過了一段時間，慈懿皇太後錢氏駕崩，周太後想另造陵寢，不想讓她與英宗合葬，萬貴妃也迎合周太後的旨意，勸憲宗聽從母後的安排。憲宗心裏還有些遲疑，便將群臣召來商議。彭時首先上奏：“合葬已經是慣例了，何必要另行商議？”憲宗答：“朕怎麼會不知道這個？但這些都是母後的意思。”彭時又說：“皇上遵從禮節才是大孝。”接著，商輅與劉定之等人也上奏：“皇上大孝，應當遵從先帝的心意。現在如果將慈懿太後的棺槨安置在先皇的左邊，空下右邊虛位以待，便是兩全其美了。”憲宗略略點頭，當即退朝。又過了好幾天，經群臣一再催促，甚至伏地大哭，憲宗這才下旨，照大臣們的意思去辦。群臣齊聲呼萬歲，依次退下。
成化五年，柏賢妃生下一個兒子，取名祐極。又過了一年，紀淑妃又生下一個兒子，這孩子便是後來的孝宗。生孝宗的時候並沒有取名字，憲宗也並不知情。原來紀妃是賀縣人，不但饒有姿色，並且聰敏過人。成化三年，西南蠻部作亂，襄城伯李瑾及尚書程信等人前去討伐，先後焚燒掉蠻寨兩千多座，俘虜了很多人。紀氏也被俘虜到京城。王皇後見她靈秀聰慧，便親自教授文字，讓她管理內藏。憲宗偶然間駕臨內藏，正巧遇到紀氏。問到內藏的多少時，紀女口齒伶俐，應對詳明，頓時龍心大悅，便在紀女的寢榻上演了一出龍鳳合歡。過了幾個月，紀女的小腹居然鼓了起來，萬貴妃得知後就讓心腹侍女前去調查。那侍女頗有良心，隻說是紀氏得了腫脹病。貴妃半信半疑，勒令她退出內藏，住到安樂堂。紀氏十月懷胎，生下一個男孩，料知不便撫養，隻好咬咬牙把孩子抱出去，交給門監張敏讓他拿去溺死。張敏驚歎：“皇上還沒有子嗣，怎麼能輕易拋棄骨肉？”於是便將孩子藏入密室，隻拿些蜂蜜花粉，暗地裏哺育。萬貴妃曾經派人前去察看，也不見有什麼動靜，隻好罷休。幸好廢後吳氏貶居在西宮，與安樂堂相近，聽到消息後，就把孩子帶來哺育，這才保全了嬰兒的性命。憲宗全然不知，隻知道有皇子祐極一個人，長到兩歲，就將他封為皇太子。到了第二年二月，太子竟然患起病來，來勢洶洶，什麼藥都不管用，隻過了一天一夜，就夭折了。宮女、太監都覺得這件事有些蹊蹺，暗暗查訪，果然是萬貴妃下的毒手。隻因貴妃寵冠六宮，哪個敢在太歲頭上動土？大家也隻好置若罔聞，明哲保身。
時光易逝，轉眼就是成化十一年。憲宗因處處受貴妃壓製，常悶悶不樂，再加上思念亡子，更覺得鬱鬱寡歡。一天，憲宗召太監張敏給他梳頭，將鏡子拿在麵前照，忽然看見頭上生了幾根白發，不覺歎息道：“朕已經老了，卻還沒有兒子。”張敏馬上叩頭：“萬歲已經有兒子了。”憲宗愕然地問：“朕的兒子已經死了，哪裏還有子嗣？”張敏又叩頭答道：“奴才的話一出，恐怕性命就不保了，隻要萬歲為皇子做主，奴才死而無憾。”此時司禮監懷恩也在一邊，便跪下來說：“張敏說得不假。皇子在西宮被撫養成人，現在已經六歲了。隻因擔心遭到毒手，所以才不敢上報。”憲宗大喜，馬上駕臨西宮，命張敏等人到安樂堂迎接皇子。紀氏抱著兒子大哭：“我兒這一去，我的性命就難保了。我兒在這裏被偷偷撫養六年，今日前去，若看見穿黃袍長著胡須的就是我兒的父親，我兒去拜見就是了。”說完，就給那孩子換了一件小紅袍，抱上小車，命張敏等人護送前去。等到了西宮的台階下麵，那孩子竟然自己從車中走下來，撲到憲宗的懷裏。憲宗把他抱起來放在膝上，看了好久。見他非常可愛，不禁悲喜交加，垂著淚說：“像我！像我！的確是我的兒子！”張敏當即將紀氏被臨幸的年月，以及生子情況，詳細敘述一遍。憲宗接著召見紀氏，握著她的手痛哭一場，讓她住在西宮，然後命司禮監懷恩去通知內閣，內閣大臣無不歡欣雀躍。隨即命禮部定名，叫做祐樘，然後冊封紀氏為淑妃。
大學士商輅擔心祐樘會重蹈太子祐極的覆轍，但又不便明言，隻好與同僚商議了一計，接著呈上奏折：“皇子與母親因病別居，很久沒有相見，應該讓母子朝夕相處，一切撫育都由貴妃主持。”憲宗準奏。於是將紀妃移居永壽宮，並時常被憲宗召見，與憲宗把酒言歡。此後宮內的妃嬪稍稍放大了膽子，蒙幸懷孕以及誕下皇子的消息接二連三地傳來。邵宸妃生下兒子祐杭，張德妃生下兒子祐檳，姚安妃、楊恭妃、潘端妃、王敬妃等人也陸續生男。隻有萬貴妃滿懷痛苦，早晚哭泣。後來終於忍無可忍，又用那藥死太子的手段，殺害了紀妃。太監張敏聽說紀妃暴死，知道自己也不能免禍，於是祈禱蒼天，求上天保佑皇子祐樘安康，然後吞金自殺。