條例規定：罪重者磔、斬，罪輕者絞、流，抄家。以下五種情況當處以斬刑：一是從賊一起攻打北京的；二是邀賊入京並為賊撰寫文告的；三是擔任偽順三品以上官職的；四是所有降賊的督撫和總兵；五是所有主動助賊策劃奪取地方的翰林院官員和科道官。其它十一種從賊官將受到較輕的懲處，主動自首的，將寬大處理。為了搜捕叛徒，錦衣衛聯合禦營親軍，緹騎四出，展開了轟轟烈烈的抓捕行動。
數千人行動起來，煙塵滾滾，雞飛狗跳，聲勢頗為驚人，城內的百姓得知了變節人士的名單後，俱都怒火填膺，高喊著誅殺漢奸、國賊等，蜂擁而至，一路緊隨，搜捕大軍裏不斷有百姓和愛國士紳加入，幫助朝廷緝拿叛徒。
隨著行動的迅速展開，雷演祚、楊汝成、項煜、魏學廉、周鍾等人先後被投入大獄，也有一部分東林叛徒如陳名夏、顧杲等人見機快，在社友的暗中庇護下，連夜喬裝打扮，倉皇地逃出南京，這些出逃的人懷著仇恨的心情一部分選擇北上投韃，還有一部分人投入左良玉的大營中尋求庇護。
當錦衣衛緹騎到湖廣向左良玉要叛徒的時候，叛徒陳名夏、顧杲等人在左鎮庇護下公然聚眾拒捕。錦衣衛被迫空手回京複命。
十一月初八，早晨，朝霞剛剛穿破雲層，南京各城門便緩緩開啟了，商賈百姓們從打開的城門湧進，爭先恐後的向城中菜市口彙聚。
涉案的幾十個判了斬刑的叛徒已全部被押解到菜市口臨時搭建的帳篷內，恐懼、緊張而又好奇的百姓們紛紛趕來看熱鬧，有些精明的商販乘機擺起了各種攤，專門向圍觀的百姓們賣水賣飯賣零碎雜物。
菜市口正中一千禦營親軍單列圍出了一個巨大的法場，將所有趕來的人群隔離在外圍。
包圍圈之內，三十餘名精選的刀斧手紅布包頭，手執厚背大砍刀，整肅排列。
法場中央一個臨時堆砌的高台上，坐著負責監斬的都禦史阮大铖。還有大理寺，刑部的諸位官員，他們低著頭，彼此用眼神交流著，神色間頗為慌亂迷茫，顯然也是受驚不。
午時三刻一到，刑部官吏走到高台前，大聲下令：“將人犯押進法場——！”
身側禦營軍校一擺手中令旗，圍成圈的禦營兵們立時讓出一個門，涉案人犯一個接一個的被押進法場。
他們穿著黑字白底的囚衣，腳上套著鐵鏈，緩緩蠕動著走向法場中央。法場四周的百姓們鴉雀無聲，他們第一次看見這麼多穿著囚衣的朝官大臣們，第一次看見戰場方陣一般的威武嚴整的刀斧手，每個人的心中既激動又害怕。那些東林複社出身的朝臣們再也沒有了平日裏的狂妄浮躁之氣，個個垂頭喪氣，麵色煞白。
此刻，當他們從一片人山人海中穿過，走進殺氣彌漫的法場，法場上豎起了一排排木樁，每個木樁上都寫著一個名字，名字上打了一個鮮紅的大叉時，他們不自覺的生出了一種深深的恐懼，雙腿發軟的癱在了地上。
法場外的萬千民眾大聲唾罵著那些變節的叛徒，盡皆拍手稱頌，大呼禦史阮大人執法如山，乃當世包青。一些沒有變節的東林複社子弟們，懷著複雜的心情，看著那些給他們丟盡了臉麵的社友們。
午時三刻一到，阮大铖帶著一絲複仇成功的快意，狂笑著吩咐：“開始！”
軍士得令，高呼：“人犯就樁，驗明正身！”
片刻之後，有禦營軍校快步走上高台，報道：“稟憲台大人，三十四名人犯全部驗明正身，無一錯漏！”
阮大铖點頭：“鳴鼓行刑！”
軍校令旗揮動，鼓聲大作：“行刑手就位！”
三十四名行刑手整齊分列，踏著赳赳武步，分別走到各個木樁前站定。
“舉刀！”
“唰”的一聲，三十四柄厚背大刀一齊舉起，在陽光的照射下反射出刺眼的亮芒。
“斬——！”
一片刀光閃過，鮮血噴濺，直達丈許，三十幾顆人頭同時落地，沒了頭的胸腔隻微微掙紮了幾下便一動不動，鮮血順著脖腔緩緩流出，刑場上瞬間形成一片血灘，在煌煌陽光下，血腥味迅速彌漫，人們惡心嘔吐，顧不得拍手鼓掌叫好，紛紛四散逃開。