楊肇基打了勝仗後，又與趙彥商議攻打鄒城。途中聽說賊兵的精銳都聚集在嶧山，就命遊擊兵趕到鄒城，牽製城中的守賊，自己帶著大軍去攻打嶧山。賊兵沒有防備，突然被官軍殺入，紛紛做了刀下鬼，隻有一小半逃回鄒城。趙撫、楊總兵追到城下，徐鴻儒知道自己走投無路，就與部下高尚賓、歐陽德、酆九敘、許道清等人誓死堅守。城池屢攻不下。鄒縣和滕縣互相照應，趙彥料定滕縣沒有收複，鄒縣也很難攻克，就派楊國盛、廖棟等人攻打滕縣，又在沙河大破賊黨，鄒城從此孤立。官兵築起長圍，將鄒城圍得水泄不通。城中的糧食慢慢吃完，守城賊兵都麵無血色。趙彥下令招降，除徐鴻儒外，其他人一概免死。偽都督侯五和偽總兵魏七等人拔去城上的旗幟，情願投降。徐鴻儒一個人趁夜逃走，剛出城門就被官兵抓住。趙彥等人入城撫慰百姓，收繳無數物資儲備。徐鴻儒被押送到京師，按照慣例處死。徐鴻儒受刑的時候，仰天長歎：“我與王好賢父子苦心經營了二十年，黨羽不下兩百萬，因為密謀先期泄露，才遭此失敗，真是天意弄人啊！”徐鴻儒叛亂，曆時七個月便全部剿滅。王好賢聽說徐鴻儒伏法，就帶著家屬二十多人逃到薊州，接著又向南逃奔到揚州，後來行蹤敗露被擒，按律處死。朝廷論功授爵，升趙彥為兵部尚書，楊肇基以下各有封賞。趙彥得知五經博士孟承光是孟子的後裔，鄒城失陷時，他被賊兵擒獲，因不肯屈服而遇害，於是上疏奏明此事，又經過禦史等人的申請，修葺了孟廟。
這時候的魏忠賢專橫跋扈，胡作非為。他勾結奸黨屠害忠良，東廠中哭號喊冤的聲音晝夜不絕。楊漣這時任左副都禦史，看到魏忠賢種種不法行為，忍無可忍，於是上疏參劾魏忠賢的二十四條大罪。奏折寫好後，本來想在熹宗早朝的時候當麵呈遞，誰知第二天的早朝被免去。楊漣擔心再耽擱下去會泄露機密，隻好照例封入。當時已經有魏忠賢的心腹前去報信。魏忠賢非常恐慌，就去拜見內閣大臣韓爌，請他替自己說情，韓爌嚴行拒絕。魏忠賢不得已，隻好在皇帝麵前哭訴，並托客氏幫忙掩飾。熹宗本來就是個麻木不仁的人物，以為客氏、魏忠賢理直，楊漣理虧，就讓魏廣微擬旨駁斥楊漣。魏廣微當時雖然位居輔臣，但仍然是權閹的走狗，所以聖旨格外嚴厲。魏忠賢假裝要辭去東廠的職務，自願出宮，經熹宗再三勸慰，為此竟接連三日輟朝。一直到第四天，皇上才親臨皇極門。楊漣正想再次參劾，偏偏已有聖旨傳下，命左班的大臣不得擅自奏事。頓時群臣激憤，罷朝之後，各自回去擬寫奏章，陸續上陳。給事中魏大中、許譽卿，禦史劉業、楊玉珂，太常卿胡世賞，祭酒蔡毅中，撫寧侯朱國弼等人先後參劾魏忠賢。奏折多達一百多封，有的單人，有的聯名，無不慷慨激昂，誰知遞上去後都沒有消息。陳道亨那時被調往南京兵部尚書，因為生病而不再參與公事，看到楊漣的奏折之後，奮然出署，聯合南京部院的諸位大臣，剴切上奏。奏折送到京城，卻招來一頓訓斥。陳道亨決心辭官，潔身引退。大學士葉向高以及禮部尚書翁正春，請求熹宗將魏忠賢遣回鄉裏，暫時堵住眾位大臣的嘴，熹宗仍然不從。工部郎中萬燝實在看不過去，就上疏說：“朝廷內外隻知道有魏忠賢，不知道有陛下，豈能將他留在左右？”魏忠賢正無處發泄，看到這種奏折，立即惱怒道：“一個小小的官兒也敢到太歲頭上動土？再不嚴辦，那還了得！”隨即傳出矯旨，杖責萬燝一百下。走狗們接到命令，馬上跑到萬燝家中，把他扯出，你一拳，我一腳，邊拖邊打。等拖到衙門裏，萬燝已經是氣息奄奄，哪裏還禁得住刑杖交加？