摩爾根不承認最初這隻活的白眼果蠅來自盧茨，一個相信盧茨的讀者在美國《遺傳雜誌》上發表對盧茨一書的書評，摩爾根立即作出了回答，但卻是略帶曖昧的回答。他寫道，自己確實向盧茨要過果蠅的飼養品係，但是，其中並沒有盧茨所說的白眼果蠅，盧茨雖然發現過一隻白眼果蠅，但當時就是死的，也不包括白眼果蠅的先代。如果先代中帶有白眼果蠅基因，雖然先代本身是紅眼，但後裔中總有可能分離出白眼果蠅來。實際上，盧茨所贈的果蠅株係，其後代中未出過白眼果蠅。後來也了解，白眼是果蠅中最常見的一種突變型。“與應用這一突變型材料作出科學發現相比較，發現白眼突變型本身則並不是那麼重要。”
上述摩爾根所說的最後這一句話無疑是對的，且不論最初那隻白眼果蠅的來曆如何，摩爾根以它作為實驗材料，在遺傳學史上第一次證明了基因位於染色體上，並且發現了伴性遺傳規律。因此，這個白眼果蠅的故事不僅僅是一個戲劇性的插曲，而是值得大書特書的一項重大的研究進展，它開創了摩爾根基因學說的先河。
摩爾根於1909年開始培育果蠅。他對德弗裏的月見草突變的印象很深，並試圖通過不同的化學藥品、不同溫度的處理以及鈣和X線輻射在他所培養的果蠅中引起突變，但是都未成功。然而在他的果蠅係譜培養中有一個白眼雄蠅出現在紅眼果蠅的正常種群中。
這一個簡單的事實，在實驗室培養中出現了單個異常的個體，卻引起了一場名副其實的雪崩式的研究熱潮。首先提出的問題是，這個“白眼”性狀是怎樣產生的。將這一罕見的白眼雄果蠅與同一代的雌果蠅交配，摩爾根發現雖然F1代都是紅眼，但在F2代又出現白眼雄蠅，這表示白眼的遺傳因子是隱性，它必然是由紅眼基因驟然變化所產生的。摩爾根在幾年前曾訪問過德弗裏在荷蘭的實驗室，也認為這新等位基因的起源采用了德弗裏的“突變”這一術語。由於德弗裏的進化突變學說以及月見草突變的染色體性質，這一術語的轉移引起了不利的後果，在隨後的二三十年中造成了一定的思想混亂。然而遺傳學家和進化論者最後都習慣了摩爾根賦予“突變”這詞的新含義。
在生物學的曆史上還很少有像摩爾根與他的同事一道工作那樣親密無間。因此很難確定摩爾根實驗室的大量研究成果或發現究竟應歸功於誰。有些曆史學家傾向於將幾乎所有的功績歸之於他的學生和同事。這未免太過分。應當記住自從摩爾根於1910年7月發表他的關於果蠅研究的第一篇文章以後的兩年中他連續發表了13篇有關20多個果蠅性連鎖突變型的發現與行為的文章。在發現白眼後不久又發現了兩個性連鎖隱性突變型：“翅發育不全”，“黃色體色”。毫無疑問摩爾根在很早就闡述了孟德爾遺傳的大部分機製，這些都是他本人所作的貢獻。正如穆勒所說的：“無論將來會怎樣重寫和重新評價果蠅研究開始階段的曆史，摩爾根對交換現象的論證以及基因相距愈遠交換也愈頻繁的觀點就像一聲春雷，其重要意義絕不下於孟德爾學說的發現，這一點必然仍舊會被公認。”我在這裏所要強調的是摩爾根本人單獨地對連鎖和交換問題作出的貢獻，因為以後的討論重點放在問題上而不是果蠅實驗室中每個人的特殊貢獻。摩爾根和他的同事在哥倫比亞大學的“果蠅室”中培養了成千上萬的果蠅。他們在仔細審查這些果蠅中發現了新的突變不斷出現。摩爾根很快從哥倫比亞大學的未畢業學生中挑選了斯特體範特和布裏奇斯兩人到他的實驗室工作，後來穆勒也參加了這個研究小組。這個小組的親密協作是生物學中的一段軼史佳話：“在科學實驗室中過去很少有如此激動人心的氣氛和如此持續的熱情。這主要是由於摩爾根本人的態度，他將熱情和批判精神融合在一起，大度、胸襟開闊並具有幽默感。”