朝廷先得施世驃奏，大喜，特授齎摺人戴進官把總，賜世驃東珠、朝帽、蟒袍、黃帶，異數有加。又以淡水營守備陳策升補台灣鎮總兵官加左都督。
時台中癘疫盛行，從征將士冒炎威、宿風露，惡氣薰蒸，水土不服，疾病亡故者多。參將林政、王萬化、遊擊許華，先後俱歿於軍。
八月十有三日辛未，怪風暴雨，屋瓦齊飛。風雨中流火條條，竟夜燭天。海水驟漲，所泊台港大小船，擊碎殆盡，或飄而上之平陸。拔大樹，傾牆垣，萬姓哀號，無容身地。施世驃、藍廷珍各終夜露立風雨中。軍士蜂擁相攜持，不敢動，稍舉足則風颺顛仆，或裂膚破麵流血。翼日霽靜，郡無完宅，壓溺死者數千人，浮屍蔽江，瓦桷充路。署台廈道陶範、府縣高鐸、孫魯等，躬曆民家，拊循流涕，發倉賑貸，瘞死扶傷。以風災飛報上聞，朝廷發帑金賜恤，殘黎始得更生。
諸羅一縣未被風災，而餘孽楊君、李明等聚黨劫掠鹽水港。藍廷珍遣人緝捕，悉擒之。又林君等煽誘奸民，豎旗六加甸，俱為知縣汪紳文所獲，並解至府，會同陶範、高鐸、孫魯等質訊。僉議押解內地。廷珍曰：‘甫平思亂，既赦複叛，此曹不可活也。今解入內地，不能不牽累無辜，恐民間人人自危。且上下審駁奏報，往返動隔經年，海外反側地，非樹威不足彈壓。吾於就撫者加之恩，擒者棄諸市，庶奸徒悚息，可淨盡根株耳。亟梟示眾。定民心而固疆圉。有罪某自當之。軍中義得專殺，無預諸君事也’。皆曰：‘諾’。九月壬辰，梟楊君、林君等為首四人，竿示其處，餘黨分列杖斃、枷馘、責逐過水。
複有黃輝、卓敬在舊社紅毛寮聚謀為亂，聲言羅漢門阿猴林有王忠等數千人接應，克日攻府。藍廷珍發兵擒捕，搜獲偽劄，與陶範、高鐸、孫魯等會訊。輝與敬直承不諱，並斬之。
陳章訪緝餘孽，複於南路觀音山招撫陳福壽以來。廷珍大喜，留福壽軍中，以家人禮待之，服食皆從厚。遠近賊徒，聞風思歸誠者益眾。杜君英久處山中，晝伏夜走，聞福壽就撫，頗心動。藍廷珍檄外委守備施恩、陳祥，以諜者林生入羅漢門說之。君英恐見賣，欲得福壽麵詢情實，即與俱來。廷珍遣福壽同施恩等往。福壽尚病，載牛車以行。君英遂出。廷珍待以恩禮，一如福壽，飲食、居處、遨遊，兩人不相離也。君英尚留其子杜會三未出。越三日，知乃父無恙，千總何勉往說之，會三就撫。蓋九月中旬十數日間，陳福壽、杜君英、杜會三俱羅而致焉。
提督施世驃自風災驚悸疾作，以九月望日癸卯卒於軍。藍廷珍奉檄署理提督印務。
陶範、高鐸見君英等諸賊出入自由，疑日久有意外患，言於廷珍曰：‘此曹皆元凶大憝，上所留意，今報獲，旦暮必致京師，與朱一貴並鞠，而公寬大至此，倘逸去奈何’？廷珍曰：‘極知此賊失一，身家隨之。但王忠、陳成、鄭文苑餘孽未盡，不得不然’。二人視福壽，君英等所居處，與廷珍臥榻止隔窗欞，複謂曰：‘將軍膽太大矣！推誠至此極耶！萬一中夜有變，將何及’？廷珍曰：‘無傷也，遲浹旬即送之廈’。陶範、高鐸皆曰：‘難矣！公以撫為名，待之心腹。美衣豐食，恣其宴遊。彼安肯舍而他之。畏罪憚行，作何措置？留之則局不可了，有脫逃生變之憂；抑之則將束縛驅迫，駭人耳目，又恐中山遊魂，謂公從前皆偽’。廷珍曰：‘有以處之’。
