1936年4月，貢覺仲尼正式卸職後，仍然留在內地，繼續為加強西藏地方與中央政府的關係而努力，實屬卸職而未卸任。這期間，日本軍國主義毫無人性地“除了用飛機、大炮以外，最毒辣的手段還是離間我們的民族”。一方麵中國在經濟上已經相當脆弱，軍事上處境艱難；但另方麵，這場戰爭卻使中國的國際地位大為提高，享有自鴉片戰爭以來從未享有的國際威望。外國侵略者“……哪裏知道盧溝橋的炮聲反而促成了中華民族的精誠團結蒙藏回族的聯合” 。
1938年4月，貢覺仲尼積極主動地參加了“蒙回藏族聯合慰勞抗戰將士代表團”開赴前線。尤為值得一提的是，在國難當前之際，貢覺仲尼以一名西藏噶廈政府的僧侶官員身份再次站了出來。他在即將開赴徐州前線的獻禮儀式上，用藏語作了形象生動的演講。他發自內心的演講打動了到場的所有人，充分表達了他和西藏人民對祖國的赤誠之心。演講中，他首先說明了自己是代表西藏地方政府的，表明他的行為不是代表個人。他格外理直氣壯地指出，“拉薩是佛教的聖地，自從抗戰發生以後，有20萬以上的喇嘛念經，在曆史上是最偉大的表現。又說宗教是本於公理正義的，日本人從前有不少人到拉薩來學密宗，現在他們根本違背了教義。就宗教方麵說，也應該製裁”。他的演講從許多方麵充分說明了漢、滿、蒙、回、藏本是一體，尤其是外患嚴重的時候。
講話中他還談到了“西藏民間的兩個寓意深刻的俗語，一個是說‘中國各民族是五個兄弟，漢族是大哥，有人打大哥，小弟是應該幫助大哥’；另一個是說‘中國比如一個人，中原是頭，其他是手腳，頭有了病，手足也是不健康的。’” 這番發自他內心的話，令人感動不已，讓我們對他有了一個全新的認識，不能不為他那崇高的愛國主義精神而傾倒。因為，遠在我國西陲的藏族人也積極行動起來了，這對極大地鼓舞在前線浴血奮戰的抗日將士，促進團結禦敵進一步推動抗日高潮向前發展，無疑起到了相當重要的作用。他的演講在當時引起了強烈的反響。為此，國民政府對其在內地工作期間的表現，給予較高的評價。
1938年7月，貢覺仲尼致函蒙藏委員會同三大寺及其它各寺喇嘛唪經共同祈禱抗戰勝利，“溯自盧溝橋事變起，抗戰數年，國家元氣既傷，人民塗炭未已。尼供職中土因處危，能不痛心耶！伏思西藏夙為三寶之地，現擬向中央請假數月，回西藏共同三大寺及各寺廟喇嘛都十萬之眾，共同唪經祈禱，惟願中國國力增強，頑敵凶焰消滅，祈求最後勝利屬我。…… ”國民政府從優發給其返藏旅費及補助金。此後，他就任布達拉宮大喇嘛，仍致力於加強與中央政府的聯係。如1940年，蒙藏委員會委員長吳忠信赴藏時，他便多方給予幫助。尤其是他受中央大員之命奔走於噶廈與行轅之間，為粉碎英國人的陰謀作了貢獻。1940年1月，貢覺仲尼在色拉寺供養僧眾5000餘人，諷經念佛，祈禱祖國抗日戰爭取得最後勝利。1941年，中央政府頒賜他五等采玉勳章一枚，以表彰他的勳績。1944年3月8日，貢覺仲尼因病去世，終年61歲。治喪期間，蒙藏委員會駐藏辦事處處長孔慶宗曾代表中央政府前往致祭。
貢覺仲尼被國民政府蒙藏委員會委員長譽為“藏人中最接近中央者” ，為維護祖國統一做出了重要貢獻。正如著名藏學家拉巴平措所說“貢覺仲尼，是民國時期西藏反帝愛國力量的重要代表。1923年，他奉達賴喇嘛之命赴北京接任雍和宮堪布之職。此後的十五年間，他在極其困難和複雜的情況下，輾轉拉薩、南京、北京等地，為維護和增進西藏地方與國民政府的關係，為維護中國主權進行了不懈的努力。”