（二）房地產行業稅費冗雜阻礙調控效用的發揮。我國房地產行業稅費繁多，存在著稅費並行的局麵。有些地方的房地產行業的費用種類可以高達100多種，有些甚至是屬於亂收費現象，收費標準的製定具有隨意性。這些稅費種類繁雜，在實際運行中往往會出現以費代稅、以稅代費的混亂現象。此外房地產行業的稅費涉及的環節比較多，一方麵存在著房地產行業稅費負擔較重的情況，另一方麵也存在著在某環節重複征稅的情況。比如房地產在轉讓時既要繳納營業稅，還要針對房產的增值部分繳納所得稅、土地增值稅等。
稅費方麵的混亂給自住房房產稅的改革平添了阻力。如果不改變現狀，自住房房產稅的出台隻會增加房地行業的稅負，並且會加劇混亂的局麵，進而自住房房產稅的改革會遭到房地產行業相關人們的不滿和反對，而阻礙房產稅的立法進程。此外，房價可以看成建築成本、土地出讓金、房地產行業稅費、開發商利潤之和。房產稅改革的初衷之一就是調控房地產市場，比如促使房價回到合理水平。如果房地產行業稅費繁亂不規範的話，這些不合理的稅費最終會體現在房價上。因此，很難通過單一的自住房房產稅達到調控房價的目的。
（三）配套製度滯後延緩試點的推廣。無籍房產和產權殘缺房產的征管難題。由計劃經濟時期的公有製轉向市場經濟的過程中，城市不動產形成了多種產權並存的狀態，比如具有完全產權的商品房、農村集體土地上建的小產權房（僅限集體內部轉讓）、政府向中低收入者出售的經濟適用房等等。這些房產的產權狀態不一致，完善這些產權問題需要較長的時間。不清晰的產權環境使得自住房房產稅的改革缺乏法律基礎，也給房產稅的征管帶來一定的困難。
房產評估機製不成熟。開征自住房房產稅的前提之一就是能夠定量評估房產的價值，然而目前我國的房產評估機製並不健全。影響房產價值的因素有很多，常見的有地段、購買年限、周圍基礎設施、預期等。此外還要考慮到不同城市的發展狀況以及同一城市不同區域的發展狀況。這些都是房產評估方麵客觀存在的難題。
房產信息係統建設不足。現有的房產信息係統存在著許多不足之處：第一，登記內容不能夠滿足自住房房產稅改革的需求。房產的登記內容一般涉及業主名稱、身份證、電話、房屋的地點、麵積，房屋交易曆史、抵押狀況等。雖然已經涵蓋了許多方麵，但房產的信息並未充分披露。第二，各地對於房屋的登記製度也不一致，缺乏統一的規範，這在某種程度上阻礙了自住房房產稅長效機製的發揮。第三，我國的個人住房信息係統釆用屬地管理原則，並且是以個人為單位的信息存儲而非以家庭為單位的信息存儲，即查詢權屬於地方政府，在房管局隻能查到個人在當地的房產情況，不能查到權屬人在異地的房產情況。因而也就存在著一個家庭以其各成員的名義在異地購得多處房產，即跨市購房的現象。
（四）財政透明度缺乏抑製民眾接受度
政府征收房產稅時的最大困難來自如何提高公眾的稅收遵從度，如何規避房產稅引發稅收革命的風險。從各國經驗來看，規避房產稅出現這種風險的唯一舉措就是將該稅打造為直接受益稅，而打造成直接受益稅就需要增加公眾參與度，增強公眾對政府的監督，保證了稅前對房產價值的評估公平，稅中公眾的納稅公平，稅後對稅收的使用公平，這種財政民主機製是房產稅成為直接受益稅的政治保障。實現這種民主機製非常重要的一點就是提高政府財政的透明度。
然而，我國目前的財政透明度處於十分落後的階段。根據國際貨幣基金組織IMF為發展中國家和轉軌國家專門製定的財政透明度的要求來看，第一，我國在明確政府角色和責任方麵並未嚴格按照預算法來界定政府的管理職能；第二，在公共信息的可獲得性方麵，政府財政報告的內容不夠細化；第三，在公開預算的準備和執行方麵，我國缺乏對財政風險的量化評估並且預算也未覆蓋政府所有的一般政府活動。並且，在本次滬渝房產稅試點的過程中，上海、重慶人民政府並未具體公開房產稅專款專用的情況。財政透明度的不足使人們對房產稅改革效果的評價處於信息不對稱的地位。因而這也就導致了許多人偏向通過表象的房價來評價自住房房產稅改革的效果，由於目前我國房價呈上漲態勢，因此人們並不支持自住房房產稅的推廣。
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