當中世紀末期對自然界的興趣複蘇時，它所麵對的精神和理智氣氛和希臘時代已完全不同。上帝的意誌和創造能力隨時隨處可見。當時強調的是“起源”，是新個體的產生而不是遺傳所暗示的連續性原則。自然發生，向無生命物質注入生命被認為是和正常繁殖一樣自然。產生畸形生物和產生正常生物一樣，並不以為怪。某種植物的種子或幼苗轉變成另一種植物也習以為常。新的生物都是從頭開始繁殖而起源。由於著重點是繁殖後的發育，所以這一時期人們的思想情況對1828年左右稱之為胚胎學的研究領域的曆史特別重要。
必須注意的是從15世紀到18世紀真正的生物學還並不存在。當時受重視的是博物學和醫學，兩者之間的聯係也很少。繁殖主要是由解剖學教授醫學生理學者研究，他們研究近期原因並且很少提出涉及遺傳的問題。他們的興趣是發育生物學。與之相映，博物學家的主要興趣在於自然界的多樣性，即終極原因的結果。
由於物種的所有成員都具有共同的本質，因而遺傳就是一種必然現象，並不被看作是一個科學問題。既然要考慮，也隻是在物種問題的範圍內。然而變異卻是每個人常想到的事，特別是博物學家。草藥醫生、植物學家、狩獵者及動物飼養員都喜歡異常的個體。起初這隻涉及特別不同的“突變”，然而隨著植物園和博物館收集的標本越來越多，正常的個體變異也顯露了出來並對之進行研究。後來這終於成為反對本質論的重要證據來源。
從中世紀到19世紀西方人的思想完全由本質論支配。按照這種哲學的觀點某一物種中的全部成員都具有共同本質，研究物種就等於研究自然。在整個16世紀、17世紀和18世紀的大部分時間本質論思想占有左右一切的地位，因而對個體性狀的變異似乎並沒有進行係統研究。當博物學家遇到與物種的典型表現有差異時，他們可能就會承認是種內的“變種”，不值得特別注意。正是由於對物種如此重視，所以由物種問題引出了關於遺傳的一些最早期的觀點也就不足為怪了。
遺傳機製的研究必須根據一定性狀而且是外表上穩定不變的性狀有所差別的個體之間的雜交。因而變異是任何遺傳學說所要解釋的主要問題。但是，本質論者並不知道怎樣對待變異。對他來說，概念上的難題是，一個物種中的所有個體“基本”都相同。因而直到19世紀末甚至20世紀初不同種類的變異被弄得彼此混淆不清。這種混淆不清的狀況直到在係統學和進化生物學中種群思想取代了本質論後才得到澄清。這困難的性質隻有從曆史上考察才最容易說明。它將指陳各種不同的變異是怎樣逐漸被察覺，它們之間的區別是什麼。
就本質論者來說，按定義，物種沒有本質上的變異。一切變異都是“偶然的”，不影響物種的本質。變異體不是不同的物種，它是“變種”。雖然博物學家和園藝學家早就知道變異體和變種，但一般公認林奈首先擬訂變種的概念。古代植物學家林奈相當輕視變種並嘲笑那些熱心於為之命名的花卉愛好者。從總體上說他認為變種並不重要，氣候或土壤條件都能使之發生可逆變化。他也知道畸形，但也同樣視之無關宏旨。他從不過問變異的生物學意義。“變種是由於某些偶然原因而改變了的植物。”
林奈在他的《植物學哲學》一書中指出變種的特點如下：“同一物種的種子所產生的不同植物有多少，變種也就有多少。變種是被偶然原因改變了的植物；氣候，土壤、溫度、風等等都是偶然原因。當土壤改變後，變種最後就回複到原來情況。”變種在這裏被定義為我們現在可以稱之為表現型的非遺傳性變化。在談到動物界的變種時，林奈指出他不僅把非遺傳性氣候變異體包括在“變種”項下，而且還有家養動物的品種和種群內的遺傳變異體。當我們仔細閱讀林奈的著作時就會發現在“變種”這一名詞下至少列舉了四組完全不同的現象：（1）非遺傳性變化，這是由於營養、氣候、栽培或其他環境因素對表現型產生影響的結果；（2）家養動物或栽培植物的品種；（3）種群內遺傳變異體；（4）地理宗，例如人種。
隨著時間的推移以及發現了在“變種”項目之下羅列了極不相同的現象，因而就各種不同的變異擬訂了新的名詞，但是由這種努力製訂的新名詞術語並沒有解決問題，因為這並沒有澄清作為名詞基礎的概念上的混亂。很多學者都分不清：（1）遺傳性變異和非遺傳性變異；（2）連續和非連續變異；（3）個體變異和地理變異。這樣一來當不同的學者在談論“變異”時在他們頭腦中呈現的往往是完全不同的現象。這種情況是由林奈開始的，將動物學家和植物學家分開的傳統的形式而益加惡化。當動物學家提到變異時，他們一般指的是地理宗，而植物學家談起變種時通常是指栽培變種或種群內變異體而言。這傳統上的差異首次表明變異是分成好多種的。