整整一一夜，錦衣衛聯合禦營親軍都在查抄全城涉案士紳朝官的宅院，名單上的士紳宅邸早被鎖定了，一車車值錢的東西包括糧食、馬匹以及各種金銀財寶都被押送到了皇帝的內庫中集中了起來，堆積的如同山一般高。
戶部的數十個計吏忙得手忙腳亂的，隻是粗略估算一下，就有金三十多萬兩，銀八百多萬兩，粗細糧食一百五十餘萬石，這還隻是抄掠的南京城裏的百來家涉案士紳所得，其中不乏家資數十萬，上百萬的豪紳巨賈。南直隸別的州府的涉案士紳府邸還在同步查抄中，金銀糧食連夜運往南京。
為了以最快速度完成抓人和抄家的任務，錦衣衛出動了一千多緹騎，禦營親軍則整整出動了兩萬多軍隊，一千多騎士（包括尚未成軍的新軍）
軍士們按著名冊查抄金銀糧食，抓捕案犯及其家眷的同時，連同案犯府中深藏的田畝賬冊都搜了出來，全部予以沒收。
南京城內，隨著大軍的行動，煙塵滾滾，雞飛狗跳，兒啼哭，大人驚叫，紛紛擾擾，燈火滅了又亮，亮了又滅。膽的緊鎖房門，膽大的開窗探頭觀望。
一些民百姓看著那些士紳朝官的宅邸接連被查抄，紛紛感慨：“這大明的要變啦！”
史可法、張國維、何騰蛟、袁繼鹹這些沒有涉案的東林大佬都被禦營親軍帶回了各自的府邸內，名為保護，實為軟禁。
他們睚眥欲裂，哭搶地，紛紛要求進宮麵見聖上，泣血直訴，欲為涉案好友們辯護，都被禦營親軍擋了回去，軍校們告訴他們，時候到了，聖上會給他們交代的。
因為事先準備工作做得足夠充足，微微亮時，城內的查抄行動差不多就步入尾聲了，數千家眷鋃鐺進獄，刑部大牢裏一時間人滿為患，而參與謀反和製造“太子案”的百十個案犯，則直接入了錦衣衛詔獄。
軍士們按照上峰命令四處宣讀安民告示，處理各宅院家丁屍體，收繳兵器，清點物資錢糧，打掃府院，同時將受傷的軍士們送回軍營救治。
南直隸其他各州府也都在同步上演著南京城內的一幕。
錦衣衛馮可宗帶頭連夜審訊，刑部和大理寺諸位官負責陪審，以示朝廷開明公正，侯方域和雷演祚等軟骨頭，沒折騰幾下就差不多全招了，東林謀反證據確鑿！
包括如何庇護在捕“順案”中人逃脫法網，勾結武昌左良玉欲推翻朝廷，圖謀造反、蓄意散布謠言給各地藩鎮，製造中樞和地方軍鎮的矛盾、陰謀製造“假太子案”混淆視聽，在士民中煽風點火，抹黑皇帝形象，企圖顛覆朝廷，擁“潞王”登基等等。
案子進行的很是順利，一樁樁政治醜聞接連從獄中被曝光出來，飛速傳入人們的耳中，通過塘報，從南直隸到江西、到兩廣、福建，沒幾日功夫。就已經在南中國傳得沸沸揚揚。士民百姓們沒想到那些“正人君子們”在不知不覺間竟然製造了那麼多陰謀！