世宗考慮到楊繼盛是因為參劾仇鸞才被貶官，未免冤枉，於是又召楊繼盛回京，從典史四次遷升，一直升為兵部員外郎。嚴嵩與仇鸞有過節，也因為楊繼盛參劾仇鸞有功，便從中說情，於是楊繼盛又被升為兵部武選司。楊繼盛哪裏知道這些，隻知道感激皇上的恩德，一心想著報國。剛上任一個月，就草擬奏折參劾嚴嵩的罪狀。稿子還沒寫成的時候，妻子張氏進來，問楊繼盛參劾什麼人，楊繼盛憤憤地說道：“除了嚴嵩，還有誰？”張氏委婉地勸他說：“你不用動筆了，之前你參劾仇鸞，幾乎被害死。如今嚴嵩父子權勢遮天，一百個仇鸞都敵不過他，你這不是在老虎頭上搔癢嗎？不但對國家無濟於事，反而身陷禍端，這又是何苦？”楊繼盛說：“我不願意與這奸賊同朝共事，不是他死，就是我亡。”張氏說：“你就是死了也沒什麼好處，還不如辭官！”楊繼盛說：“龍逄、比幹流芳百世，我能跟在古人之後，也知足了。你不要阻攔我！”張氏知道勸不住，隻好含著淚走了出去。楊繼盛繼續起草，從頭到尾，論述了嚴嵩的十大罪狀以及五種作奸犯科的事情，語語痛切，字字嗚咽，堪稱明史上的一篇大奏折。
楊繼盛一直等了十五天，才齋戒沐浴將這奏折遞上。誰知早上呈上奏章，晚上就被捕入獄。原來世宗看了奏折，立即將嚴嵩招來。嚴嵩見裏麵有召景、裕兩位王爺前來作證的話，就啟奏道：“楊繼盛竟敢私自勾結二王，誣陷參劾老臣，請陛下明鑒！”世宗馬上下令逮捕楊繼盛下獄，命法司嚴厲審問主謀。楊繼盛說：“話都是我說的，盡忠也是我一個人的事情，難道一定要有他人主使嗎？”法司又問他為什麼要找兩位王爺作證，楊繼盛又厲聲說道：“滿朝文武都懼怕嚴嵩，除了景、裕兩位王爺，誰敢說話？”法司就不再繼續追問，隻是說他誣蔑大臣，杖責了一百下，交給刑部。刑部尚書何鼇受嚴嵩密囑，想將他杖死，幸虧有郎中史朝賓相救。嚴嵩也確實厲害，竟馬上貶史朝賓為高郵判官。又因為奏折中的事情需要查明，就由嚴世蕃親自寫了辯書，送給兵部武選司郎中周冕，讓他照著樣子抄一遍上奏給朝廷。周冕鐵麵無情，竟然將實情上奏。
這下，朝中大臣都為嚴嵩父子捏一把冷汗。誰知嚴嵩使出各種手段，居然打通關節，傳出聖旨，說周冕捏造事實，朋比為奸，將他下獄削職，並且升嚴世蕃為工部左侍郎。楊繼盛披枷帶鎖，從獄中被帶到朝廷，道旁的人都來圍觀，見楊繼盛身受重刑，紛紛歎息：“楊繼盛是天下的義士，怎麼遭到如此毒手？”又指著枷鎖悄悄地說：“怎麼不把這種刑具，帶在奸相的頭上，反而冤枉好人？”
國子司業王材聽到輿論後，就對嚴嵩說：“人言可畏，相公何不網開一麵，救出楊繼盛，否則遺臭萬年多麼不值。”嚴嵩也有所感悟，慷慨道：“我也可憐他一番忠誠，就替他在皇上麵前求求情，寬恕他一點好了。”嚴嵩和兒子嚴世蕃商議，嚴世蕃說：“不殺掉楊繼盛，怎麼會有寧日？”嚴嵩遲疑了半天，又說：“你也是從一時著想，不管以後的日子。”嚴世蕃建議道：“父親要是決定不下來，就去問問別人。”嚴嵩點頭說道：“你去和胡植、鄢懋卿商量一下。”嚴世蕃領命而去，到鄢懋卿的家裏說明情況。鄢懋卿驚道：“這不是養虎為患嗎？”嚴世蕃說：“我也這麼說，可家父一定要我問問您和胡公，我也不能不到此一行。”鄢懋卿說：“老胡恐怕也不讚成！我去請他前來。”當下就派家人去請胡植。
胡植過來之後，談起楊繼盛的事，也和鄢懋卿一個想法。嚴世蕃便匆匆告別，將二人的話轉告給嚴嵩。嚴嵩說：“既然眾論一致，我也顧不得什麼了。”於是打定主意，要殺楊繼盛。正巧這時倭寇猖獗，趙文華去視察海防部署，與兵部侍郎張經等人有了過節。趙文華嫉賢妒能，誣陷張經等人。於是嚴嵩就任意牽扯，將楊繼盛一並列入，可憐這位赤膽忠心的楊老先生，就這樣在市井之間舍生取義了。