在預算的編製與執行過程中，應當有相關的專業人員對項目的預算進行編製，由財務部門及審計部門對項目經費的合理性以及經費的各個分項進行預算評估，科研項目經費預算一經確定，不得輕易改變，需要調整時必須經過嚴格的審批程序。
科研經費的劃撥必須經過科研管理部門以及內部審計或控製部門的審批，劃撥的經費必須明確經濟用途，獲得上級領導以及相關審核批準部門的認同；在科研經費的支出管理中，各級部門需要審核經費支出的單據、審核經濟業務的合理性，嚴格控製運用不相關票據套取科研經費現象發生；對於大額的科研經費的支出以及科研經費支出中較為模糊的項目更加應當執行相關的審批流程與手續，采取多方聯合審批的方法，抑製科研經費的濫用現象。
在科研項目進行過程中，工程、貨物、服務等項目的購買流程，應嚴格執行國家政府集中采購和招投標的有關規定，以及學校對於資產購買和管理的辦法。科研所購買的資產應當在科研項目結束後歸於國有，由高校對資產的價值進行評估，並進行統一的管理，防止科研項目負責人隨意購置資產、隱匿或非法占有資產的科研腐敗現象的發生。
（三）加強內控措施，強化科研項目的風險管理
建立嚴格的內控製度，通過授權、審批、稽查、審核等一係列措施的內控措施，能夠有效的抑製科研經費貪汙舞弊現象的發生，控製風險。
1、建立責任製度
科研經費項目負責人作為科研項目經費的負責人，應當對科研經費的使用情況擔負起責任，自覺接受有關部門的監督和檢查，自覺控製好科研經費的總體花費；在科研經費報銷的過程中，將每筆經費落實到個人，對存有疑問的報銷以及花費及時進行處理，落實個人責任，對於未按照相關規定、不合理的科研經費的使用情況追究責任。甚至可以通過設置一定數額的風險責任金等辦法，規定項目若出現問題，責任人需給與賠償。
2、構建規範的科研經費的核算、審批和監督製度
高校的內部控製製度的完善與否直接關係到高校科研經費的有效使用，嚴格規範核算、審批、監督等環節尤為重要。加強科研經費內控管理，可從幾個方麵進行：一是根據具體需要，在高校的財務部門設置專職的會計崗位，核算科研經費的收支，並參與科研項目經費預算的編製、實施與調整；二是由財務部門及科研部門對科研經費使用的全過程進行監督和檢查，設置完善的審批流程；三是由審計部門定期和不定期參與到科研項目的檢查，並製定相關的規定予以明確審計範圍及權限，從而加強對科研項目經費的審批及監察力度，確保信息的真實與可靠。
3、強化信息的溝通，加強科研經費信息的透明度
現代信息技術和通信技術的發展對信息的溝通起到了良好的促進作用。開發科研經費管理軟件，對項目立項、經費收支情況、結餘等相關信息進行電算化管理，在係統中開放有關管理層、責任人、審計監督部門的查詢權限，使其能夠及時了解科研經費的使用以及效益情況，也便於對經費使用過程中存在的問題進行及時糾正，保證在第一時間內解決可能出現的風險，使得科研項目的信息能夠公開化、透明化。
三、建立績效評價體係，完善高校科研經費評價管理
績效評價的結果是反應科研項目成本效益情況的重要參考信息，而高校科研項目效益具有多樣性，許多項目的效益難以衡量，因此績效評價是高校科研項目管理的一個難點。建立完善的績效評價係統以及適當的執行機製是高校科研經費管理的重要內容。