七月到八月，伊藤博文帶領自己下屬的六千名步兵一千騎兵和五百多日本學生彙合長沙一代的地主武裝六萬餘人江西一代的地主武裝三萬餘人對瑞金寧都等根據地進行清剿。
清剿前伊藤博文提出匪區內所有房屋都要燒毀，所有的人都要殺光，所有的財物全部帶走。隻有這樣才能一舉解決匪患。伊藤博文的這三個“所有”得到了所有參與圍剿的地主的讚同。他們紛紛向自己手下的武裝人員許諾一顆男子人頭可以賞銀一塊。一個匪徒無論男女可以得到五塊銀元的賞格。搶到的年輕女人沒有賞格但是可以隨意處置。五個老人或者孩子的頭可以得到一個銀元的賞格。
有了賞格，地主武裝的行動速度非常快。用了不到五天這些武裝就趕到了羅霄山下。經過一個月的血洗，瑞金寧都等地的根據地可以說蕩然無存。到處都是無頭的屍體。方圓百裏臭不可聞，所有的房屋全部被燒毀殆盡。寧都州城數萬戶人家全部被屠殺殆盡，周圍水域的魚肥的不得了。很長一段時間內，在寧都附近吃魚，都能在魚肚子裏發現人的指甲或者頭發。
地主武裝是大勝而歸，湖南省委和江西省委的武裝工作力量全軍覆沒，大量黨員犧牲。長沙市內的地下交通員王勇後來回憶。一個月後湘軍回來了，一起而來的還有大量整船整船的女俘虜。那一段時間長沙城的湘江碼頭處到處都是低價販賣的年輕女人的商人。這些女人隻有很少的一部分被賣給人做老婆，大部分的全部被賣到了窯子裏麵。
長沙地處交通要道，來往商人很多，窯子的生意很紅火，把女子賣到那裏麵能賺不少錢比賣給人當老婆合適的多。解放以後，我們家門口有一個掃大街的女人，後來我才知道，她家原本是寧都。亂兵把她給**了，然後被被賣到了一個低等娼寮裏麵，她每天不停地接客，染了一身的病渾身全是爛肉永遠失去了生育能力。長沙解放以後那個娼寮老板一家子被鎮壓，她被婦聯的同誌救助了。她曾經說她一輩子最恨的是在她們那一帶作亂的匪徒。如果不是這些人，她的家人不會全死光，她也不會淪落至此。很隱晦，我聽了之後有相當長的一段時間不敢麵對她。
伊藤博文的這次軍事行動並沒有讓英國人感到不滿。英國隻是通過駐日本的大使口頭警告了日本政府一番。伊藤博文繼續在中國遊曆。
人米日報對這場大屠殺是強烈譴責。江西的人民日報分社的記者在當地交通員的配合下冒著極大的風險前往大屠殺區域。拍攝了上萬張照片，采訪上百位幸存者。這些照片在全國和全世界引起了巨大轟動，但凡有一點良知的人，都無不對其進行痛罵。連續一個月人民日報都在報道大屠殺地區的情況。和大量幸存者講述的日軍與地主武裝的暴行。
西方國家的報紙多以反華著稱，德國的柏林日報就發表頭條文章：死幾個人而已，野蠻的中國人居然那麼大驚小怪。文章中宣傳，太平天國運動中國死了兩億人，他們都沒有亂叫，如今死了十幾個人就亂喊亂叫真是可笑。