用車送金子到京師，拜魏忠賢為父，並在島上雕塑他加冕冠的肖像，十該殺。
鐵山一戰敗北，喪師不計其數，卻掩敗為功，十一該殺。
設鎮八年，不能收複一寸土地，坐地觀望，姑息養敵，十二該殺。
在宣讀完毛文龍的十二該殺之後，袁崇煥揚聲問下邊的二三十位軍官：“像毛文龍這樣的軍官，該不該殺。”
“該殺。”約有一半的人應道，另一半卻沉默不語。
袁崇煥請出尚方寶劍並說道：“聖上曾給我便宜行事的密旨，像毛文龍這樣人，不必押回京師，可以就地處斬。”
說罷，寶劍出鞘。
毛文龍看到袁崇煥是真的想要砍他的頭，臉色變白，馬上求饒道：“督師，在下錯了，請督師饒命。隻要能留在下一命，往後東江上下，全聽督師指揮。”
看到毛文龍求饒，袁崇煥搖了搖頭冷冷地說道：“晚了。”
劍光一閃，東江鎮總兵毛文龍頭顱落地，眾將愕然。
袁崇煥將毛文龍的死訊和十二該殺一起傳了出去，並對東江鎮上下保證道：“隻殺毛文龍一人，不追究其他人的責任。”
東江鎮上下看到毛文龍已死，而且朝廷並未追窮其他人的責任，所以，全都沉默，並未發生兵變。
袁崇煥讓毛文龍的義子將毛文龍厚葬，自己還去祭奠。
除掉毛文龍之後，袁崇煥將東江兩萬多兵力一分為四，分別由毛文龍的義子毛承祚、副將陳繼盛、參將徐敷奏、遊擊劉光祚為首領，各帶一部。副將陳繼盛代任東江總兵。
殺毛文龍之後，袁崇煥將事情報告給崇禎帝，並就自己說有聖上密旨之事請罪。
崇禎帝接到報告之後，大吃一驚，可毛文龍已死，遼東的事他全靠袁崇煥，所以，他隻能將袁崇煥甩過來的黑鍋背了起來。
文官們聽到毛文龍被斬，不以為意，覺得這是文官的勝利。
武官們聽到毛文龍被斬，心裏更覺得冷，想法就更多了。
盛京的皇太極聽到毛文龍被斬，又是哈哈大笑道：“這個袁大嘴不僅敢說，還敢做啊。”
後世有人議論，袁崇煥殺毛文龍是自毀長城。
毛文龍是不是明末的長城，眾說不一。
毛文龍該不該殺，也有不同的意見。
但如果是崇禎帝將毛文龍抓回京城，好好審查之後再殺，那麼沒人會有意見。隻是袁崇煥借崇禎帝之名，斬殺一員大將，大家都覺得有些不妥罷了。
袁崇煥不管外邊是如何議論，他的心裏隻有他曾對聖上說過的‘五年平遼’的誓言，當滿蒙聯合消息傳來時，他就知道自己的誓言很難實現了，心裏更是著急，所有的行動都必須提速，所以，毛文龍不得不殺。不殺毛文龍他就沒辦法將遼東上下整合成一塊鐵板，殺毛文龍不僅是因為毛文龍不聽他調，也是要殺雞給猴看。
果然，在殺了毛文龍之後，袁崇煥整合遼東軍製，再也沒人敢反對，進展異常順利。
整合之後，遼東共有兵力十五萬三千，馬匹八萬一千，每年耗費餉銀四百八十餘萬兩，比過去減少了一百二十萬。
崇禎帝對袁崇煥的工作成果很滿意。
唐峰和唐勇在八月份聽到毛文龍被斬的消息，唐勇聽罷不敢相信，一任總兵能說斬就斬嗎？這樣下去誰還敢帶兵打仗呢？
“大哥，大明的官，不當也罷。我怕有一天大哥你也會被逼去打仗，然後就被那些文官找借口砍頭呢。”唐勇擔心地說道。
“放心吧，我這樣的小官，還不在那些大人們的眼裏，等他們想到我的時候，他們已經無法砍我的頭了，這天下，連皇太極也別想砍我的頭。”唐峰自信地說道。
九月份，唐峰將新一批經過半年訓練的士兵，送往歐洲，唐勇想跟著去，被唐峰攔下，說是要等張壯回來，才能換他出去。