傅友德又分別派藍玉、沐英等人趕往雲南。自己帶著部下趕往烏撤，為郭英等人聲援。元梁王把匝剌瓦爾密，聽到達裏麻失敗的消息，無心守城，逃入羅佐山，自刎而死。藍玉、沐英接著帶兵攻下板橋、臨安等地。當時郭英、胡海、陳桓等人已經進到赤水河，斬木造筏，計劃半夜的時候渡江。傅友德率大軍前來支援他們，隨即攻下烏撤一帶，接著攻克七星關，直通畢節。遠近的蠻夷，如東川、烏蒙、芒部等都望風歸降。藍玉、沐英這邊又接連攻下大理、鶴慶、麗江、石門關、金齒，於是蠻夷部落一律降服，雲南平定。沐英帶著藍玉與傅友德等人在滇地會師，聯名報捷，並籌辦善後事宜。沒過多久，接到太祖詔諭，命傅友德、藍玉等人班師回朝，留沐英鎮守雲南。沐英在雲南設立官員，墾荒屯兵。百姓安居樂業，讚不絕口。太祖念沐英有功，就命沐氏世世代代鎮守雲南。
元主愛猷識理達臘在洪武十一年夏季謝世，他的兒子脫古思鐵木兒即位，免不得又來侵擾邊境。大將軍徐達和副將軍湯和等人奉命討伐，擒住元平章別裏不花，元兵敗退。沒過多久，徐達、李文忠先後病逝。太祖悲痛欲絕，追封徐達為中山王，李文忠為岐陽王，還親自為他們立碑祭祀。太祖曾對諸將說：“領命即出，成功即歸，不卑不亢，不戀美色，不貪珠寶，忠正剛毅，與日月同輝，隻有大將軍徐達一人。”接著，太祖下令封邊固守，好幾年沒有出塞。
洪武二十年，元太尉納哈出率領重兵屢次侵犯遼東。藍玉奉命前去抵抗，立了大功。太祖非常高興，將他比作衛青、李靖。等到他凱旋歸來的時候，又晉封藍玉為涼國公。藍玉身材高大，長相雄武，有大將之才，因屢次立功，漸漸得到太祖的賞識。藍玉還是常遇春的妻弟，常遇春的女兒又是太子標的元妃，有著這層親戚關係，藍玉更是驕縱。元妃長得頗有姿色，藍玉與她早晚接觸，免不了有些勾搭的情事。朝中的人議論紛紛。太祖知道後，將藍玉招來質問。元妃心中慚愧，自縊而死。太祖命人在賜給藍玉的鐵券中嵌入玉罪，讓他引以為戒。誰知藍玉死性不改，又霸占了東昌的民田。那時馬皇後早已駕崩，太子也病逝，魯王朱檀嗜藥身亡，潭王朱梓謀變自焚，秦王朱樉被軟禁，周王朱被貶徙。這一樁樁事情讓太祖懊恨不已，於是大興黨獄。韓國公李善長都被賜死，那專橫跋扈的藍玉，還有什麼生還的希望？