赤潮作為一種複雜的生態異常現象，它的發生是由多方麵引起的。關於赤潮發生的機理雖然至今尚無定論，但是促使它發生的因素還是有些定論的。
赤潮發生的首要條件就是赤潮生物增殖要達到一定的密度，否則，就算其他因子都適宜，也不會發生赤潮。雖說在正常的理化環境條件下，在浮遊生物種赤潮生物所占的比重並不大，而且有的還會成為魚蝦等的食物如鞭毛蟲類或者甲藻類，因此形成赤潮的幾率就很小。但是由於特殊的環境條件，還是有某些赤潮生物過量繁殖，便形成赤潮。大多數學者認為，赤潮發生與下列環境因素密切相關：
首先，海水富營養化是赤潮發生的物質基礎和首要條件。由於城市工業廢水和生活汙水過多地排入海中，使營養物質在水體中副集，造成海域富營養化。因此，水域中增加了很多氮、磷等營養鹽類，鐵、錳等微量元素以及有機化合物的含量，從而促進赤潮生物的大量繁殖。
除了環境因素的影響，還有一些有機物質也會促使赤潮生物急劇增殖。如用無機營養鹽培養簡裸甲藻，生長不明顯，但是如果加入酵母提取液，生長就會顯著，加入土壤浸出液和維生素B12時，光亮裸甲藻生長特別好。