對於加油費抵扣業務，物流企業也同樣存在一定的困境。大部分物流企業都實行跨區域運輸，難免途經一些較為偏遠的地區，這些地區的加油站由於條件有限並不具備增值稅一般納稅人資格，也就無法提供增值稅專用發票。物流企業取得不了專用發票，自然無法進行抵扣。
“營改增”在上海試點後，稅務總局對上海65家大型物流企業08至10年的稅負情況進行了調查。調查顯示：上海正式納入“營改增”試點前後，物流企業的實際稅收負擔率由原來的百分之一點三上升到百分之四點二，增加了近兩倍。另外，近七成的物流企業在實施“營改增”政策後，平均每年多繳納近五萬元的稅款。
（四）作為一般納稅人的物流企業的實際稅負有所提高
對於具備一般納稅人資格的物流企業來說，“營改增”政策的實施使得該類企業需要按照其提供應稅勞務取得銷售額的11%計算繳納增值稅銷項稅額，而其原繳稅稅率僅為3%。雖然企業增值稅銷項稅額可以用購買設備、勞務、油料等業務計算的進項稅額抵扣，但其正常經營中產生的工人工資、過路過橋費、貨物保險費等卻不可以用於抵扣。所以從整體來看，“營改增”政策實施後，具有一般納稅人資格的物流企業，其實際稅率相較以前是明顯提高了，企業麵臨更大的稅負壓力。所以，作為一般納稅人的物流企業應盡量注意對於可抵扣增值稅發票的搜集，降低企業的稅負壓力。
（五）新興物流企業的利潤將會顯著增加
“營改增”政策實施後，新興物流企業的利潤將會有所增加，原因有以下兩個方麵。第一，新政策規定，企業購入資產的增值稅進項稅額當年可以一次性全額抵扣。新興物流企業勢必在經營開始階段將陸續購入新的運輸設備等固定資產，進項稅額的大幅抵扣將會降低企業的流轉稅額，從而減少企業繳納的城建、教育費附加等附加稅費，進而降低了企業的營業成本，使企業的利潤得到顯著提升。第二，新興企業更加注重對於新政策的理解和運用，對經營模式的變通也更為靈活。他們可以適當增加燃料、輸運勞務等可抵扣項目的比重，實現真實稅負的合理鬆綁，使企業的經營利潤得到提升。
四、物流企業在“營改增”背景下該何去何從
（一）物流企業應積極加強稅收籌劃
對於任何一家企業來說，稅務籌劃都是企業經營管理的一個組成部分。國家稅製的改革勢必會帶來一定經營方式的變革。一家物流企業若想長久於中國經濟市場大潮中屹立不倒，就需要一定的市場應變能力。“營改增”政策的實施雖然在一定程度上提高了物流企業的真是稅率，但企業應充分展示自身的應變能力，找出稅務政策中存在的“利己”之處，增加對可抵扣項目的重視程度，加強對於增值稅專用發票的所要，調整企業的部分經營方式，采用科學的稅收籌劃進行合理避稅，從而將“營改增”給企業帶來的稅負影響降到最低，實現企業利益的最大化。
（二）合理調整進項稅額的抵扣範圍
“營改增”政策推出的初衷原本是為企業實現稅負鬆綁，減少重複征稅現象的產生。但如今的情況卻是很多企業無法享受到切實的好處，企業的真實稅負反而增加了。筆者認為，政府應適當調整增值稅進項稅額的抵扣範圍，增加設備租賃費、運輸保險費、過路過橋費等為可抵扣項目，調整部分人員工資的抵扣比例。如此，通過增加物流企業的可抵扣項目真正實現“營改增”政策對於稅負的鬆綁，使企業在改革中獲得實惠。
（三）在開展試點過程中適當予以財政補貼
如今，“營改增”政策還在全麵試點過程中，政府應根據過渡時期出現的問題適當的進行政策調整。筆者認為，政府應根據“營改增”政策的實施後果，給與部分企業一定的財政補貼，以緩解部分企業因“營改增”而導致的稅負增加。特別是很多物流企業的經營規模並不大，稅負的增加很可能導致企業日常經營出現困難。政府應對“營改增”的試點企業進行篩選，對稅負增加的部分企業采取財政扶持，減輕企業的經營負擔。
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