奧斯丁被任命為德克薩斯保安委員會主席，在一八三五年十月的全德克薩斯大會上，奧斯丁主張德克薩斯必須完全獨立。同月，德克薩斯臨時政府成立，亨利史密斯為德克薩斯總督，奧斯丁為德克薩斯總司令，休斯頓為東德克薩斯總司令。
奧斯丁自知自己不諳軍事，請辭總司令並被派往華盛頓求援。十一月初，休斯頓被任命為德克薩斯總司令。
這個時候的休斯敦再不如年輕的時候一樣莽撞，他開始成熟起來。他認為要慎重作戰。決不可以乘匹夫之勇，必須等待時機以智取勝。
但休斯頓的部下認為他膽小無能。同年十二月，竟然有三百名士兵在本米倫的帶領下冒然進攻阿拉莫城堡，僥幸獲勝，一千多守軍投降。阿拉莫城堡易手，休斯頓意識到聖安納一定會派兵報複，決定從阿拉莫城堡撤兵。
一時的勝利，讓德克薩斯軍隊忘乎所以，以至於沒人聽命於休斯頓。為此，休斯頓被迫回家休假。阿拉莫城堡留下了將近二百名士兵在屈維的率領下，負責保衛阿拉莫城堡。聖安納率領六千士兵於一八三六年二月對阿拉莫城堡進行圍攻。阿拉莫城堡的德克薩斯軍隊進行了頑強的抵抗，二月底，終因寡不敵眾，阿拉莫城堡被攻陷。為了報仇，墨西哥軍隊殺死了阿拉莫城堡的所有美國人。這一屠殺大大地刺激了德克薩斯人和美國人。緊接著，在三月一日，德克薩斯議會在華盛頓（徳州地名）開會，宣布德克薩斯獨立。休斯頓再任德克薩斯總司令，休斯頓手裏終於有了一支一千四百人的隊伍。休斯頓再次要求哥利亞的德克薩斯軍隊避免同墨西哥軍隊開戰，哥利亞守軍首領帆寧不聽，三月底凡寧被迫投降。
休斯頓在聖哈辛托戰役
四月，德克薩斯全國會議再次致書休斯頓，要求他即刻開戰。但休斯頓頭腦很冷靜，他知道敵眾我寡，隻能智取，不能硬來。在聖安納孤軍深入到聖哈奇托灣時，休斯頓直取聖哈奇托灣的戰略要地林奇渡，在那裏布下重兵，等待聖安納的到來。休斯頓熟知墨西哥人有睡午覺的習慣，就在對方午睡時發起了攻擊。對方倉促應戰，戰鬥異常激烈，休斯頓身中三槍，一直堅持指揮，直到戰鬥結束。墨西哥軍隊大敗，死傷一千多人，而德克薩斯方麵僅三人受傷，二人死亡。聖安納隨敗軍逃亡，第二天被抓。
1836年9月，休斯頓當選為得克薩斯共和國第一任總統，得克薩斯共和國法律規定總統不得連任。休斯頓又當選為第三任總統（1841-1844）。在休斯頓擔任總統期間，他全力使德克薩斯能夠加入聯邦。他很清楚，墨西哥是一定要奪回德克薩斯的。但因為德克薩斯實行奴隸製，美國國會內的北方議員，為了平衡國會內的南北勢力，強烈反對德克薩斯加入聯邦。並且，還有一個非常好的理由：如德克薩斯加入聯邦，勢必引發美國同墨西哥之間的戰爭。盡管安德魯傑克遜一向支持德克薩斯加入聯邦，但在其總統任期內，也不敢公開表示讚同。
但是，作為一直以美國人自居的休斯敦深知，站好自己的最後一班崗，是他必須要做的一件事情。
休斯敦是一個很愛惜羽毛的人，壞人，就留給詹姆斯諾克斯波爾克去做吧。
休斯敦的情結，對墨西哥政府和人民，是一場噩夢，曾經，對穿越眾來說，也是一個極大的阻力。但是，如今聽了岡薩雷斯的這一番解釋，趙文禮暗暗揣測，或許，他們可以走一條同曆史截然不同的路。