鎮撫掌錢糧和宣傳教化，與士卒打成一片，掌握軍隊的人心，暗地對主將和督軍進行監督。督軍和鎮撫都由上級集體任命，同級主將有推薦權。軍官升遷互調利於軍官的競爭培養，加強了對軍官的駕馭，使其不能抱成一團，仗勢橫行。
戰時講究的是臨機而斷，不能扯皮，商議來商議去，戰機稍縱即逝，主將殺伐決斷集與一身，督軍隻需服從執行，眾心才能如一。平日權力分散，督軍、鎮撫各依權責而行，三人互相牽製，各成體係。如此，軍隊裏以下淩上，變易主帥之事將再難發生！
水師的編製和陸師的編製總體區別較大。
根據不同載重的戰船，需要布置不同的兵種和兵力，水師不著甲，統一以鴛鴦戰襖作為作戰軍服。
長江水師的暫定編製如下：
以00料作為最的戰船。每艘額定戰兵15人，其中肉搏隊6人，統一裝備腰刀、藤牌；火槍隊6人，配備鳥銃和腰刀，和一定數量的弓、弩；因為船上作戰搖晃，弓、弩有時比火槍效率高。炮手人，負責操作1門虎蹲炮，再加上舵工、瞭望手、開船的水手等輔助人員，共計5人，包含正副船長、船長職同總旗、船副值同旗。
00料，400料，500料直到千料大船。戰兵和水手、炮手的數量逐步對應增加。船長的品級也相對應提升，500到800料的船長值同把總、千料以上的船長值同千總。總兵、參將等獨立領軍，統領船隊。
其中500料大戰船，至少要裝備大弗朗機炮6門，虎蹲炮10門。
千料戰船，至少要裝備大紅夷炮1門，如果真的裝備齊了，火力還是很強大的。非常適合用來海戰，內河水戰的話，反倒笨拙，用500料以下的戰船足矣，以00和400料的作為主力戰船。每船配備二十多個肉搏和火槍兵及十幾個炮手。操作到4門弗朗機炮。
內河戰船適宜多配佛朗機，因為交戰距離短，佛朗機後裝炮因為漏氣導致射程短，威力的劣勢不明顯。而比前裝紅夷炮裝填炮彈簡便，連續射速更快。揚長避短。到了海上，就是紅夷炮的下了。
經過兩個多月的籌集，長江水師共有千料以上大船4艘、800料戰船10艘、500料戰船艘，400料戰船艘、00料戰船48艘，00料戰船105艘，大主力戰船合計約0艘（大半是海賊王鄭芝龍提供的），另有00料以下的舢板、葉子舟、鳥船等無算。能夠同時容納戰兵和水手合計一萬餘人。足以裝下所有新近招募的水勇了。
禦營親軍水陸軍卒，根據能力不同，共分三級，從低到高分別為準卒、正卒、銳卒。每級別軍士的月俸和月糧待遇不等。
準卒的要求是十五歲以上，五十五以下，身體未有殘疾的男性。無阿芙蓉膏吸食史（鴉片），準卒月俸銀一兩，月糧三鬥。正式成軍前的禦營親軍新兵暫時就是這個待遇。
正卒的要求是二十以上，五十以下，身體未有殘疾，且粗通武藝（刀槍棍棒，拳法格鬥）或技藝（會施放火炮，會騎馬，會射箭，會放銃等等）中一種或者多種，熟悉戰陣；有野戰經驗的的優先。無阿芙蓉膏吸食史（鴉片），正卒月俸銀一兩五錢，月糧八鬥。正式成軍後的禦營親軍就是這待遇。
銳卒的要求是二十以上，四十五以下，身體未有殘疾的男性，精通武藝或技藝的一種或多種，根據戚繼光九等技藝標準，必須達到四等以上，考核合格；熟悉戰陣；有十次以上野戰經驗，實戰經驗豐富；有陣斬建奴首級者優先晉級銳卒。無阿芙蓉膏吸食史（鴉片）。銳卒月俸銀二兩，月糧一石二鬥。正式成軍後的炮兵、海員、斥候等少數技術兵種享受的是銳卒的待遇。
為了提高他們的當兵積極性，朱由樺君臣也算是煞費苦心了。