此書主要講述鸚鵡螺號潛艇的故事。1866年，海上發現了一隻疑似為獨角鯨的大怪物，阿龍納斯教授及仆人康塞爾受邀參加追捕。在追捕過程中，他們與魚叉手尼德·蘭不幸落水，到了怪物的脊背上。他們發現這怪物並非是什麼獨角鯨，而是一艘構造奇妙的潛艇。潛艇是尼摩在大洋中的一座荒島上秘密建造的，船身堅固，利用海水發電。尼摩船長邀請阿龍納斯作海底旅行。他們從太平洋出發，經過珊瑚島、印度洋、紅海、地中海、大西洋，看到海中許多罕見的動植物和奇異景象。途中還經曆了擱淺、土著圍攻、同鯊魚搏鬥、冰山封路、章魚襲擊等許多險情。最後，當潛艇到達挪威海岸時，三人不辭而別，回到了他的家鄉。在《海底兩萬裏》中，尼摩是個不明國籍的神秘人物（後在《神秘島》中交代其為印度人），他在荒島上秘密建造的這艘潛艇不僅異常堅固，而且結構巧妙，能夠利用海洋來提供能源，他們依靠海洋中的各種動植物來生活。潛艇船長對俘虜也很優待，但為了保守自己的秘密，尼摩船長從此之後不允許他們離開。阿龍納斯一行人別無選擇，隻能跟著潛艇周遊各大洋。在旅途中，阿龍納斯一行人遇到了無數美景，同時也經曆了許多驚險奇遇。他們眼中的海底，時而景色優美、令人陶醉；時而險象叢生、千鈞一發。通過一係列奇怪的事情，阿龍納斯終於了解到神秘的尼摩船長仍與大陸保持聯係，用海底沉船裏的千百萬金銀來支援陸地上人們的正義鬥爭。最後，鸚鵡螺號在北大西洋裏遇到一艘驅逐艦的炮轟，潛艇上除了三位俘虜外個個義憤填膺，用鸚鵡螺號的衝角把驅逐艦擊沉。不久，他們在潛艇陷入大漩渦的極其險惡的情況下逃出了潛艇，被漁民救上岸。回國後，博物學家才將旅行中所知道的海底秘密公諸於世。尼摩船長（CapitaineNemo，又譯內摩船長、內莫船長）是小說裏的主人公，在書中並未說明其國籍。他的真實身份在《神秘島》（L’?lemystérieuse）中才得以揭曉：其為印度的達卡（Dakkar）王子[9]。尼摩是個有正義感的反抗英雄，他對民族壓迫和殖民主義極端痛恨，向往民主與自由。反抗失敗後的尼摩選擇了歸隱大海，他曾經對阿龍納斯說“海上極度太平。海洋不屬於暴君。在海麵上暴君們還能行使不公平的權利，他們可以在那裏戰鬥廝殺，把陸地上的種種恐怖都帶到海麵上來。但是，在海麵以下三十英尺的地方，他們的權利就不起作用了，他們的影響就消失了，他們的勢力消失得蹤影全無”。他甚至寧願葬身******深處，在安靜、不受鯊魚和人侵害的珊瑚墳墓裏長眠。大海給予了尼摩以平靜和心靈的撫慰，但卻無法驅逐他內心深沉的孤獨感，隻有在管風琴編織的夢幻中，他才能得到片刻的陶醉和安寧。因此，長期與世隔絕的生活使尼摩變得冷漠、殘酷、不近人情，他反對奴隸製，向往自由，卻還要將他的暴力強加於人，他時不時把阿龍納斯一行囚禁起來，強迫他們睡覺，並且強製他們永遠留在鸚鵡螺號上。對殖民者的痛恨使尼摩由一種憤世嫉俗的情緒轉變成了時間也無法磨滅的深仇大恨，這種扭曲了的畸形的仇恨促使他展開了瘋狂的海上複仇計劃。他領導船員擊沉了一艘又一艘戰艦；他親手製造了一場大屠殺，並且親眼看著爆炸的戰艦和上麵的受難者一點一點地沉到海底。他已經從一個令人望而生畏的伸張正義的人變成了一個不折不扣的殘酷的複仇者。然而另一方麵，尼摩又是一個有博愛之心的勇士，有著為人類獻身的崇高精神。他請求阿龍納斯教授為傷勢嚴重的部下治療，麵對水手的死尼摩甚至情緒激動地留下了眼淚，並且為他舉行了莊嚴隆重的珊瑚王國的葬禮；看到印度采珠人被鯊魚襲擊，他“奮不顧身地站了起來，拿著匕首直朝大鯊魚衝去，和鯊魚進行肉搏”，還慷慨地送給采珠人一袋珍珠維持生計。雖然脫離了世俗社會的生活，尼摩仍然以慈愛之心關注著被壓迫國家的人民。他定期地將裝有金銀財寶的箱子交給固定的聯係人，為殖民地人民的反抗鬥爭提供物質援助。不管迫使他到海底尋求自由的原因是什麼，他首先是一個人，他仍然為人類的痛苦而憂傷，對待所有受到奴役的種族和受奴役的人，他都是慈悲為懷的。正如尼摩對阿龍納斯所言：“我是站在被壓迫人民的一邊的，現在如此，而且，隻要我一息尚存，我就永遠站在被壓迫國家人民的一邊！”在愛與恨、憐憫與複仇之間掙紮的尼摩是矛盾的，更是痛苦的，而造成這種痛苦地根源正是殖民者的無情壓迫與奴役，凡爾納的《海底兩萬裏》並沒有對其進行詳細的描述和展現，然而從零星的對話和情節中，殖民主義者的殘酷暴行己經暴露無疑。尼摩船長是鸚鵡螺號的靈魂，他是作家心目中的反殖民主義和反帝國主義的英雄。他雖然與世隔絕，營造了自己的理想王國——海底世界，以逃避人類社會的邪惡，卻因仇恨而最終導致了自我毀滅。作家借尼摩船長這一形象，沉重地譴責了殖民主義戰爭及其罪惡。[7]