就在建文帝整修內政的時候，忽然傳來湘王朱柏、齊王朱榑、代王朱桂等人蓄意謀反的消息。建文帝馬上派兵前去，收回大印。朱柏燒毀了宮室，葬身火海；朱榑被囚禁在京師；朱桂幽禁在大同。朱榑和朱桂二人全部被貶為庶人。
一波才平，一波又起，西平侯沐晟奏稱岷王朱楩蓄意謀反，建文帝將朱楩削職為民，流徙到漳州。這時，忽然聽說燕王的兒子高熾、高煦、高燧來京城祭祀太祖，建文帝馬上傳入。彼此說話的時候，除了高煦有些拘束之外，剩下的兩個人都非常恭謹，建文帝也覺得心裏安穩了些。祭祀完畢後，齊泰想將三人留住，作為人質。哪知燕王正防著這一招，派人火速奏報，隻說是燕王生命垂危，要求三個兒子速速北歸。建文帝隻好放行。
這時，魏國公徐輝祖求見。徐輝祖是徐達的兒子，徐達的女兒是燕王妃，燕王的三個兒子都是徐氏所生。徐輝祖入奏說：“臣的三個外甥中，唯獨高煦勇猛剽悍，他非但不忠，而且還想背叛他的父親，他日必定成為後患。不如將他留在京師，免得他胡作非為。”建文帝沒有說話。高煦臨行前，在徐輝祖的馬廄中偷出一匹好馬，加鞭疾馳。等徐輝祖察覺，已經來不及了。高煦渡江北上，沿途亂殺百姓。到了涿州，又殺掉了驛官，這才回去見燕王。燕王不但沒有怪罪，還笑容滿麵地說：“我們父子能夠團聚，真是天助我也！”
過了幾天，建文帝派張昺、謝貴到燕府探視。那時正是盛夏，紅日炎炎。燕府內卻點著爐子，爐火燒得很旺。燕王披著羊皮，坐在火爐旁邊，還是瑟瑟發抖，一個勁兒地說天冷。張、謝二人與他談事，他卻東拉西扯，說些荒唐的話。張、謝二人以為燕王真的病重。辭別之後，報告給了朝廷。建文帝於是命謝貴、張昺二人設法捉拿燕王，並約長史葛誠及指揮盧振為內應。北平都指揮張信曾經深得燕王信任，於是就命他親自抓捕。
張信受命之後，不知所措。後來朝廷越催越緊，張信就想出一計。他喬裝打扮一番，乘著婦人的馬車趕到燕府，說有要事相告。燕王這才將他召入，張信看見燕王之後，立即拜見。燕王仍然一副瘋癲的樣子。張信跪下來說：“殿下不必如此，有事盡可以和臣說。”燕王還裝糊塗：“你說什麼？”張信又說：“臣有心歸附殿下，殿下卻故意隱瞞臣。實話告訴殿下，朝廷有旨，命臣前來捉拿殿下，如果您真的有病，我就把您捉到京城，否則就應該早作打算。”話說到這裏，忽然看見燕王起身下拜道：“恩人！我的全家都仰仗足下了。”接著，二人互相攙扶著起來。張信隨即將京中的密旨和盤說出。燕王立刻將親信全部招來，商議了很久才散去。
燕王又對外說自己已經病愈，親自來到禦東殿，受百官朝賀。退殿之後，馬上派人去和謝貴、張昺說：“朝廷要逮捕的坐罪官員，已經一一收押，請兩位速速前來，將他們帶走！”謝貴、張昺聽了，遲疑不決。燕王又派人去催。於是謝貴、張昺帶著衛士來到燕府，門衛將衛士們阻攔下來，隻讓謝貴、張昺進去。二人隻好命衛士在門外候著，自己進入燕府。剛到殿前，就見燕王扶著拐杖出來，笑臉相迎。接著，燕王賜宴，酒過三巡，忽然端上來幾盤西瓜。燕王對二人說道：“來嚐嚐新瓜。”謝貴、張昺稱謝。燕王吃著瓜，忽然說道：“如今編戶齊民，皇上對百姓們都如此體恤。我身為天子的親屬，性命偏偏危在旦夕！”說完，把西瓜扔在了地上。說時遲，那時快。兩旁忽然殺出伏兵，將謝貴、張昺以及葛誠、盧振擒住。燕王將手裏的拐杖扔掉，厲聲說：“我生的什麼病？我為奸臣所迫，沒有辦法才會這樣。如今已經擒獲了奸臣，不殺還等什麼時候？”隨即下令將四人斬首。
北平都指揮彭二聽說事情有變，急忙跨馬入市，招集一千多名衛兵，準備攻入端禮門。哪知燕王派壯士龐來興、丁勝等人帶著眾人出來拚殺。彭二見抵擋不住，倉皇而逃。燕王隨即將葛誠、盧振的家人全部處斬，接著安撫百姓，城中平定。都督宋忠聽到消息後，膽怯不敢進攻，從開平帶著三萬兵馬，退保懷來。燕王誓師抗命，削去建文年號，仍然稱洪武三十二年。設置官屬，任用張玉、朱能、邱福為都指揮僉事，升李友直為布政司參議，拜金忠為燕紀善。隨後，他自稱靖難軍，厲兵秣馬，擊鼓揚旗，造起反來。