十月甲戌，呼杜君英等至幕中，紿之曰：‘頃接製府來書，欲授若輩備弁，令星速赴廈考驗。天霽風和，即日登舟可乎’？江國論不可，廷珍罵曰：‘汝貌輕福薄，固知非有官者之相’。叱退之。杜君英、陳福壽許諾，廷珍大喜，賜金為贐，遣左右送之行。舁婦人輿至幕中，使乘向海岸登舟。呼江國論、鄭元長來，國論等度不可免，強諾請行，亦賜贐舁輿送之去。繼呼杜會三至，亦如之。蓋廷珍欲遣解諸賊，預備三舟，委弁目在舟以俟。自幕府至海濱，分令親隨丁壯，沿途徙倚，密為防備。順則善遣之行，逆則於幕內捆手足，閉輿中如婦人，不動聲色，市井可無有知者。君英等巽順以行，舟中亦善待之。至廈，總督滿保奏報，奉旨解陳福壽、杜君英、會三赴京師，與朱一貴對質。朱一貴、李勇、吳外、陳印、王玉全、翁飛虎、張阿山俱淩遲處死，親屬同坐。陳福壽、杜君英、會三以就撫從寬，斬於市。其餘在軍前擒撫諸賊，先後解到廈門，如黃殿、黃日升、郭國正、劉國基、林曹、江國論、林騫、林璉、陳正達、盧朱、張嶽、張看、鄭惟晃、鄭元長等，總督滿保發臬司收禁福州府獄候審，擬就地正法。
十有一月已醜，台灣鎮總兵官陳策卒。署提督藍廷珍移谘總督滿保，檄金門鎮總兵官黃英之台署事。
庚寅，南路餘孽複叛。為首瓜成、蘇清、楊美、林阿尾等，集眾豎旗於石壁寮。隨發南路兵追剿。癸已黎明，千把總何勉、杜雄等率兵搗賊穴，擒蘇清、高三二名。成等奔潰。楊美、王教逃匿下淡水，知縣劉先泗擒獲之。
藍廷珍以羅漢門諸山素為匪類逋逃藪，不大舉搜捕，掃清岩穀，無以淨盡根株。分遣遊擊王良駿、薄有成、守備呂瑞麟率兵從角宿、岡山、刈蘭坡嶺一路搜入羅漢門，守備閆威由仁武莊、土地公崎、阿猴林一路，守備李燕、蔡勇由卓猴、木岡社一路。已亥午刻，鹹會羅漢內門之中埔莊。別遣把總林三、陳雲奇、鄭榮才、遊寬往大武壟，分路堵截，無令賊竄。庚子，分兵深入搜捕。羅漢內門諸將備，分搜銀錠山、佳白寮、東方木、南馬仙等處。大武壟諸弁目搜礁巴哖、郎包米、大龜佛、大湖等處。窮山密箐，無不遍曆，焚毀賊巢數十所。凡二十七日，乃收軍回營。據搜山將備及差員外委蘇思維、陳祥、李得勝、林福、石瑀、藍敦等先後報獲瓜成、林阿尾、林丁、莊謀、林讀、林齊、鄭教、陳璞等。而石壁寮再叛諸孽，盡行廓清矣。又據報獲鄭文苑、林沙掌、凶死郡、戇昆、仔吳、洪迎、胡君用等，及台廈道陶範獲解蕭斌、麻恩、金絲猴等。而朱一貴案內附和倡亂諸賊，悉數俘囚，惟王忠、邱寶宣未獲，遁逃傀儡內山、台灣山後。藍廷珍分遣外委弁目，諸路訪緝。複令外委鄭國佐、林天成召致山番通事章旺，同入傀儡內山，遍查各社，諭番眾嗣後不許窩留。複令鄭國佐往郎嬌，繞行山後，至卑南覓，傳檄獎諭大土官文結，以官帶補服賞勞之，令起崇爻七十餘社壯番，從山後大加搜捕，將所有漢人逸賊盡縛以來。於是王忠等不敢複入番界，隻身竄伏，束手待斃矣。
前此台變逃回道府廳縣各文員，朝旨令督臣、提臣會審，發往台灣正法，並已故知府王珍屍棺剖梟示眾。武賦周應龍等，亦令督臣會同提臣嚴審定擬。署提督尚未班師，十有二月，總督滿保在廈親審諸文員，將原任台廈道梁文煊、同知王禮、知縣吳觀域、朱夔、知府王珍屍柩、委海澄營遊擊安奎，齎令箭押送之台，十月八日甲戌決於市。而台灣縣丞馮迪、典史王定國、諸羅縣典史張青遠，俱羈台灣縣獄候部文秋後處決。