馬林說：“這個決定不可能更改，它也得到了斯大林和季諾維也夫個人的首肯。”
陳獨秀說：“不過，對共產國際的決定，我也隻能有條件的服從，隻有讓孫中山先生取消打手模及宣誓服從他個人等原有入黨辦法，並根據民主主義原則改組國民黨，中共黨員才能加入進去。否則，就是共產國際的指示，我隻要認為它違背共產黨員的準則，我也要反對。”
西湖會議結束不久，廣州發生了陳炯明的叛亂，在孫中山最艱難的日子裏，根據共產國際的精神，陳獨秀、李大釗、蔡和森等，在張繼的介紹下，由孫中山親自主盟，加入了國民黨。孫中山指令陳獨秀等九人組成起草委員會，負責起草國民黨黨綱和總章的草案。這項工作開始不久，陳獨秀和劉仁靜代表中國社會主義青年團赴莫斯科，但在那裏，陳獨秀又一次聽到蘇俄領導對中共的指責。會議上拉狄克發言，又是馬林那一套，說中國同誌不懂得同工人群眾相結合，把自己關在書齋裏，研究馬克思，就像他們從前研究孔夫子一樣。陳獨秀聽到這話，哪裏能受得了，中共還是個小團體，從開始就非常注意工人運動，可拉狄克的意見，實際也就是共產國際對中共的評價。身在異國，本身又是下級，陳獨秀也隻能沉默不語了。
1924年1月，中國國民黨第一次代表大會召開。
國民黨內部，龍蛇混雜，各懷異誌，隻是礙於孫中山的威名，一些派係藏頭縮尾，但在國共合作問題上，這些人紛紛跳出來，極力反對。右派抓住共產黨跨黨加入國民黨這個問題，大做文章，認定這是共產黨為了借用國民黨的名義作共產黨的運動。
國民黨元老中，汪精衛開始是不讚成國共合作的，他對孫中山說：“先生如相信共產黨，恐怕共產黨不會像先生那樣磊落，縱觀中共方麵，沒有軍事力量，而且他們的綱領和我黨也不相同，如果他們加入國民黨，對先生的領導權是否構成約束呐。”
孫中山在新的三大政策落實前，比較慎重的，他正是由此來征求汪精衛的意見，他說：“共產黨發展得很快，而且我發現他們的隊伍要比國民黨隊伍純潔一些。革命這麼多年，建黨也有很多個年頭了，可是我們號稱領導中國革命的國民黨到現在還沒有一個明確的綱領，這不能不說是一個缺憾。我一直在考慮這個關鍵的問題，就是說國民黨現在需要新鮮的血液。”
汪精衛說：“共產黨員要是加入本黨，那本黨的生命可是有危險了，譬如西遊記上所說，那孫行者跳入豬精的肚內打跟頭，使金箍棒，豬精如何受得了。”
孫中山聽罷，哈哈一笑說：“兆銘，你把問題看嚴重了，那共產黨不會是孫行者，國民黨也不是豬精，兩個人現在都還沒有那麼大力量，不過，若是讓他們攜起手來，成為同誌，那不是就不存在危險了。”
1924年1月20日，國民黨“一大”召開。孫中山以總理身份擔任主席，並致開幕詞，他開明宗義講說：“此次改組，有兩件事，第一件是改組國民黨，要把國民黨重新組成一個有力量的具體的政黨；第二件事就是用政黨的力量去改造國家。”孫中山接著指定胡漢民、汪精衛、林森、謝持、李大釗五人組成主席團，輪流主持會議。
國民黨元老張繼在會上帶頭鬧事，最終孫中山說：“你們不要這樣，共產黨就把你們嚇成這個樣子，我看對軍閥你們也沒有表現出這個樣子嘛。我不怕共產黨，誰怕共產黨，可以提出退出國民黨。我們是為了國民革命走到一起來的。”
孫中山一席話，對反對改組的右派有所影響，最後孫中山下令，將帶頭鬧事的張繼帶出會場，並下令衛士長馬湘把他軟禁了一晚。一些反對派，在孫中山那裏碰了釘子，也有跑到孫夫人那裏去當說客，希望走走夫人路線，讓孫中山回頭，反對改組。宋慶齡更為幹脆，對來人說：“總理的意見，就是我的意見，你們不要在會下搞小動作，那樣不僅是破壞國共合作，也是破壞國民革命。請問，這樣的罪名，誰能承擔得了。”
在風雨飄搖時局動蕩的形勢下，國民黨這次大會，獲得空前的成功。孫中山自己也異常興奮，多年來他從來沒有這樣激動。他致力於國民革命，屢遭挫折和失敗，民國以來經曆了整整十三年，可是也沒有開成一次像樣的全國代表大會，而這次卻是在共產黨的參與下，確定了國民革命的方針，大會重新解釋了三民主義，確定了聯俄、聯共、扶助農工三大政策，明確提出反對帝國主義的口號，大會在保留孫中山“總理”的前提下，實行委員製，選舉中央委員二十四名，候補委員十七名，其中中共黨員占四分之一。
孫中山作了題為《中國現狀及國民黨改組問題》的演講，當他講到改組問題時，心中無比激動，對與會的同誌們說：“此次改組，就是從今天起重新做過。古人有言，以前種種譬如昨日死，以後種種譬如今日生，由今日起，將十三年前種種可寶貴、最難得教訓和經驗來辦以後的事，以前有種種力量創設民國，以後便有種種力量改造政府，由今天起，按照辦法條理，合全國為一，群策群力，努力而行，則將來成功必定更大。”孫中山用這些樸實語言，把改組的問題闡述得非常深刻，演講常被熱烈的掌聲所打斷。
這次大會，僅有三名女代表：陳璧君、何香凝和唐允恭。三位婦女都是孫中山指名的，前者是汪精衛的夫人，何香凝是廖仲愷的夫人，而他卻偏偏沒讓孫夫人當代表，說明孫中山的磊落胸懷。他的大公無私，還體現在對兒子孫科問題上。當時，以廖仲愷負責的國民黨改組的臨時中央委員會上，本來孫科被提名為委員會委員的。孫科，字哲生，他1910年加入同盟會，參與《自由晚報》的編輯工作，後就學於美國加利福尼亞大學，得碩士學位。後在孫中山元帥府任秘書、參議院議長秘書、廣州時報的總編輯、廣州市市長等職。當孫科的委員名單報給孫中山時，鑒於孫科反對聯俄主張，他對廖仲愷說：“我看還是不要哲生的好，他一直反對聯俄，為了大局，這個名額還是留給讚成改組的同誌。”孫中山的舉動，感動了很多人，表現了這位革命家不苟私情，任人唯賢的品德。