左良玉死後，他仍然駐紮在蕪湖。弘光帝趕到之後，黃得功不得已，隻好出營迎駕。一天之後，清兵追到，黃得功率領水兵，渡江迎戰。正在彼此惡戰的時候，忽然聽見劉良佐在岸上大喊：“黃將軍怎麼不早點投降？”黃得功不禁大怒，厲聲回答：“你是明朝的將軍，難道甘心降敵嗎？”正說著，突然有一箭飛來，正中喉嚨，霎時間鮮血直噴。黃得功疼痛難忍，料定支撐不住，竟然拔箭刺向咽喉，死在船中。總兵田雄見黃得功已死，就起了異心，一把將弘光帝挾住，又令士兵綁住弘光帝的愛妃，將他們一起送到對岸。這位風流天子隻享了一年的豔福，就變成了俘虜，與愛妃一起被押到燕京，不久便丟了性命。江南一帶，全部為清朝所有，清朝廷將應天府改為江寧府。大明朝這才算真正亡國了。
後來潞王朱常淓流落到杭州，聲稱監國。不到幾個月，清兵到來，潞王無計可施，隻好開門投降。明朝的左都禦史劉宗周絕食身亡。魯王朱以海在山東避難，後來流落到台州，被故臣張國維等人迎到紹興，也聲稱監國。才過一年，紹興就被清兵攻陷，朱以海逃到海上，死在了金門。唐王朱聿鍵之前因勤王獲罪，被幽居在鳳陽。福王在南都稱帝的時候，將他釋放。他流落到福建，被鄭芝龍、黃道周擁立為皇帝，改元隆武。明朝的賊臣馬士英、阮大铖私自投降清軍，帶清軍進入仙霞關，唐王被擄，在福州自盡，馬、阮兩賊也被清軍殺死。桂王朱由榔在尚書陳子壯等人的擁立下，也聲稱監國，後來在肇慶府稱帝，改元永曆。這永曆皇帝與清兵苦苦相持，從清順治三年開始，一直熬到順治十六年，才寸土俱無，投奔緬甸。在緬甸住了兩年，清降將平西王吳三桂迫使緬甸人將他獻出，隨後把他處死。明室的支脈到這裏就算結束了。剩下一些明朝的遺臣起起落落，數不勝數，最著名的是鄭芝龍的兒子鄭成功。鄭芝龍投降清朝後，鄭成功不肯相從，開始在海上募兵。起初奉隆武為正朔，後來又奉永曆，把荷蘭人占據的台灣島奪下作為根基，傳了兩代才被清軍蕩平。