元朝時期，為了加強在西域地區的統治，元朝中央政府於1251年在今吉木薩爾設立了別失巴裏（意為“五城”）等處行尚書省，又在中亞設立了阿姆河行尚書省，分管天山南北兩地，這是行省製度第一次在西域的出現。它是元朝中央政府對這一地區實施管理的新舉措，是元朝中央政權對西域地方行政管理製度的一次重大變革。
新疆：故土新歸之意
1759年，清朝通過平定準噶爾汗國和大小和卓叛亂統一了西域。為了加強對西域地區的管理，清朝中央政府於1762年（乾隆二十七年）設置了“總統伊犁等處將軍”，府治在惠遠城（今霍城縣境內）。伊犁將軍是清朝在西域地區天山南北最高的軍事和行政長官，伊犁將軍下分北、南、東三路，管理西域各地的駐防官兵，並兼理地方行政事務。這一時期“新疆”的地理概念開始提出，但不是對西域的專指。這是因為清朝在統一全國後，把那些被清朝重新統一的一些地區都稱為“新疆”，如西域、雲南烏蒙府（在今昭通、永善一帶）、貴州古州（今榕江）、貴州省的西部（今安順市和鎮寧縣一帶）、四川的大小金川部分地區。之所以將這些地區稱之為“新疆”，並不是“新辟疆土”之意，而是由於清朝取代了明朝，原來屬於明朝管轄的地方或明朝以前曆朝管轄的地方，自然應當歸於清朝。因此，這些地方隻不過是由清朝重新統一了而已，也就是“故土新歸”的意思。
此外，清朝在平定準噶爾政權和大小和卓叛亂以後的各類文獻中，也包括皇帝的諭旨和大臣的奏折中，都把今天的新疆地區稱為“西域”、“新疆”，或並稱為“西域新疆”或“伊犁新疆”。這在當時的清朝政府看來，“西域”是中國西部地區的總稱，它包括今天的青海、西藏、新疆，並且一直到達清朝統治勢力所達到的巴爾喀什湖以東、以南廣大地區，此範圍比當時清朝政府稱為“新疆”的範圍要大得多。《清高宗實錄卷482》中記載道，乾隆皇帝在本人諭旨中說：“漢時西陲塞地極廣，烏魯木齊及回子諸部落（指今南疆）皆屯戍，有為內屬者。唐初都護開府，擴大地及西北邊。”可見，清朝政府及其最高統治者是把自己在新疆及其周圍地區的統治，視為前代中央王朝在這一地區進行統治的延續，其“主權”意識是非常明確的。至19世紀初，時任伊犁將軍的鬆筠主持編成了《伊犁總統事略》一書，為道光皇帝所賞識。道光皇帝閱完此書後又欽定書名為《新疆識略》，時為1821年。從此，“新疆”即成為“西域新疆”或“伊犁新疆”的專稱。
清朝後期，由於1864年新疆農民大起義和1865年1月浩罕軍官阿古柏入侵新疆以及1871年沙俄侵占伊犁，從而摧毀了清朝在新疆原有的軍府製管理體係。為此，清朝政府派左宗棠作為欽差大臣統率大軍，於1878年徹底消滅了阿古柏入侵軍。後清朝政府又經過艱苦的鬥爭與談判，於1882年終於從沙俄手中收回了被侵占的伊犁。在收複新疆的過程中，清朝政府於1877年6月令左宗棠籌劃新疆善後事宜。為此，左宗棠向朝廷多次提出了必須在新疆設立行省的建議。1882年（光緒八年），左宗棠在給清廷的一份奏折中稱：“新疆地段之遠，他族逼迫，故土新歸，必須建立行省。”在這裏，“新疆”又含有原為中國領土，後被侵略者占據，現被重新收複之義。
新疆美名傳天下
新疆建省之事，經過左宗棠、劉錦棠等人的大力提倡和推動，最終得到了清政府的批準。1884年（光緒十年）11月17日，新疆正式建省，劉錦棠為首任巡撫，魏光燾為首任布政使，首府為迪化（今烏魯木齊市）。至此，新疆的建製一直到1955年成立新疆維吾爾自治區止，新疆作為一個固定地名概念沿用至今。
以上曆史事實充分證明，自2000多年前的漢朝統一西域後，曆代中央政權在絕大多數時間裏一直保持著對新疆的最高統治權和管轄權，並實施有效的控製與管理。新疆自古以來就是中國不可分割的一部分。