燕王聽到消息後大怒。隨後馬上派遣都指揮李遠等人率輕騎六千多人，改換南軍的衣甲，混入濟寧、穀亭一帶，與南軍混在一起，乘機縱火，把南軍囤積的糧餉，付之一炬。燕將邱福、薛祿合兵破濟州城，派兵偷襲沛縣，又放起一把火，將南軍的幾萬艘糧船一齊燒毀，所有的軍資器械也都化成了灰。這些消息傳到京城，建文帝大為震驚。盛庸因糧道不通，焦躁異常，當即邀請大同守將房昭引兵進入紫荊關，據住易州的西水寨，窺探北平。平安也從真定出兵，準備向北平進擊。燕王那時人在大名，於是派遣將領朱能等人截擊平安，自己則帶領大軍去攻房昭。房昭被困多日，向真定求援。真定發兵相救，被燕王設伏殺敗。房昭勢窮援絕，隻得棄寨西逃。平安在半路被朱能殺敗，逃回真定。
建文帝屢屢聽到失敗的消息，無計可施。忽然想起太祖臨終前，曾經囑托過梅殷，要他輔佐幼主。建文帝當即召他入朝，商議軍事。梅殷奉旨後也不推辭，出軍鎮守淮安，募集淮安的民兵，號稱有四十萬大軍，防守燕軍。建文帝又命徐輝祖支援山東。徐輝祖星夜前行，來到小河，聽說都督何福與燕軍交戰大獲全勝，平安轉戰北阪也殺敗了燕軍，心中非常寬慰。馬上驅眾來到齊眉山，與何福合兵，再次與燕軍廝殺。後來，燕將李斌衝鋒陷陣，被冷箭射中馬頭，馬倒地後被擒殺。燕軍非常氣餒，隨即潰散。燕將王真、陳文也全部戰死。燕王退到幾十裏之外，才安營紮寨。眾將都因屢次戰敗，請求暫時退兵休養。燕王說：“兵事有進無退，稍稍有點失敗，怎麼能擅自退回？你們隻顧目前，不顧長遠嗎？”說完，又下令軍中：“想渡河北歸的請站在左邊，否則站在右邊。”將士們大多站在左邊。燕王大聲說：“你們既然不願南行，就請自便吧！”言語之中透露著不滿。朱能站出來調和：“漢高祖十戰九敗還能得到天下，我軍勝多敗少，怎麼能輕易退兵呢？”將士們這才不再多說。燕王擔心會有兵變，好幾天晚上衣不解甲，不能安睡。
這消息傳出來之後，南軍相互慶賀。京城裏的一班大臣，都說燕軍將要逃走，京城不能沒有良將鎮守，應該將魏國公召回來。建文帝於是下詔召回徐輝祖。徐輝祖回京後，何福勢單力孤。燕王又派朱榮、劉江等人率騎兵截擊南軍的糧道。何福支撐不住，隻得到靈璧紮營。平安要將糧食運到何福大營，帶了六萬人馬護衛，快到靈璧的時候，不料燕軍忽然衝出來奪糧。平安慌忙抵抗，殺了半天也不能退敵，反被敵人把隊伍截斷。正在這危急關頭，何福帶兵前來支援，與平安合擊燕軍，燕王馬上麾軍退下。
平安、何福二人以為燕軍已經退走，可以不用擔心了。於是慢慢押著糧車，往靈璧大營走去。約莫走了幾裏，天色暗淡下來，暮靄沉沉，野景蒼茫，前麵叢林錯雜，隻能看見黑壓壓的一團，辨不出什麼枝幹。各軍隻管放心過去，猛然間聽到呼哨四起，戰鼓轟鳴，林間殺出千軍萬馬，衝斷南軍。首當其衝的統將不是別人，正是燕王的次子朱高煦。南軍已經疲憊，哪禁得住這支生力軍的劫殺？況且又不知道對方有多少人馬，於是兵刃還沒接上，就已經肝膽俱裂。平安、何福還想拚死抵抗，誰知後麵又來了燕王的大軍，眼看著不能抵抗，隻好奪路而逃。等到達靈璧，不但糧食全丟了，而且損失了一萬多士兵、三千匹戰馬。眾人相對無言，隻好勉強閉寨拒守。
當晚，不見燕軍進攻。隻是營中的糧食已經吃完，大家一番商議之後，決定轉移到淮河。何福下令軍中，在第二天夜裏，以放炮三聲為號，一齊拔營。眾將得令之後，好不容易挨過一天，晚飯以後，各軍收拾妥當，專等炮聲響起。一會兒，聽到外麵炮聲接連三響，正好與號令相合。於是一齊開門，走出營外。誰知四麵八方竟全都是燕軍！