荊棘花帝國曆3000年，人族在第三次星際戰爭中節節敗退，大量的星球被異蟲和星靈占領，人民被迫從邊緣星球像核心星球轉移。但是無能的帝國軍隊卻沒有對這些手無寸鐵的公民提供任何幫助，異蟲，以及海盜，不斷的在各條遷移路線上燒殺搶掠，每天，都有數以萬計的帝國平民失去生命，一部堪稱血淚史的大遷移就此上演。
於此同時在荊棘花帝國政府的高壓統治下，數以百億的中下層人族開始怨聲載道，帝國不斷增加的高稅收，高勞役，無窮無盡的稅收名目使很多星球上的勞動者麵臨著勞動之後卻沒有食物的結果。
而無能的荊棘花帝國貴族軍官卻在戰場上不斷下達錯誤命令，致使無數的帝國士兵死於錯誤的指揮，陣亡通知書像雪花一樣不斷的飛往帝國的各個角落。很多接到陣亡通知書的士兵家屬，在家裏唯一經濟來源和勞動力失去以後，拿著陣亡通知書卻無法領取一點微薄的撫恤金。
終於在荊棘花帝國曆3002年，一場起義爆發了，手無寸鐵的帝國平民們衝擊了帝國車隊，搶奪了帝國軍火，奪取了一些邊緣星球的政權，但緊隨期後的就是帝國軍隊的殘酷鎮壓，這些沒有經曆過任何訓練的平民組成的軍隊在武器精良的帝國軍麵前遭到了一場屠殺。
盡管帝國軍在異蟲和星靈麵前節節敗退，但是卻對這些平民造成了單方麵的屠殺，除了少數的起義軍逃跑以外，大部分起義軍都被殲滅。因為前線戰事吃緊，帝國軍隊已經無法追擊這些逃跑的起義軍，於是在帝國生活的平民開始麵臨著，貪官汙吏橫行，海盜和起義軍也四處作孽的局麵。
荊棘花帝國曆3003年，在鎮壓起義軍的行動中嶄露頭角的卡西歐.克斯碼少尉跟隨帝國最後一批援軍抵達前線。
荊棘花帝國曆3004年，屢立戰功的卡西歐.克斯碼破格提拔為帝國五星上將。
荊棘花帝國曆3005年，卡西歐.克斯碼上將被要求回到荊棘花星球向皇帝述職。
任誰也不會想到，當卡西歐.克斯碼的艦隊折越到荊棘花外圍時，兵變發生了。忍無可忍的帝國士兵奪取了帝國近衛軍艦隊的控製。擁立卡西歐.克斯碼推翻了荊棘花帝國統治，成立了聯邦政府。
聯邦曆元年，第一任聯邦總統卡西歐.克斯碼在荊棘花星附近的宇宙中迎來了和保皇派艦隊的大戰。卡西歐總統運用自己偉大的軍事才能一舉擊敗了比聯邦艦隊多出數倍保皇派艦隊，並且趁勝追擊收複了叛亂星域。
同樣在聯邦曆元年，卡西歐總統在荊棘花宣誓就職，宣布人類進入大一統的聯邦時代，宣布聯邦采用議會製度，並立即組建了聯邦議會。
經過聯邦議會的表決，聯邦頒布了新的憲法，減免賦稅，大力發展商業，同時改善農業勞動者底下的社會地位。
依然是聯邦曆元年，第一次聯邦議會結束後，卡西歐總統發表就任以來的第一次講話，提出帝國的罪孽已經過去，聯邦的時代即將來臨，號召漂泊與宇宙各個星域，星係，星球的人類都有權力以及義務加入人類聯邦。並且，為了區分聯邦和帝國的區別，重新命名了各個星域，星球，名且將聯邦命名為紫荊花人類聯邦共和國，簡稱紫荊花聯邦。
紫荊花聯邦曆2年，大量改編後的軍隊重新開赴戰場。
卡西歐總統提出，保衛自己的家園，保衛自己的星球是每個聯邦公民的責任與義務，同時用“一人參軍，全家光榮，不用納稅”的口號應征大量流民，貧民進入軍隊。聯邦軍隊的熱情達到了頂點。
紫荊花聯邦曆5年，聯邦政府與星靈簽訂和平協議，並在對異蟲的問題上達成統一。兩個種族史無前例的拋開種族偏見，團結在一起對抗異蟲大軍。
紫荊花聯邦曆12年，聯邦政府和星靈在經曆了漫長的戰爭後，宣布收複了第三次星際戰爭以來淪陷的所有領域。
紫荊花聯邦曆6年，星靈與人類在剛剛收複的艾格瑪星域展開談判，雙方同意以艾格瑪星域作為雙方緩衝區，聯邦軍隊與星靈軍隊都不得進入這一區域。
同時對異蟲問題的上雙方作為同盟，在任何一方遭到異蟲攻擊時，擁有使用對方星港進行避難的權利，原則上雙方平等交流，並且雙方需要開放靠近艾格瑪星域的星球作為通商口岸。
至此，第三次星係戰爭全部結束。人類從第一次星際戰爭發現異蟲開始，到第二次星際戰爭發現星靈，前後曆經了五千多年，人類在星際戰爭中第一次實現了勝利，盡管還有大量星域在第一，第二次星際戰爭中失去，但人類相信，距離收複那些星域已經不遠了。