創作了《斷鴻零雁記》力著
也許是蘇曼殊得到某種天啟，預感到自己靈肉多疾人生旅程已是屈指可數了，有必要“顧所來徑”，於是在惹班教書之餘，還撰寫出自傳體中篇小說《斷鴻零雁記》。這部作品是他寫的小說中最出色影響最大的代表作。
因為印尼有著恒久的炎熱天氣，他是在一位學生也是義妹黃鸞娘的協助下撰完《斷鴻零雁記》的。稿件先在雅加達的《漢文新報》上連載，惜該報停刊，稿件未登完。之後在陳英士創辦的上海《太平洋報》上再從頭刊起，然而不幸該報又停辦，以致再次未刊完，原稿存於印刷所，幸被好友胡寄塵發現並珍藏保存，到了1919年即蘇曼殊病故後的第二年，《斷鴻零雁記》的第一個單行本才由上海廣益書局印刷發行於世。此力作一問世便引起轟動，它奠定了蘇曼殊在文學史上的地位。
蘇曼殊一生共撰寫了八部作品，其中創作小說六篇：《斷鴻零雁記》、《天涯紅淚記》、《絳紗記》、《焚劍記》、《碎簪記》、《非夢記》；翻譯作品有《悲慘世界》（陳獨秀參與譯文）和《娑羅海濱遁跡記》。他的小說都是哀情悲劇，幽怨悱惻，滿紙淚痕，令人心碎。
筆者讀過《斷鴻零雁記》，隻覺得作者向讀者展示了他對自己是一位棄兒的哀怨和自卑，對日本生母和養母的無盡懷念，同時反映了他對愛情及婚姻的強製封閉，也釋放出玩世不恭的勁勢，讀完這部小說令人禁不住淚下，也深深地為這位被時代煎熬、被自己折磨得不成人樣但卻是一位卓越的文學天才，憐憫之餘不勝敬仰耶。
鍾情華人先哲的珍貴遺物
蘇曼殊在印尼除開進行文學創作外，對荷屬東印度時代華人華僑先哲早年在這個僑居國遺留下的文物和碑刻也是情有獨鍾的。當他目睹“末裏洞有人造石山，高數十丈，千餘年物耳。其中千龕萬洞，洞有石佛，迂回曲折，層出無窮。細瞻所刻石像較[杭州]靈隱寺、飛來峰猶為精美。詣之土人，雲此石山係華人所造”，他不由稱奇驚歎，接著他又弄明白：“日惹小城為南洲奇跡，亦中土人所建。”
蘇曼殊在參觀過這些華人祖先的遺物後，他以自己在海外能目睹的盛景而感到做一個中國人的驕傲和自豪。
一代文星隕落了
蘇曼殊在荷屬東印度爪哇島生活了兩年多，當他聽到孫中山領導辛亥革命成功地推翻了清王朝，中華民國已成立，他再也待不下去了，於是他急切地回到了母邦。不過印尼之行確是蘇曼殊一生中的一個裏程碑。
曼殊生活習慣怪僻，貪吃甜食，如愛吃良鄉甜栗，竟至狂吃，以致夜半呻吟，大叫肚子要脹裂了。在印尼，他為朋友費公直書寫條幅，到了中膳時間，他向主人點菜要吃鮑魚，主人哪敢不辦，可是貪嘴的曼殊一口氣連吃掉三盤，接著又痛飲咖啡，到了夜裏，曼殊便胃疼加劇，隨即暴泄不止，一直在主人家睡了兩天才好轉過來。他還愛吃糖果，當他從印尼回國時，竟花費百金購買糖果，舟抵岸，糖果已盡。暴食暴飲，對蘇曼殊來說無疑是戕害生命的無情殺手。
1918年5月2日，蘇曼殊終因胃病亡故於上海廣慈醫院，英年早逝，享壽僅三十有五。
是年5月3日，上海《民國日報》刊出《曼殊上人圓寂訃告》和一篇《曼殊上人怛化記》的文章。“怛化記”的全文如下：“曼殊上人蘇元瑛，工文詞、長繪事，能舉中西文學、美術而溝通之，其道德尤極高尚。年來慨政局紛擾、社會墮落，常思至羅馬考察彼都美術，而鬱鬱多病，卒未成行。自去夏複胃病大作，時纏綿病榻，送入某某數醫院療治，間獲小瘳，然不久輒增劇。至昨日午後四時，竟怛化於廣慈醫院，由汪精衛先生代為料理棺殮。現定今日午後三時成殮，明日午前十時移厝廣肇山莊。”另有汪肇銘、丁仁傑、林鏡台、周日暄“訃告”一則。這份“怛化記”對蘇曼殊的人品和文學成就給予了應有的評價。
蘇曼殊的靈柩在上海停放了六年之久。後來還是陳去病向孫中山先生陳述，提請營建墓塔及塔院，蒙孫中山先生給予葬資，1924年6月，陳去病、胡寄塵等才得將靈柩移葬於杭州西湖孤山。