《本草綱目》確是一部流芳千古、譽滿寰球的科學巨著，英國生物學家、生物進化論的創始人達爾文（1809～1882）曾在他的著作《動物和植物在家養下的變異》中，有關雞的七個品種和金魚的家化問題都是引用《本草綱目》中的資料。在該書中，他讚譽《本草綱目》為“1596年出版的中國百科全書”。英國科學史家李約瑟（1900～1995）在他的巨著《中國科學技術史》中評價說：“毫無疑問，明代的偉大的科學成就就是李時珍那部攀登到本草著作之頂峰的《本草綱目》……李時珍達到了與伽利略、維薩裏的科學活動所隔絕的任何科學家所不能達到的最高水平。”
李時珍作為一名嚴肅的醫藥學家，他通過自己的醫療實踐，明確地反對服食金丹，他曾厲聲抨擊過紅鉛、靈鉛之說。但是李時珍也像其他的正直的醫藥家一樣，對於經過長期廣泛臨床應用證明是很有價值的一些來自金丹術的汞、砷、鉛類製劑，還是將其收入《本草綱目》之中，故此在《本草綱目》中，人們可以看到許多人工合成的藥劑。下麵從無機化學的角度舉幾個例子。
金“金有山金、沙金二種，其色七青、八黃、九紫、十赤。以赤為足色。和銀者性柔，試石則色青。如銅者性硬，試石則有聲。”這裏記載了鑒別純金和金銀合金、金銅合金的方法。所謂七、八、九等數字是指金含量在70%、80%、90%而言。他還指出，黃銅的“俞金”即假金。
銀“丹陽銀、銅銀、鐵銀、白錫銀，皆以藥點化者……假銀也。”
赤銅“銅有赤銅、白銅、青銅。赤銅出於川、廣、雲、貴諸處山中，土人穴山采礦煉取之……人以爐甘石煉為黃銅，其色如金。砒石煉為白銅。雜錫煉為響銅。”爐甘石是不純的碳酸鋅，合銅煉為銅鋅合金——黃銅。砒石為砷鎳礦，合銅煉出白銅。錫銅合煉得青銅。洋人造強水之法，藥止七味。入罐中熬煉，如今之取露法（即蒸餾法），旁合以玻璃瓶而封其隙。下以文、武火疊次交煉，見有黑氣入玻璃瓶中，水亦隨氣滴入。黑氣盡，藥乃成矣”。“此水性最猛烈，不可服食。西洋凡畫洋畫，必須鏤版於銅上者，先以筆畫銅，或山水人物，以此水漬其間一晝夜，其漬處銅自爛，勝於雕刻”。這裏講的“強水”應是硝酸，黑氣大概指深褐色的四氧化二氮（N2O4）。關於“強水”的最早記載是明末徐光啟為編《農政全書》而寫的手劄，它可能是徐光啟在參加傳教土湯若望、鄧玉函等人討論化學問題時的筆記。第二個談到無機酸的是方以智。他在《物理小識》中說：“有石農水者，剪銀塊投之，則旋而為水，傾之盂中，隨形而定。複取石農水歸瓶。其取石農水法：以琉璃窯燒一長管，以煉[硇]砂取其氣。”方以智筆下的“石農水”可能是鹽酸。趙學敏是看過方以智著作的，他談到方以智的“石農水”時說：“此石農水即強水也。”趙學敏對無機酸的清楚介紹在當時算是早的，也是很重要的，說明他已接受了中西藥學交流的成果。