徐階離開之後，回到府中，親自寫了一封奏折，說事情已經落實，嚴世蕃勾結倭寇、密謀叛逆，證據確鑿，請速速判刑，以泄公憤！這奏折就像是嚴世蕃的催命符，不到一天，就有聖旨傳出，將嚴世蕃、羅龍文處斬。嚴世蕃回到獄中的時候，就和羅龍文說：“這下完了。”奸黨們前來探望，嚴世蕃低頭不語。後來聖旨下令處斬，二人急得沒有辦法，隻得抱頭痛哭。那時，嚴世蕃的家人到獄中請嚴世蕃給家裏寫信，與父親訣別。嚴世蕃取過紙筆，淚珠簌簌地往下流，一張白紙濕透了半張，手也發起顫來，不能寫字。不一會兒工夫，監斬官就來了，押著兩個人去了法場，當即被斬首。朝旨又削嚴嵩為民，令江西撫按沒收家產。撫按等不敢怠慢，立即到嚴府查抄，共得來黃金三萬兩，白銀三百多萬兩，奇珍異寶不計其數，幾乎超過皇宮。又查到嚴氏家人藏匿奸盜，強奪民田等罪狀，其中二十七人被發配邊疆，嚴嵩被驅逐出門外，房產全部被查封。嚴嵩寄居在自己的墓地裏，兩年後餓死。
嚴嵩父子被扳倒之後，總督東南軍務胡宗憲心裏惴惴不安，又因倭寇未肅清，擔心遭到譴責，就將兩隻白鹿進獻到京師，並讓手下徐文長附上文章，極力稱頌帝德格天，仙鹿呈祥等等。世宗看過文章之後，不由得極口稱讚，當即升胡宗憲為兵部尚書，兼統管巡撫。後來，胡宗憲又獻了兩隻白龜，五根五色靈芝，世宗更加喜歡，給白龜賜名為玉龜，靈芝賜名為仙芝，胡宗憲也有封賞。
胡宗憲的官越做越大，責任也越來越重。他平時頗有膽略，與倭寇的大小幾十場戰鬥，屢得勝仗，每次臨戰，也必定親自上陣，從來沒有畏縮過。嘉靖三十八年，江北廟灣以及江南三川沙連破倭寇，江、浙地區的倭寇稍稍平息，轉到廣東、福建一帶。胡宗憲既統管東南，廣東、福建的軍務也歸他調遣，一些總兵平時來奏事的時候常常會遭到他的斥責，因此心懷不滿。而且自從嚴氏衰落之後，大臣們株連了很多，胡宗憲雖然有功，但終究難逃“嚴黨”這兩個字。嘉靖四十一年，朝中參劾他的奏章已經堆得滿滿的了。世宗本來就是個好猜的主子，今天褒，明天貶，喜怒無常，竟然將胡宗憲奪職，放歸鄉裏。第二年，又有大臣繼續參劾，胡宗憲被逮捕到京城，服毒身亡。
胡宗憲一死，倭寇越來越猖獗，竟然攻陷福建的興化府。興化是福建有名的郡縣，一向富裕，這次被攻陷之後，遠近為之一震。幸好這時一位名將應運而生，為國操勞，屢破敵寇，最終平定東南。這位名將就是定遠人戚繼光。戚繼光，字元敬，世襲登州衛都指揮僉事。一開始是胡宗憲的部下，任參將一職，能自創新法，出奇製勝。福建的匪患越來越急，巡撫遊震得飛章上告，並請朝廷調浙江義烏的兵馬前去支援，由戚繼光統率。世宗準奏，並命參政譚綸、都督劉顯、總兵俞大猷一同支援興化。劉顯從廣東趕來，部下不滿七百人，在府城三十裏外隔江駐兵。俞大猷之前被胡宗憲參劾，被貶到大同戍邊。這次複官南下，倉促間不敢攻城，也暫且觀望，專等戚繼光前來。倭寇在興化城住了三月，奸淫擄掠，無惡不作，後來又移攻平海衛，都指揮歐陽深戰死。
這個時候，戚繼光帶著義烏的兵馬趕到。譚綸就命戚繼光率領中路大軍，劉顯率令左路大軍，俞大猷率領右路大軍，進攻平海衛。倭寇急忙前來迎戰，第一路遇到戚繼光，正準備搖旗呐喊，衝殺過去。不料戚家軍中鼓角齊鳴，士兵們手裏拿著一隻竹筒噴射，放出無數石灰，白茫茫的就像起了大霧，迷住敵兵雙眼，使他們連東西南北都辨不清楚。倭兵正在擦眼睛，戚家軍已經殺到，手裏拿的兵器也不是平常的刀槍劍戟，而是一兩丈長的筤筅，打得倭兵頭破血流，東歪西倒。這筤筅究竟是什麼東西呢？據戚繼光的兵書上記載，是將長大的毛竹用快刀截去嫩梢細葉，四麵削尖枝節，鋒麵快如刀刃，與狼牙棒、鐵蒺藜相似，也叫做狼筅，是戚繼光自創的兵器。倭兵從來沒見過這種東西，嚇得手足無措，四散奔逃。誰知逃到左邊，與劉顯相遇。劉顯率軍一陣亂砍，倭兵被殺死無數。逃到右邊，又與俞大猷碰頭，一陣亂搠，又殺得一個不留。向後麵逃去的倭兵，被戚繼光麾軍趕上，頓時頭顱亂滾，頸血直噴，平海衛當即收複。接著官兵又去攻打興化，那裏已經是一座空城，留守的倭兵早不知逃到哪裏去了。