萊州城是在萬曆二十六年才重建的新城，城牆長有九裏，高三丈五尺，基厚兩丈四，有城門四座。城下有深約兩丈的護城河。萊州城還參照了西洋築城法，築有炮台，它作為遼東的另一個後勤基地，城中的糧草、兵器充足，隻是重型火器較少。
孔有德的叛軍一開始就是用紅衣大炮轟打城牆，可是效果並不大。後來，他們不得不在炮火的掩護下，派人挖地道，想從地下入城。可是城內守軍早就防著這一手，派人監聽地下，聽到有挖地道的聲響，就向地下灌水，放火灌煙。
無法從地下入城，孔有德就命人直接炮打城門。四座城門，有三座被打爛，可是孔有德每次派出突擊隊，都被打退回來。
連續攻打四十多天，孔有德依然沒有攻下萊州城，他知道萊州城糧食充足，想要困死萊州城是不可能的。正當他左右為難的時候，大明朝廷終於派出招撫大臣。
為了攻克萊州，孔有德故伎重演向朝廷請求投降，而且提出了隻要萊州城內的幾位文武大員親自出城宣詔，他們就投降，對招撫心存一線希望的登萊巡撫謝璉決定出城招降。
謝璉與萊州知府朱萬年一出城，孔有德就痛哭流涕跪倒在地說自己死罪，然後他希望第二天受降儀式時請總兵楊禦蕃一同出席。
軍人世家的總兵楊禦蕃深知叛軍反複無常，他堅拒不出城，果然第二天，謝璉、朱萬年二人再次出城就被叛軍逮捕，叛軍挾二人為人質，令楊禦蕃獻城投降。
楊禦蕃拒不獻城，孔有德憤而殺死謝璉和朱萬年。
聽到叛軍殺了謝璉和朱萬年，朝廷的主撫派終於啞口無言。
朝廷迅速從遼東調來最精銳的關寧軍，領軍的是關寧軍中有名的大將祖大弼和副將吳襄，吳襄剛滿二十歲的兒子吳三桂，隨父出征。
麵對最精銳的關寧軍，孔有德望風而逃。
叛軍退守登州，萊州之圍終於得解。
風水輪流轉，這一回是朝廷的兵馬，將叛軍圍在登州。
登州外，朝廷的兵馬越來越多，孔有德知道，如果自己不早突圍，遲早登州被破，自己隻有被淩遲的下場。而他的出路隻有一條，從海路突圍，因為登州的一麵有水城，水城中還有大量的船。
一個漆黑的夜晚，孔有德留下少量的士兵，帶著六千多人，乘坐一百多艘船，從水城悄悄出海。朝廷的人雖然發現了孔有德的行動，可他們在海上沒有力量，隻能眼睜睜地看著孔有德揚長而去。
在海上流亡近一個多月，孔有德不知道自己去哪裏。
走投無路的孔有德最後決定投向後金，在與後金聯絡接洽後，他們在指定的地點登陸，皇太極派人接應孔有德叛軍進入後金的領土並親自在沈陽城外迎接孔有德、耿仲明。
皇太極對孔有德非常看重，讓他自成一營。
投降三個月後，急著立功的孔有德向皇太極獻計，指出旅順防守力量薄弱。
皇太極采納了孔有德的計策，派兵進攻皮島、旅順，旅順果然被後金一舉攻失陷，總兵黃龍自殺，孔有德算交上了自己的入夥投名狀。此戰中，孔有德還親自出馬策反了山東三礦徒的第三個人尚可喜。這樣山東三礦徒—孔有德、耿仲明、尚可喜全部投降後金。
遼東軍的投敵，讓皇太極除了蒙古兵，又多了漢八旗，他的實力迅速增長。
大明朝廷聽傳總兵黃龍自殺之後，上下一片默然。
紫禁城裏，崇禎帝獨自一個人坐在寬大的大殿裏陷入深思，他當初看重袁崇煥，結果袁崇煥差一點把京城送給後金。後來，他看重孫元化，孫元化卻將整個遼東的兵都送給了皇太極。這天下，誰是他的衛青霍去病呢。