（二）傳統觀念與市場競爭機製之間的矛盾
一直以來，事業單位始終被冠之以“鐵飯碗”的名頭，形成了幹好幹壞一個樣、幹多幹少一個樣的“大鍋飯”現象，平均分配的思想長期影響著職工。而隨著事業單位改革的浪潮奔湧前進，市場競爭機製的不斷加強，事業單位的人事製度改革、工資分配製度改革都直接關係到了每名職工自己的切身利益。同時，隨著市場經濟的發展，各行業之間的收入差距逐步拉大，事業單位中一部分不滿足於現狀的職工，一麵在事業單位任職，一麵在外麵做起了兼職，甚至做起了自己的企業。還有的職工受市場經濟的影響產生了對工作的消極行為。這些潛伏的思想問題，對思想整治工作的順利造成了障礙。
三、如何在事業單位內部開展思想政治工作
（一）製度約束
隨著社會化程度越來越高，要求事業單位的管理方麵更要追求科學化，對各項製度與條例要不斷的完善與健全，製度的製定最主要的目的之一就是讓職工去遵守執行，因此在製定製度之前要堅持思想首位，要讓職工充分發表自己的意見和建議，體現黨的民主集中製原則，職工也就可以自覺的為事業單位的製度提出自己的建設性意見，再貫徹執行就會順利暢通。
事業單位改革的總體目標是逐步建立起功能明確、治理完善、運行高效、監管有力的管理體製和運行機製，形成基本服務優先、供給水平適度、布局結構合理、服務公平公正的中國特色公益服以滿足人們日益增長的物質文化需求、不斷提高產品與服務質量，從而獲得最大的社會效益與經濟效益。為實現這一目標，就需要形成一整套行之有效的製度，還需要在日常管理的實踐中不斷的進行總結、補充與修改，不斷的完善與健全。
（二）嚴明紀律
思想政治工作主要是對事業單位職工進行熱情正確的引導、耐心細致的說服，提高其思想覺悟，達到遵守紀律的要求。而對於違反紀律的職工實施恰當的批評教育和行政處罰，則是嚴明紀律中的有效措施，即執行紀律。執行紀律的目的，是為了維護黨和人民的利益，維護單位正常的工作秩序，也是為了教育違紀者。一般講，單位內多數發生的違紀現象，諸如遲到、早退、出工不出力、脫崗、私自外出兼職等是可以通過說服、批評教育解決的，不需要采取強製手段。但是，由於人員的思想素質參差不齊，認識能力存在差異，有的犯了錯誤，嚴重違反規章製度造成不良後果而又不接受規勸、教育，則必須給予必要的紀律處分，通過處罰對其施加壓力促使其思想轉變，這本身也是一種思想教育。這樣不僅能增強教育的效果，也能促使違紀者改正錯誤。
要堅持將思想政治工作貫穿於執行紀律的全過程。實施懲處是教育職工的一種手段，但在實施懲處時，思想政治工作更難做，卻也尤為重要。思想政治工作者的重要職責就是要在執行紀律過程中，耐心做好疏導教育，使犯了錯誤受到處罰的職工，把處分變為改正錯誤的動力，這其中就包含了大量的思想政治工作。
（三）運用好工資管理
人事行政管理工作中一項重要的工作內容就是對人事工資的管理。經過對人事工資進行管理，運用效益工資這一措施，可以調動職工的工作積極性。堅持按勞分配的原則，實行多勞多得，少勞少得，不勞不得，使效益工資起到獎勤罰懶的作用，對有特殊貢獻的人，要給予重獎。發揮經濟杠杆和經濟手段的作用，必須依靠堅強的思想政治工作做保證，忽視思想政治工作的效力，經濟手段就要失去其產生的效益，甚至走上歪路。兩者緊密結合，才能最大限度地調動職工的積極性，做好事業單位的各項工作。
綜上所述，思想政治工作的正確指導，決定了事業單位人事行政管理工作的順利與否，各單位人事管理部門要根據實際情況製定適合於部門發展的各項規章製度、紀律以及工資管理製度，著力在管理方式、人事製度、收入分配、社會保險、財政保障等關鍵環節進行積極探索，實現事業單位改革的總體目標。