過了幾天，太監懷恩來到內閣，手裏拿著一個小木匣，交給萬安，然後對他說：“皇上有旨，這豈是大臣所為？”萬安莫名其妙，打開匣子看見裏麵有一本小書，末尾署著“臣安進”三個字，是從前親筆所寫，這才回憶起之前的隱情，不禁汗流浹背，伏在地上。庶吉士鄒智，禦史薑洪、文貴等人當時也在內閣，湊過去一看，隻見那小書上列的都是些房中術，於是哄堂大笑。過了兩天，萬安入朝，懷恩朗誦參劾奏章，開頭的署名就是庶吉士鄒智等人，後麵都列著萬安的罪狀。萬安一再磕頭哀求，毫無辭官的意思。懷恩讀完，走到萬安前麵，摘去他的牙牌，大聲說：“快走吧！免得加罪於你！”萬安這才誠惶誠恐地離開，辭官而去。
孝宗常常悲痛地懷念起自己的生母，曾經派人到賀縣尋找外家，卻始終沒有消息。隻好在桂林立下祠堂，春秋祭祀，並追諡生母紀氏為孝穆太後。大學士尹直奉旨修撰冊文，其中有“睹漢家堯母之稱，增宋室仁宗之慟。”這麼一句，孝宗牢記在心，每當有閑暇的時候，就回味這兩句話，往往潸然淚下。又因為憲宗的廢後吳氏對他有養育之恩，所以一切衣食住行都照太後的禮節。
憲宗末年，用人不當。當時就有“紙糊三閣老，泥塑六尚書”的謠傳。三閣老指萬安、劉翊、劉吉；六尚書指尹旻、殷謙、周洪謨、張鵬、張鎣、劉昭。這九個人時進時退，毫無建樹，所以才說他們是紙糊泥捏的。孝宗即位之後，勵精圖治，黜佞任賢。起用前南京兵部尚書王恕為吏部尚書；升禮部侍郎徐溥為禮部尚書，兼文淵閣大學士；升編修劉健為禮部侍郎，兼翰林學士，入閣辦事；召南京刑部尚書何喬新為刑部尚書。逮捕梁芳、李孜省下獄，流放鄧常恩、趙玉芝等人，誅殺妖僧繼曉，所有紙糊泥捏的閣老、尚書全部清理出了朝廷。
孝宗的皇後張氏，是都督同知張巒的女兒，冊封為皇妃之後，與孝宗相親相愛。後來張氏被冊封為皇後，父親張巒被封為壽寧伯，死後還被追封為昌國公。那時海內一統，平安無事，貴州的苗族稍稍作亂，也被巡撫鄧廷讚討平。北方的小王子以及脫羅幹的兒子火篩雖然時不時侵犯邊境，經過甘肅總兵官劉寧的一番戰守，也偃旗息鼓了。孝宗政體清閑，自然逐漸鬆懈下來。內監李廣、楊鵬等人趁機邀寵，帶著皇帝遊山玩水。後來經太子以及侍講大臣的勸阻，孝宗也稍有悔悟。可惜外臣的規勸終究不如近侍的諂媚，並且東廠還沒有改革，仍然由內侍做主，難免徇私舞弊。
湊巧這時發生了一件訟案。先前千戶吳能有個女兒名叫滿倉兒，生得妖豔絕倫。因為這滿倉兒性情淫蕩，屢教不改，吳能就將她賣給了樂坊的張氏。張婦又將她轉賣給樂工袁璘做妻子。吳能的妻子聶氏本來就不想賣女兒，吳能死後，聶氏就查訪女兒的下落，前去認領。哪知滿倉兒不但不認母親，反而白眼相待。聶氏非常生氣，就與兒子一起將滿倉兒引誘到家裏，藏在密室之中。袁璘前去贖要，卻沒有結果，於是告到了刑部。丁哲、王爵得知案情後，訓斥了袁璘幾句。袁璘竟然信口謾罵，以至於惹惱了二人。丁、王二人讓衙役重打袁璘，袁璘歸家之後，因為身上有傷，胸中的憤怒又不能發泄，沒過幾天就病死了。禦史陳玉等人檢查袁璘的屍體，發現確實是病死，就填寫了屍表備案，然後將他埋葬。誰知楊鵬的侄子與滿倉兒有染，滿倉兒於是從密室逃出，前來哭訴冤情。楊鵬的侄子帶她覲見叔父，隻說是刑部枉斷，以至於袁璘屈死。楊鵬不明白事情真相，隻是覺得滿倉兒楚楚可憐，就參劾丁哲、王爵無故殺人，應該抵罪。後來經法司細細盤詰，案情才水落石出，無奈礙於東廠的麵子，隻能委曲求全，將滿倉兒一頓毒打，並判了丁哲等人杖人至死的罪狀，準備流放。刑部吏徐珪打抱不平，上疏替丁哲等人辯解。誰知朝廷非但不準奏，反而將他革職為民。丁哲、王爵也被一同流放。