盡管國家外彙管理總局沒有明確規定，原則上人民幣直接投資（包括新設和並購）的外商投資企業開立賬戶仍應首先經外管局審核通過，然後方能向銀行申請開立賬戶用於收取人民幣資金。
新設外商投資企業的外國投資者彙入的人民幣注冊資本或繳付的人民幣出資應該專戶專用，並不得辦理現金收付業務，賬戶開立後，外國投資者彙入人民幣資金時，應向銀行提供相關審批備案文件。根據彙綜發【2011】第38號，外商投資企業在注冊資本繳納後辦理驗資時，應向注冊地主管外管局辦理驗資詢證手續，並備案相關信息。外國投資者以人民幣並購境內企業成立外商投資企業的，中方股東應申請開設並購或股權轉讓人民幣專用存款賬戶，用於收取外國投資者支付的人民幣資金，並不得辦理現金收付業務。
需要特別說明的是，由於國家一直對房地產行業進行嚴格的宏觀調控。外商投資房地產企業需要在銀行驗證其是否通過商務部備案後，方能辦理人民幣資本金彙入業務。
4 人民幣資金彙出
直接投資有關的人民幣資金彙出包括外國投資者利潤彙出和因減資、轉股、清算、現行回收投資等所得的人民幣資金的彙出等。根據《管理辦法》的規定，外國投資者辦理上述人民幣資金彙出時，應由銀行審核相關文件。彙綜發【2011】第38號則要求銀行應依據外管局的直接投資外彙管理信息係統生成的額度表辦理，並向外管局備案。《管理辦法》並未就人民幣資金彙出時中國人民銀行的職責作出統一規定、實踐中各地的要求可能不一樣。如中國人民銀行廈門市中心支行即實行人民幣利潤彙出事後備案製度，要求凡開辦人民幣跨境業務的銀行業金融機構，在履行真實性審查職責、合規辦理人民幣跨境利潤彙出業務之後，應向該中心支行報備相關材料進行備案。
可能涉及的問題
1 銀行的責任
由於跨境人民幣直接投資沒有結彙、付彙和購彙等程序，外管局很難發揮與其在直接投資外彙監管中相同的職能，對資金的監管更多是由央行和商業銀行來實現。根據《管理辦法》的規定，銀行對跨境人民幣直接投資的資金流向將承擔更多的責任，《管理辦法》第十九條規定，銀行應當對外商投資企業人民幣注冊資本金和人民幣借款資金使用的真實性和合規性進行審查，並監督外商投資企業依法使用人民幣資金。若銀行在辦理外商直接投資人民幣結算業務時違反有關審慎監管規定的，由有關部門依法進行處理。可見，從某種程度上，銀行在人民幣直接投資結算業務中承擔了部分監管機構的職能。
2 資金的監管
如前所述，《通知》對人民幣直接投資的資金使用進行了限定。在外國投資者以外幣進行投資的情況下，根據《國家外彙管理局綜合司關於完善外商投資企業外彙資本金支付結彙管理有關業務操作問題的通知》（彙綜發【2008】142號）的規定，資本金的結彙所得資金僅能在政府審批部門批準的經營範圍內使用，外商投資企業在辦理結彙時須向銀行提交資本金結彙後的人民幣資金用途證明文件等材料。但是以人民幣進行的直接投資，就資本金使用的監管問題有關規定並未進行規範。實踐中如何確保該等資金的使用符合《通知》及其他相關法律法規的規定，尚待進一步明確。
3 離岸人民幣市場的發展
由於境外機構可以在境外發行人民幣債券和股票，而據此籌集的資金又可用於中國境內的直接投資，如此可進一步鼓勵境外機構在境外發行人民幣債券或股票，甚至部分境內企業亦有可能尋求在境外發行人民幣債券或股票的機會。如此則將進一步促進離岸人民幣市場的發展。